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- PDB-3uub: The GLIC pentameric Ligand-Gated Ion Channel Loop2-21' mutant red... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uub
タイトルThe GLIC pentameric Ligand-Gated Ion Channel Loop2-21' mutant reduced in solution
要素Glr4197 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / Cys-loop receptor family
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain ...Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / Proton-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter violaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Sauguet, L. / Nury, H. / Corringer, P.J. / Delarue, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: A locally closed conformation of a bacterial pentameric proton-gated ion channel.
著者: Prevost, M.S. / Sauguet, L. / Nury, H. / Van Renterghem, C. / Huon, C. / Poitevin, F. / Baaden, M. / Delarue, M. / Corringer, P.J.
履歴
登録2011年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月30日Group: Database references
改定 1.22012年6月27日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glr4197 protein
B: Glr4197 protein
C: Glr4197 protein
D: Glr4197 protein
E: Glr4197 protein
F: Glr4197 protein
G: Glr4197 protein
H: Glr4197 protein
I: Glr4197 protein
J: Glr4197 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)390,46364
ポリマ－365,25010
非ポリマー25,21354
水1,982110
1
A: Glr4197 protein
B: Glr4197 protein
C: Glr4197 protein
D: Glr4197 protein
E: Glr4197 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,23132
ポリマ－182,6255
非ポリマー12,60627
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34340 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area63100 Å2
手法PISA
2
F: Glr4197 protein
G: Glr4197 protein
H: Glr4197 protein
I: Glr4197 protein
J: Glr4197 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,23132
ポリマ－182,6255
非ポリマー12,60627
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33830 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area63200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.130, 133.490, 319.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 22分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
Glr4197 protein / GLIC / ligand-gated ion channel


分子量: 36524.977 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 44-359 / 変異: C27S,K33C,N245C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア)
遺伝子: glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#3: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 152分子

#2: 化合物...
ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE


分子量: 622.834 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H65NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 15% PEG4000, 0.4 M sodium thiocyanate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.4 Å / Num. all: 165430 / Num. obs: 165264 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 73.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 24023 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EAM

3eam


解像度: 2.9→49.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8589 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8701 / SU R Cruickshank DPI: 0.412 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.375 / SU Rfree Blow DPI: 0.242 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.254
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2211 8306 5.03 %RANDOM
Rwork0.2178 ---
obs0.218 165245 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.6475 Å20 Å224.6758 Å2
2---2.7709 Å20 Å2
3---14.4184 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.388 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25200 0 742 110 26052
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d9197SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes510HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3763HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it26572HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3521SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact29168SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d26572HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg36127HARMONIC21.14
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.69
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2564 619 5.08 %
Rwork0.2375 11566 -
all0.2385 12185 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1667-0.06960.15990.14-0.06010.42950.00290.02280.021-0.00710.00210.0192-0.0196-0.0252-0.0050.01590.0333-0.018-0.00420.0013-0.021639.515219.597129.2737
20.5502-0.0070.43040.03230.04130.57010.01220.0256-0.02210.0224-0.02290.0382-0.0163-0.02210.0108-0.02940.0182-0.01040.0247-0.0168-0.010427.8786-1.71235.7284
30.15170.03980.24380.2810.14510.5060.01150.0113-0.0359-0.0195-0.02560.02380.0049-0.00260.01420.00290.0068-0.0309-0.0048-0.0252-0.009142.2809-21.243829.0323
40.1472-0.01080.13990.13930.0640.51880.00230.0357-0.0137-0.0372-0.0081-0.0174-0.00030.00150.00580.00190.0174-0.00860.0028-0.0307-0.00863.0492-11.963718.154
50.15-0.04780.1410.1592-0.21010.54430.0040.03440.0185-0.0358-0.0017-0.0099-0.0162-0.0056-0.00230.0164-0.0013-0.0059-0.00820.0189-0.018161.342613.275718.3032
60.14480.00620.1940.17590.00390.5104-0.00070.01270.0283-0.00810.00720.026-0.0173-0.0123-0.00650.01570.0281-0.017-0.01860.0137-0.01475.587622.746185.9422
70.4426-0.0480.2920.06080.03620.36680.00430.0284-0.00170.0211-0.00540.0334-0.0064-0.02430.0011-0.03060.0171-0.00780.0158-0.0048-0.0039-6.80761.5803191.5548
80.19930.06940.19280.18830.10440.48310.00440.0325-0.0295-0.0175-0.01280.01120.0126-0.01750.00840.00180.0169-0.0255-0.0127-0.027-0.00046.8952-18.2224184.2257
90.0848-0.02540.17090.20690.09770.6955-0.00150.0084-0.0035-0.0581-0.0021-0.01820.00230.0090.00370.00770.0169-0.0138-0.0065-0.0231-0.009327.9093-9.2348173.5217
100.0742-0.02560.10440.2953-0.25550.5077-0.0047-0.0030.0199-0.0460.0108-0.0026-0.00580.0136-0.0060.02-0.014-0.0098-0.01350.022-0.018927.137116.0209174.6552
110.63110.01670.0720.63540.04350.68860.00060.0079-0.0008-0.0037-0.00150.0032-0.0017-0.00470.00090.0033-0.00050.00370.0009-0.00020.006557.9098-0.28246.2822
120.7148-0.06060.22860.55540.0630.93140.00050.0072-0.0016-0.0039-0.00020.00320.0009-0.0041-0.00020.00340.00020.00220.0028-0.00020.006523.11011.4695202.1749
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A5 - 315
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B5 - 315
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C5 - 315
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D5 - 315
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E5 - 315
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F5 - 315
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G5 - 315
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H5 - 315
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }I5 - 315
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|* }J5 - 315
11X-RAY DIFFRACTION11A318 - 321
12X-RAY DIFFRACTION11B318 - 320
13X-RAY DIFFRACTION11C318 - 319
14X-RAY DIFFRACTION11D318 - 320
15X-RAY DIFFRACTION11E318 - 320
16X-RAY DIFFRACTION12F318 - 320
17X-RAY DIFFRACTION12G318 - 319
18X-RAY DIFFRACTION12H318 - 321
19X-RAY DIFFRACTION12I318 - 320
20X-RAY DIFFRACTION12J318 - 320

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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