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- PDB-4ebu: Crystal structure of a sugar kinase (Target EFI-502312) from Ocea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ebu
タイトルCrystal structure of a sugar kinase (Target EFI-502312) from Oceanicola granulosus, with bound AMP/ADP crystal form I
要素2-dehydro-3-deoxygluconokinase
キーワードTRANSFERASE / putative sugar kinase / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxygluconokinase activity / D-galacturonate catabolic process / D-glucuronate catabolic process / DNA damage response / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / 2-dehydro-3-deoxygluconokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Oceanicola granulosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a sugar kinase (Target EFI-502312) from Oceanicola granulosus, with bound AMP/ADP crystal form I
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / ...著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2012年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-dehydro-3-deoxygluconokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4234
ポリマ－34,6131
非ポリマー8103
水4,450247
1
A: 2-dehydro-3-deoxygluconokinase
ヘテロ分子

A: 2-dehydro-3-deoxygluconokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8468
ポリマ－69,2262
非ポリマー1,6206
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_676x-y+1,-y+2,-z+5/31
Buried area4860 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area24170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.308, 94.308, 82.959
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-652-

HOH

21A-669-

HOH

31A-672-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 2-dehydro-3-deoxygluconokinase / sugar kinase


分子量: 34612.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oceanicola granulosus (バクテリア)
株: HTCC2516 / 遺伝子: OG2516_05533 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2CIP5, 2-dehydro-3-deoxygluconokinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: protein (10 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM AMP-PNP), reservoir (0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 1.5 M ammonium chloride), cryoprotection (reservoir + 20% ...詳細: protein (10 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM AMP-PNP), reservoir (0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 1.5 M ammonium chloride), cryoprotection (reservoir + 20% glycerol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→82.959 Å / Num. all: 29081 / Num. obs: 29081 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.115.40.6651.12291842090.665100
2.11-2.245.50.4651.52187740090.465100
2.24-2.395.50.3252.22034137260.325100
2.39-2.585.50.2133.41925835250.213100
2.58-2.835.50.1394.91765132280.139100
2.83-3.165.50.0946.91608129470.094100
3.16-3.655.40.0916.21415025980.091100
3.65-4.475.40.0926.41207722360.092100
4.47-6.325.30.0649.3919517370.06499.8
6.32-36.6384.70.04315.140438660.04385.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345データ収集
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4E69

4e69


解像度: 2→36.638 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.8486 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2152 1473 5.08 %RANDOM
Rwork0.1772 ---
all0.179 29018 --
obs0.179 29018 99.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.24 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.023 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 107.42 Å2 / Biso mean: 39.7392 Å2 / Biso min: 18.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.2559 Å2-0 Å2-0 Å2
2--8.2559 Å20 Å2
3----16.5117 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2255 0 51 247 2553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072375
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0943240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004422
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.172841
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.06460.34321330.280724862619100
2.0646-2.13830.24971430.234824712614100
2.1383-2.2240.26811370.217224412578100
2.224-2.32520.27231140.199625332647100
2.3252-2.44770.23131310.18724972628100
2.4477-2.6010.2191360.179124942630100
2.601-2.80180.18661320.166325172649100
2.8018-3.08360.22741410.175625042645100
3.0836-3.52950.22091480.177225222670100
3.5295-4.44560.19141440.146725432687100
4.4456-36.64430.17891140.17062537265195
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83080.2420.34690.2225-0.04175.6473-0.060.06160.0222-0.04890.03720.0367-0.2399-0.35340.03110.25340.04560.00580.17810.02580.239680.636183.530485.3555
22.3936-0.7282-0.48582.906-0.50263.20220.09580.1186-0.0782-0.2026-0.1183-0.19860.16810.3061-0.00860.10940.0242-0.00060.17020.00580.191195.122974.14290.1431
32.3530.1759-0.40793.6658-0.10792.70270.02360.0909-0.2545-0.03370.05260.07720.5084-0.2652-0.090.3136-0.0469-0.03690.174-0.00570.207381.832763.694595.7902
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq -13:108)A-13 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 109:204)A109 - 204
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 205:296)A205 - 296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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