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- PDB-4bbo: Crystal structure of core-bradavidin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bbo
タイトルCrystal structure of core-bradavidin
要素BLR5658 PROTEIN
キーワードBIOTIN-BINDING PROTEIN / AVIDINS
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BIOTIN / Blr5658 protein
類似検索 - 構成要素
生物種BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Airenne, T.T. / Johnson, M.S. / Maatta, J.A.E. / Hytonen, V.H. / Kulomaa, M.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Core-Bradavidin
著者: Airenne, T.T. / Maatta, J.A.E. / Nordlund, H. / Kulomaa, M.S. / Johnson, M.S.
履歴
登録2012年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BLR5658 PROTEIN
B: BLR5658 PROTEIN
C: BLR5658 PROTEIN
D: BLR5658 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,44712
ポリマ－49,2014
非ポリマー1,2468
水6,630368
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12690 Å2
ΔGint-48.9 kcal/mol
Surface area16400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.946, 78.647, 100.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.79512, 0.60643, -0.00525), (0.60638, -0.79513, -0.00861), (-0.0094, 0.00366, -0.99995)5.51383, -16.66453, -25.09087
2given(-0.81874, -0.53638, -0.20484), (-0.5162, 0.53143, 0.67166), (-0.25141, 0.65565, -0.71198)83.37444, 34.93614, -14.56345
3given(-0.96555, -0.09964, 0.2404), (-0.08414, -0.75463, -0.65074), (0.24625, -0.64854, 0.72024)93.25267, 6.2011, -10.77602
4given(-0.97518, -0.06892, 0.2104), (-0.091, -0.74156, -0.66468), (0.20183, -0.66733, 0.71689)92.90064, 6.3882, -8.83114
5given(-0.82923, -0.50855, -0.23186), (-0.52151, 0.55481, 0.64824), (-0.20102, 0.65845, -0.72528)83.53468, 34.59206, -16.89169
6given(0.79462, 0.60709, 0.00519), (0.60711, -0.79453, -0.01174), (-0.003, 0.01248, -0.99992)5.85409, -16.83226, -25.5683

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要素

#1: タンパク質
BLR5658 PROTEIN / BRADAVIDIN


分子量: 12300.226 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 26-143 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM (根粒菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89IH6
#2: 化合物
ChemComp-BTN / BIOTIN


分子量: 244.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.68 %
解説: CORE REGION OF 2Y32 WAS USED FOR MOLECULAR REPLACEMENT.
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: ONE MICROLITER OF THE PROTEIN SOLUTION (LESS THAN 1 MG PER ML AND IN 50 MM SODIUM ACETATE, 100 MM NACL, PH 4) WAS CRYSTALLIZED BY ADDING ONE MICROLITER OF THE WELL SOLUTION (0.1 M HEPES PH 7. ...詳細: ONE MICROLITER OF THE PROTEIN SOLUTION (LESS THAN 1 MG PER ML AND IN 50 MM SODIUM ACETATE, 100 MM NACL, PH 4) WAS CRYSTALLIZED BY ADDING ONE MICROLITER OF THE WELL SOLUTION (0.1 M HEPES PH 7.4, 0.8 M K,NA TARTRATE).HANGING DROPS AND VAPOUR DIFFUSION METHOD WAS USED AT RT. BEFORE CRYSTALLIZATION, 25 MICROLITERS OF THE PROTEIN SAMPLE WAS INCUBATED WITH 1 MICRO LITER OF BIOTIN SOLUTION (1 MG PER ML AND IN 5 MM TRIS PH 8.8, 8 MM CHES PH 9.5) FOR 3.5 HOURS AT 37 DEGREES OF CELCIUS.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.063
検出器日付: 2005年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.063 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→25 Å / Num. obs: 52798 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y32

2y32


解像度: 1.6→61.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.959 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17863 2690 5.1 %RANDOM
Rwork0.14685 ---
obs0.14843 50108 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.577 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.11 Å20 Å20 Å2
2---0.78 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→61.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3313 0 82 368 3763
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0213569
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4571.8964924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0715475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96925.733150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.9215437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6261.52237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22423571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.83831332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7154.51337
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 211 -
Rwork0.22 3640 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51020.0159-0.25430.793-0.05670.73750.0007-0.0471-0.00150.0514-0.0079-0.04970.0080.00850.00720.0512-0.0014-0.00690.11070.00060.076743.0327.4862.444
20.3006-0.1611-0.03590.75360.22071.1648-0.02980.0163-0.0047-0.0802-0.0015-0.02090.0386-0.02610.03130.0655-0.00450.00640.1102-0.00270.0844.3843.309-28.142
30.8153-0.2424-0.19941.3840.35391.089-0.0015-0.00050.0773-0.1381-0.0110.0177-0.1827-0.03970.01260.08810.00050.00640.1069-0.00560.082443.69918.258-22.197
40.54480.0271-0.15860.94650.01691.0075-0.0549-0.0423-0.1062-0.0244-0.0163-0.12150.16010.11120.07120.06970.01660.00470.12520.00620.108851.635-4.322-3.533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 120
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 120
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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