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万見
- PDB-4c56: X-ray structure of the complex between staphylococcal enterotoxin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c56
タイトルX-ray structure of the complex between staphylococcal enterotoxin B, T cell receptor and major histocompatibility complex class II
要素
  • (T CELL RECEPTOR ...) x 2
  • ENTEROTOXIN B
  • HEMAGGLUTININ
  • HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN
  • MHC CLASS II ANTIGEN
キーワードIMMUNE SYSTEM/TOXIN / IMMUNE SYSTEM-TOXIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II ...regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of kinase activity / positive regulation of memory T cell differentiation / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of monocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / CD4 receptor binding / intermediate filament / T-helper 1 type immune response / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / polysaccharide binding / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / alpha-beta T cell activation / macrophage differentiation / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / epidermis development / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / MHC class II antigen presentation / viral budding from plasma membrane / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / response to bacterium / protein tetramerization / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cognition / positive regulation of protein phosphorylation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / toxin activity / early endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / positive regulation of viral entry into host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / lysosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / host cell surface receptor binding / immune response / Golgi membrane / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / positive regulation of DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain ...Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Enterotoxin / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / : / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor beta constant 2 / MHC class II antigen / Enterotoxin type B / T cell receptor alpha chain constant / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / Hemagglutinin / Hemagglutinin / Enterotoxin B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Rodstrom, K.E.J. / Elbing, K. / Lindkvist-Petersson, K.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2014
タイトル: Structure of the Superantigen Staphylococcal Enterotoxin B in Complex with Tcr and Peptide-Mhc Demonstrates Absence of Tcr-Peptide Contacts.
著者: Rodstrom, K.E.J. / Elbing, K. / Lindkvist-Petersson, K.
履歴
登録2013年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN
B: T CELL RECEPTOR BETA CHAIN
C: ENTEROTOXIN B
D: HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN
E: MHC CLASS II ANTIGEN
F: HEMAGGLUTININ
G: T CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN
H: T CELL RECEPTOR BETA CHAIN
I: ENTEROTOXIN B
J: HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN
K: MHC CLASS II ANTIGEN
L: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,30913
ポリマ－247,21612
非ポリマー921
水46826
1
G: T CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN
H: T CELL RECEPTOR BETA CHAIN
I: ENTEROTOXIN B
J: HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN
K: MHC CLASS II ANTIGEN
L: HEMAGGLUTININ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,6086
ポリマ－123,6086
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17600 Å2
ΔGint-111.3 kcal/mol
Surface area55760 Å2
手法PISA
2
A: T CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN
B: T CELL RECEPTOR BETA CHAIN
C: ENTEROTOXIN B
D: HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN
E: MHC CLASS II ANTIGEN
F: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,7007
ポリマ－123,6086
非ポリマー921
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17040 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area57120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.350, 217.650, 101.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
T CELL RECEPTOR ... , 2種, 4分子 AGBH

#1: タンパク質 T CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN


分子量: 22812.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: T-LYMPHOCYTE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#2: タンパク質 T CELL RECEPTOR BETA CHAIN


分子量: 27770.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: T-LYMPHOCYTE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: A0A5B9*PLUS

-
タンパク質 , 3種, 6分子 CIDJEK

#3: タンパク質 ENTEROTOXIN B


分子量: 28281.953 Da / 分子数: 2 / Fragment: OB-DOMAIN AND BETA-GRASP DOMAIN, RESIDUES 13-250 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / Variant (発現宿主): UL635 / 参照: UniProt: Q5MAA8, UniProt: P01552*PLUS
#4: タンパク質 HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN / MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS II ALPHA CHAIN


分子量: 21155.904 Da / 分子数: 2 / Fragment: IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P01903
#5: タンパク質 MHC CLASS II ANTIGEN / MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS II BETA CHAIN


分子量: 22080.664 Da / 分子数: 2 / Fragment: IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: A9JJF6, UniProt: P01911*PLUS

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 FL

#6: タンパク質・ペプチド HEMAGGLUTININ


分子量: 1506.807 Da / 分子数: 2 / Fragment: HA PEPTIDE, RESIDUES 327-339 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q03909, UniProt: P03437*PLUS

-
非ポリマー , 2種, 27分子

#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細IMGT ACCESSION NUMBERS FOR CHAINS A,G TRAV22 01 01 (AE000660), TRAJ40 01 (M35620) AND TRAC 01 ...IMGT ACCESSION NUMBERS FOR CHAINS A,G TRAV22 01 01 (AE000660), TRAJ40 01 (M35620) AND TRAC 01 (X02883). PRODUCT OF SOMATIC RECOMBINATION. EXTRACELLULAR DOMAIN ONLY. IMGT ACCESSION NUMBERS FOR CHAINS B,H TRBV19 01 (L36092), TRBJ2-7 01 (M14159), AND TRBC2 01 (M12888). PRODUCT OF SOMATIC RECOMBINATION. EXTRACELLULAR DOMAIN ONLY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 8% PEG 20000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.5, 0.09 M MAGNESIUM CHLORIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.07227
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月10日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07227 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.7 Å / Num. obs: 61924 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 82.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1OGA CHAINS D AND E, 2IAL CHAIN A, 1SEB CHAINS A, B AND C

1oga

2ial

1seb


解像度: 2.9→29.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8727 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 3.964 / SU Rfree Blow DPI: 0.357
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2511 3134 5.07 %RANDOM
Rwork0.2329 ---
obs0.2338 61848 98.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.7586 Å20 Å2-11.4009 Å2
2--5.0533 Å20 Å2
3----0.2947 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.494 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16279 0 6 26 16311
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00716719HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8722807HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5443SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes435HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2436HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16719HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.84
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2178SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact17183SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3055 215 4.7 %
Rwork0.2804 4359 -
all0.2816 4574 -
obs--98.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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