PDB-3umg: Crystal Structure of the Defluorinating L-2-Haloacid Dehalogenase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3umg

タイトル

Crystal Structure of the Defluorinating L-2-Haloacid Dehalogenase Rha0230

要素

Haloacid dehalogenase

キーワード

HYDROLASE / Haloacid dehalogenase-like hydrolase protein superfamily / defluorinase

機能・相同性

機能・相同性情報

(S)-2-haloacid dehalogenase / (S)-2-haloacid dehalogenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus jostii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Chan, P.W.Y. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. / Edwards, E.A. / Pai, E.F.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural adaptations of L-2-haloacid dehalogenases that enable hydrolytic defluorination
著者: Chan, P.W.Y. / To, T.K.W. / Petit, P. / Tran, C. / Waelti, M. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. / Edwards, E.A. / Pai, E.F.

履歴

登録	2011年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3umg.cif.gz	377.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3umg.ent.gz	312.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3umg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/3umg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/3umg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3um9C 3umbC 3umcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3umc-1 5mgv-d 3hzt-d 4i7m-d 4i7r-d 5j8q-d 4eks-d 4hlq-1 5ma9-1 4hlq-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (5) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Haloacid dehalogenase

B: Haloacid dehalogenase

C: Haloacid dehalogenase

D: Haloacid dehalogenase

E: Haloacid dehalogenase

F: Haloacid dehalogenase

G: Haloacid dehalogenase

H: Haloacid dehalogenase

ヘテロ分子

221 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Haloacid dehalogenase

B: Haloacid dehalogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Haloacid dehalogenase

D: Haloacid dehalogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Haloacid dehalogenase

F: Haloacid dehalogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Haloacid dehalogenase

H: Haloacid dehalogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.180, 148.650, 152.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	1 - 254
2	1	1	6	B	1 - 254
3	1	1	6	C	1 - 254
4	1	1	6	D	1 - 254
5	1	1	6	E	1 - 254
6	1	1	6	F	1 - 254
7	1	1	6	G	1 - 254
8	1	1	6	H	1 - 254

#1: タンパク質	Haloacid dehalogenase / L-2-Haloacid Dehalogenase Rha0230 分子量: 27555.887 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus jostii (バクテリア) / 株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro00230 / プラスミド: p15TV-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0SK70, (S)-2-haloacid dehalogenase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.19 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.6 M trisodium citrate, 0.1 M sodium HEPES, pH 7.5, cryoprotectant: reservoir solution + 16% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月1日

放射

モノクロメーター: bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→38.491 Å / Num. obs: 107063 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 37.478 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 19.61

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.25-2.31		0.468	3.88	39227	7912	98
2.31-2.37		0.355	4.72	38779	7769	98.4
2.37-2.44		0.329	5.02	37859	7571	98.2
2.44-2.52		0.27	6.15	36604	7319	98.2
2.52-2.6		0.228	7.19	35553	7102	98.2
2.6-2.69		0.205	8.24	33926	6859	97.5
2.69-2.79		0.163	9.77	33019	6590	97.8
2.79-2.9		0.132	11.88	32014	6374	97.7
2.9-3.03		0.107	14.49	30726	6103	97.2
3.03-3.18		0.081	18.68	29248	5816	97.2
3.18-3.35		0.06	24	27821	5531	97.2
3.35-3.56		0.049	29.11	25641	5207	96
3.56-3.8		0.039	35.76	24230	4888	95.7
3.8-4.11		0.032	41.76	22283	4543	95.5
4.11-4.5		0.028	46.12	20949	4187	95.4
4.5-5.03		0.028	46.35	18789	3778	94.9
5.03-5.81		0.032	42.17	16384	3339	94.1
5.81-7.12		0.027	45.53	14085	2820	93.1
7.12-10.06		0.018	63.21	11076	2189	92
	10.06	0.016	68.73	5559	1166	84.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→38.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.547 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.272	5471	5.1 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.215	106831	96.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.31 Å² / B_iso mean: 31.54 Å² / B_iso min: 5.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.35 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→38.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15122	0	7	462	15591

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	15510
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	10141
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.611	1.943	21227
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.959	3	24621
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.962	5	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.679	23.389	714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.71	15	2285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.185	15	128
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	2405
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	17618
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.798	1.5	9829
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.199	1.5	3963
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.424	2	15795
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.227	3	5681
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.477	4.5	5430

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3129 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	LOOSE POSITIONAL	0.53	5
2	B	LOOSE POSITIONAL	0.47	5
3	C	LOOSE POSITIONAL	0.52	5
4	D	LOOSE POSITIONAL	0.43	5
5	E	LOOSE POSITIONAL	0.5	5
6	F	LOOSE POSITIONAL	0.56	5
7	G	LOOSE POSITIONAL	0.47	5
8	H	LOOSE POSITIONAL	0.67	5
1	A	LOOSE THERMAL	4.33	10
2	B	LOOSE THERMAL	5.05	10
3	C	LOOSE THERMAL	3.76	10
4	D	LOOSE THERMAL	10.47	10
5	E	LOOSE THERMAL	8.44	10
6	F	LOOSE THERMAL	5.02	10
7	G	LOOSE THERMAL	3.69	10
8	H	LOOSE THERMAL	9.09	10

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	797	-
R_work	0.293	7065	-
all	-	7862	-
obs	-	-	97.75 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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