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- PDB-3v78: Crystal Structure of Transcriptional Regulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v78
タイトルCrystal Structure of Transcriptional Regulator
要素PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY DEOR-FAMILY)
キーワードTRANSCRIPTION / helix-turn-helix DNA binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Tetracyclin repressor-like, C-terminal, group 31 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily ...Tetracyclin repressor-like, C-terminal, group 31 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHIDIUM / HTH tetR-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.299 Å
データ登録者Do, S.V. / Bolla, J.R. / Chen, X. / Yu, E.W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Structural and functional analysis of the transcriptional regulator Rv3066 of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Bolla, J.R. / Do, S.V. / Long, F. / Dai, L. / Su, C.C. / Lei, H.T. / Chen, X. / Gerkey, J.E. / Murphy, D.C. / Rajashankar, K.R. / Zhang, Q. / Yu, E.W.
履歴
登録2011年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY DEOR-FAMILY)
B: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY DEOR-FAMILY)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2624
ポリマ－45,6332
非ポリマー6292
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.098, 99.098, 66.478
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-416-

HOH

詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY DEOR-FAMILY)


分子量: 22816.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT3151, Rv3066 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P95092
#2: 化合物 ChemComp-ET / ETHIDIUM


分子量: 314.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20N3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Tris, PEG 4000, MgCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月26日
放射モノクロメーター: scryo-cooled Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 32337 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.3-2.383.10.3641100
2.38-2.483.20.261100
2.48-2.593.30.1921100
2.59-2.733.30.1481100
2.73-2.93.30.1091100
2.9-3.123.30.0821100
3.12-3.443.20.072199.9
3.44-3.932.70.061197.4
3.93-4.953.10.045199.4
4.95-403.40.031199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3T6N

3t6n


解像度: 2.299→39.728 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2616 829 5.04 %
Rwork0.2059 --
obs0.2088 16443 96.36 %
all-17079 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.482 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6813 Å20 Å20 Å2
2---0.6813 Å20 Å2
3---1.3625 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.299→39.728 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2651 0 48 64 2763
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082746
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0823743
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.146988
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076431
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004487
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2994-2.44350.37091170.24122389X-RAY DIFFRACTION90
2.4435-2.63210.31791710.24452500X-RAY DIFFRACTION95
2.6321-2.89690.29261390.22542609X-RAY DIFFRACTION97
2.8969-3.31590.29781260.22242665X-RAY DIFFRACTION99
3.3159-4.1770.24461570.20192631X-RAY DIFFRACTION97
4.177-39.73370.2181190.18282820X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -35.8108 Å / Origin y: -1.6484 Å / Origin z: 4.8403 Å
111213212223313233
T0.1572 Å20.027 Å20.0549 Å2-0.104 Å20.0045 Å2--0.1697 Å2
L0.1363 °20.4064 °20.0394 °2-0.5633 °2-0.3499 °2--0.9072 °2
S0.0225 Å °-0.0011 Å °0.0408 Å °0.2078 Å °0.0408 Å °0.1585 Å °-0.0733 Å °0.0606 Å °-0.052 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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