PDB-3zgq: Crystal structure of human interferon-induced protein IFIT5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zgq

タイトル

Crystal structure of human interferon-induced protein IFIT5

要素

INTERFERON-INDUCED PROTEIN WITH TETRATRICOPEPTIDE REPEATS 5

キーワード

IMMUNE SYSTEM / RNA BINDING / INTERFERON RESPONSE

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA cap binding / poly(U) RNA binding / negative regulation of viral genome replication / ruffle membrane / apical part of cell / Interferon alpha/beta signaling / actin cytoskeleton / double-stranded DNA binding / defense response to virus / tRNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.203 Å

データ登録者

Katibah, G.E. / Lee, H.J. / Huizar, J.P. / Vogan, J.M. / Alber, T. / Collins, K.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2013
タイトル: TRNA Binding, Structure, and Localization of the Human Interferon-Induced Protein Ifit5.
著者: Katibah, G.E. / Lee, H.J. / Huizar, J.P. / Vogan, J.M. / Alber, T. / Collins, K.

履歴

登録	2012年12月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月6日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zgq.cif.gz	207.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zgq.ent.gz	168.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zgq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zgq_validation.pdf.gz	422 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zgq_full_validation.pdf.gz	425.1 KB	表示
XML形式データ	3zgq_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	3zgq_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/3zgq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/3zgq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6bah-d 5u5m-d 4hoq-d 4q47-1 4hkz-d 1jec-d 2i1v-d 7bxf-d 1ngm-1 2ziw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (6) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: INTERFERON-INDUCED PROTEIN WITH TETRATRICOPEPTIDE REPEATS 5

ヘテロ分子

56 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.833, 71.793, 116.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	INTERFERON-INDUCED PROTEIN WITH TETRATRICOPEPTIDE REPEATS 5 / IFIT-5 / INTERFERON-INDUCED 58 KDA PROTEIN / RETINOIC ACID-AND INTERFERON-INDUCIBLE 58 KDA PROTEIN / P58 分子量: 55933.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESIDUES 190-195 ARE DISORDERED / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q13325
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.61 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1111
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 詳細: DOUBLE CRYSTAL SI(111)
放射	モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1111 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→47.7 Å / Num. obs: 27780 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 27.28 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.203→47.704 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.16 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 190-195 ARE DISORDERED

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2398	2000	7.2 %
R_work	0.1778	-	-
obs	0.1821	27780	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.203→47.704 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3885	0	7	232	4124

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.121	5395
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.72	1527
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	582
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	687

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2034-2.2585	0.2509	137	0.2221	1764	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2585-2.3195	0.283	141	0.2185	1816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3195-2.3878	0.2954	141	0.2046	1810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3878-2.4649	0.2822	141	0.1982	1833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4649-2.553	0.2749	142	0.19	1823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.553-2.6552	0.2752	142	0.19	1824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6552-2.776	0.3001	140	0.1937	1819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.776-2.9223	0.2543	142	0.1858	1831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9223-3.1054	0.2755	143	0.1887	1829	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1054-3.3451	0.266	143	0.1827	1845	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3451-3.6816	0.2321	143	0.1593	1852	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6816-4.2141	0.1966	144	0.1466	1863	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2141-5.3082	0.1739	147	0.1556	1888	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3082-47.7149	0.2332	154	0.1834	1983	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1213	-0.7958	0.9203	1.7361	-0.0092	2.0469	-0.0733	-0.085	0.4572	0.0911	0.0597	0.0704	-0.1795	-0.0632	-0.0149	0.0957	-0.027	0.0103	0.0821	0.0105	0.234	5.9397	99.5934	137.488
2	1.983	-0.9297	-0.1792	1.4902	1.0327	1.679	0.0377	0.2557	0.7378	-0.3678	0.035	0.385	-0.5626	-0.1671	0.0607	0.112	0.0477	-0.0248	0.1811	0.0844	0.4719	0.0264	104.6484	130.7761
3	2.0784	-0.4305	-0.0977	1.887	0.0466	0.5329	0.1119	0.6134	0.1115	-0.4012	-0.0266	0.2055	-0.1279	-0.0658	-0.0438	0.0825	0.0295	-0.0365	0.1547	0.0925	0.0295	16.9716	98.283	120.7398
4	1.5384	-0.1646	-0.0232	1.5506	-1.1668	2.5722	-0.0297	0.1683	0.1626	0.0267	-0.1363	-0.2483	-0.1178	0.3028	0.0945	0.0643	-0.014	0.0088	0.0847	0.0453	0.1092	33.4867	94.5393	130.1712
5	2.9775	-0.5383	0.3263	2.3822	-1.011	1.5987	0.117	-0.0116	-0.1306	-0.1619	-0.231	-0.3497	0.0858	0.3739	0.0141	0.1025	-0.0114	-0.0649	0.0892	-0.0002	0.0305	37.6263	74.9756	139.8427
6	2.1159	1.3226	1.6068	1.9357	0.3196	2.2264	0.1267	0.1589	-0.2856	-0.1778	-0.028	0.3951	0.1593	-0.0985	-0.0455	0.1102	0.0032	-0.0607	0.0952	-0.0296	0.1984	20.4515	66.684	134.2327
7	6.0857	1.3079	0.0045	7.1476	1.9605	4.9902	-0.2768	-0.2049	-0.3232	-0.3507	0.4885	0.037	0.5535	0.2126	-0.1493	0.277	0.0241	-0.043	0.2734	-0.0204	0.2906	15.8599	59.6592	118.2154
8	7.0885	-0.284	0.3939	2.1224	1.8425	4.6833	0.3586	-0.4516	-0.6485	-0.6776	0.4262	0.5944	0.4371	0.0855	-0.8408	0.4405	-0.0669	-0.1624	0.2361	0.114	0.7438	1.438	56.7668	116.0054

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 2 THROUGH 106 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 107 THROUGH 152 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 153 THROUGH 188 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 189 THROUGH 282 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 283 THROUGH 333 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 334 THROUGH 406 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 407 THROUGH 450 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 451 THROUGH 482 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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