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- PDB-4az8: Crystal structure of the complex of the Caf1M:Caf1 chaperone:subu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4az8
タイトルCrystal structure of the complex of the Caf1M:Caf1 chaperone:subunit preassembly complex carrying the KDKDTN insertion at the F1G1 loop region
要素
  • CHAPERONE PROTEIN CAF1M
  • F1 CAPSULE ANTIGEN
キーワードCHAPERONE/IMMUNE SYSTEM / CHAPERONE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX / ANTIGENS / FIMBRIAE / MOLECULAR CHAPERONES
機能・相同性
機能・相同性情報


capsule / pilus / : / protein folding chaperone / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
F1 capsule antigen / Caf1 Capsule antigen / Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : ...F1 capsule antigen / Caf1 Capsule antigen / Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone protein caf1M / F1 capsule antigen
類似検索 - 構成要素
生物種YERSINIA PESTIS (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Yu, X.D. / Dubnovitsky, A. / Pudney, A.F. / MacIntyre, S. / Knight, S.D. / Zavialov, A.V.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Allosteric Mechanism Controls Traffic in the Chaperone/Usher Pathway.
著者: Di Yu, X. / Dubnovitsky, A. / Pudney, A.F. / Macintyre, S. / Knight, S.D. / Zavialov, A.V.
履歴
登録2012年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHAPERONE PROTEIN CAF1M
B: F1 CAPSULE ANTIGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4792
ポリマ－42,4792
非ポリマー00
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-15.9 kcal/mol
Surface area14680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.510, 69.308, 66.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CHAPERONE PROTEIN CAF1M / CAPSULE PROTEIN FRACTION 1


分子量: 26903.574 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 24-258 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) YERSINIA PESTIS (ペスト菌) / プラスミド: PFM1-M-INSA114-KDKDTN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26926
#2: タンパク質 F1 CAPSULE ANTIGEN


分子量: 15575.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) YERSINIA PESTIS (ペスト菌) / プラスミド: PFM1-M-INSA114-KDKDTN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26948
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.76 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, TRIS-HCL, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月10日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→47.72 Å / Num. obs: 9383 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 21.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P5V

1p5v


解像度: 2.65→29.722 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2505 446 4.8 %
Rwork0.2212 --
obs0.2227 9352 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→29.722 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2361 0 0 42 2403
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062414
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4413276
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.917860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.112380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005418
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-3.03320.34281480.26132936X-RAY DIFFRACTION100
3.0332-3.82020.23441550.22292958X-RAY DIFFRACTION100
3.8202-29.72370.21811430.23012X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.59731.1691.85050.40880.70182.06230.02010.2129-0.36870.1243-0.0948-0.19020.71421.15270.09470.25140.065-0.04070.2732-0.01810.447212.2396-5.103126.5936
21.61741.3717-0.73537.6057-0.44052.2732-0.3430.2264-0.1173-0.42290.6113-0.1729-0.0978-0.0022-0.22960.25150.02420.08440.29110.01080.2723-2.8516-8.90257.3151
33.221-0.37531.08230.88090.16892.62380.03011.3671-0.35810.04250.4282-0.52090.1044-0.1507-0.24370.18740.3070.01480.1747-0.03770.23816.9783-13.315216.8304
40.65540.2163-0.79680.81760.2431.1410.1701-0.15020.0407-0.3991-0.1038-0.16820.55290.09550.03850.220.08770.05330.310.02170.19886.6996-12.062728.3762
56.634-3.74862.87828.2081-7.15736.24940.1106-0.7643-0.38410.71030.35371.3352-0.0426-0.7799-0.46870.50480.05760.06980.27760.04580.3248-8.4018-7.038118.1892
64.7703-0.90840.32912.00040.3011.4095-0.46520.5173-0.6620.33190.4477-0.0597-0.3225-0.17250.01430.1715-0.00180.03970.17210.03570.34135.3357-17.288824.3325
73.4642-1.72431.51893.6444-0.84664.71480.52370.8429-0.41010.724-0.03390.61520.82630.3877-0.24870.23240.0399-0.07550.18820.01660.4274-1.1116-15.347514.017
88.10912.2446-3.11682.01250.67838.19370.77360.96820.83410.2745-0.82850.1866-0.5468-1.38230.14120.32270.0262-0.00180.39050.02890.4742-13.2813-2.48043.5769
92.60180.19851.61920.8880.14732.41970.4041-0.2547-0.2607-0.19040.07930.11941.1514-0.465-0.19820.25920.01990.01970.2332-0.00570.23910.6393-5.653425.3036
102.2293-0.8834-0.50353.42180.43930.1187-0.3914-0.87930.56460.46110.4411-0.1885-0.28290.5879-0.31740.27820.05630.04460.4661-0.02740.29688.5688-1.705238.5952
113.2622-0.14960.330.72210.26551.0991-0.12150.4848-0.3664-0.34510.0472-0.2314-0.1947-0.10950.06150.356-0.0848-0.00230.27520.00480.2109-4.1538-3.57846.3592
123.44620.18821.85981.32530.69393.16360.06290.3482-0.4523-0.8450.3537-0.2639-0.54540.1306-0.26620.4769-0.0027-0.08860.3919-0.07250.2701-0.8497.2899-3.547
139.578-0.64452.64289.1853-0.8587.1378-0.21040.29180.6567-0.18770.2281-0.3446-0.0606-0.43410.10450.26990.0145-0.00110.27860.06340.2653-5.741616.99611.6869
141.9823-1.0116-0.32666.1902-0.6953.15971.44060.5809-0.25170.1652-0.56070.86580.327-0.3605-0.74990.54840.05140.02420.27670.01630.5797-8.406620.61348.5095
151.23240.6539-0.21111.2846-0.56920.4011-0.6248-0.41740.4215-0.50760.37240.46660.0001-0.03180.30560.41960.0102-0.09610.40430.03490.2358-3.96686.86014.5894
166.34991.8815-2.91082.1345-2.75085.8079-0.5104-1.18510.1549-0.30030.07680.9856-1.30040.7250.51410.8039-0.04440.00620.2847-0.00860.42153.890621.877910.3125
175.59471.2494-1.31628.7801-0.02193.95940.9940.6833-0.18830.7670.09110.3481-0.7801-0.5196-0.73050.3852-0.03620.03030.22170.02450.2951-5.76439.995310.0521
185.8443-3.26210.35383.3990.06322.6004-0.7503-1.4171-0.28340.47890.9032-0.6061-0.03-0.9426-0.01560.58060.02720.09960.2828-0.03540.2927-6.081417.941513.026
191.59161.57920.09986.00213.3834.7636-0.07690.09850.147-0.30180.5704-0.5696-0.47790.2311-0.51280.3747-0.01770.03270.3577-0.01250.16822.403421.37834.7888
202.42370.69650.03674.0838-2.03431.483-0.24620.3260.0053-0.41830.0334-0.398-0.58780.44360.18610.4029-0.0971-0.01040.27480.0140.24.280110.13142.1906
211.3126-0.2402-0.01861.23920.50164.3153-0.19820.8669-0.6457-0.54240.1807-0.5437-1.11041.35760.00640.3723-0.176-0.02930.5272-0.0480.448911.4469-2.771817.15
220.01040.15470.2870.49561.22732.84680.474-0.36260.7276-0.66630.11180.2696-0.13260.2462-0.1040.17190.06330.0270.3156-0.11870.261715.01352.940835.3982
236.1565-1.5286-5.41853.01220.00156.94330.0012-1.33820.65120.02780.86560.6066-0.15830.5702-0.50270.79250.1039-0.070.38950.10670.169210.585610.872351.3618
241.7116-1.6879-2.2852.64043.69235.5391-0.07220.0543-0.1843-0.1087-0.25220.37140.2602-0.42750.43160.2417-0.0385-0.04710.22680.05360.283311.113611.338540.4639
252.1248-3.58491.10426.4257-2.20511.24490.90280.6520.0133-2.0529-0.225-0.7843-0.21470.6784-0.31350.35670.0870.02550.4696-0.0890.180510.05235.287521.8091
261.87-0.33860.79210.0611-0.0881.3749-0.04810.00550.40030.2641-0.2275-0.06-0.3023-0.34940.33630.29470.0538-0.07160.1782-0.08330.43331.24046.871126.2021
270.0613-0.07410.1677-0.01270.04810.9645-0.6649-0.3514-0.6512-0.3927-0.64580.7879-0.0774-0.25830.3169-0.1511-0.3235-0.23850.1903-0.21840.1781-4.31653.759637.7122
281.9901-0.3613-0.96872.47880.61040.55240.46510.01470.22630.5927-1.1968-0.0798-0.28510.57890.59650.2113-0.0104-0.07020.3282-0.01980.18860.06536.659641.0473
293.2154-2.77732.40742.9382-1.0816.6525-0.21270.0773-1.3474-0.90621.6691-0.07980.5054-1.0195-0.60680.488-0.2222-0.00470.32470.0380.379-0.0051-1.88553.7822
301.60990.7539-0.29093.6335-3.21644.56090.28420.2106-0.28360.68660.0336-0.3966-0.8447-0.5763-0.05950.13960.05770.04130.3364-0.12990.24811.19596.357847.5116
314.20152.10720.15662.39280.40555.13360.26060.3259-0.1671-0.3044-0.06360.7796-1.01310.78410.24950.37-0.0384-0.07950.19430.05650.34287.875815.277331.5341
320.201-0.1669-0.28580.09160.17040.38831.4206-0.61541.1067-0.34520.5030.1277-0.41360.354-0.03160.56280.05520.12080.35930.09290.63548.614520.605826.6924
337.42723.1974-1.71853.8899-1.10721.9379-0.10360.6150.7384-0.75630.18280.3747-0.0759-0.0482-0.05570.40510.1432-0.07130.2454-0.00370.2029-1.08858.921530.5658
342.3201-1.7244-1.66113.45171.28774.19820.2732-0.3137-0.3388-0.6976-0.47370.3421-0.7017-0.37770.14120.29050.0853-0.01430.33950.02690.40121.832414.951225.6611
354.9938-0.99580.1994.32850.43156.209-0.57570.2397-0.13920.1541-0.27570.4742-0.05270.52430.92750.26570.0023-0.00920.28170.10460.488412.83029.468225.0299
364.29690.3736-0.44332.06620.50212.10220.067-0.15470.6390.28440.30.53840.1841-0.1309-0.29030.34810.00930.08850.11850.01330.42424.137511.67345.3679
374.0030.64114.79463.96380.4081.9991-0.9275-0.43330.318-0.1964-0.3209-0.54780.1304-0.58730.7780.3048-0.1218-0.04720.29790.10450.42485.54031.621850.3689
381.2676-0.3789-0.25070.25410.27550.24440.6708-0.1159-0.4760.8545-0.2283-0.0249-0.47120.0252-0.0941-0.08940.1754-0.00370.25740.04810.23222.48670.284826.9748
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 9:17)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 18:28)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 29:37)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 38:47)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 48:61)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 62:74)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 75:87)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 88:93)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 94:126)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 127:134)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 135:151)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN A AND RESID 152:156)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN A AND RESID 157:161)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN A AND RESID 162:170)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN A AND RESID 171:181)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN A AND RESID 182:188)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN A AND RESID 189:198)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN A AND RESID 199:205)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN A AND RESID 206:217)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN A AND RESID 218:233)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN B AND RESID 15:20)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN B AND RESID 21:26)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN B AND RESID 27:38)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN B AND RESID 39:46)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN B AND RESID 47:56)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN B AND RESID 57:62)
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN B AND RESID 63:69)
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN B AND RESID 70:75)
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN B AND RESID 76:81)
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN B AND RESID 82:86)
31X-RAY DIFFRACTION31(CHAIN B AND RESID 87:92)
32X-RAY DIFFRACTION32(CHAIN B AND RESID 93:98)
33X-RAY DIFFRACTION33(CHAIN B AND RESID 99:104)
34X-RAY DIFFRACTION34(CHAIN B AND RESID 105:115)
35X-RAY DIFFRACTION35(CHAIN B AND RESID 116:121)
36X-RAY DIFFRACTION36(CHAIN B AND RESID 122:132)
37X-RAY DIFFRACTION37(CHAIN B AND RESID 133:140)
38X-RAY DIFFRACTION38(CHAIN B AND RESID 141:148)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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