PDB-3ujz: Crystal structure of enterohemorrhagic E. coli StcE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ujz

タイトル

Crystal structure of enterohemorrhagic E. coli StcE

要素

Metalloprotease stcE

キーワード

HYDROLASE / metalloprotease / mucin-type glycoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Yu, A.C.Y. / Strynadka, N.C.J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structural Insight into the Bacterial Mucinase StcE Essential to Adhesion and Immune Evasion during Enterohemorrhagic E. coli Infection.
著者: Yu, A.C. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.

履歴

登録	2011年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ujz.cif.gz	264.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ujz.ent.gz	210.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ujz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ujz_validation.pdf.gz	434.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ujz_full_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示
XML形式データ	3ujz_validation.xml.gz	27.7 KB	表示
CIF形式データ	3ujz_validation.cif.gz	37.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/3ujz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/3ujz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dnyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2a91-d 2h06-d 6phu-d 4qik-1 6deq-d 2ddh-d 4nch-d 5x3i-2 5x3j-2 5i0f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Metalloprotease stcE

ヘテロ分子

97 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Metalloprotease stcE

ヘテロ分子

A: Metalloprotease stcE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
194 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.530, 186.000, 188.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Metalloprotease stcE / Mucinase / Neutral zinc metalloprotease stcE / Secreted protease of C1 esterase inhibitor from EHEC 分子量: 96897.070 Da / 分子数: 1 / 変異: K318A, K320A, E321A, E447D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: stcE, tagA, L7031, ECO57PM83 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O82882, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.51 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M MgCl2, 8% PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97907 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月27日
放射	モノクロメーター: DCM with cryo-cooled 1st crystal sagittally bent 2nd crystal followed by vertically focusing mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→66.27 Å / Num. all: 47052 / Num. obs: 47011 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5.8 % / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
SHARP		位相決定
BUSTER	2.8.0	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→48.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9162 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8815 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2525	2349	5 %	RANDOM
R_work	0.2114	-	-	-
obs	0.2134	47011	-	-
all	-	47052	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 84.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	12.1612 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-24.3314 Å²	0 Å²
3-	-	-	12.1702 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.534 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4695	0	1	172	4868

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	4815	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.2	6544	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1602	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		127	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		702	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4815	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.38
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	21.22
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		608	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		5400	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2539	180	5.24 %
R_work	0.2309	3253	-
all	0.2321	3433	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.0061	-0.8731	-0.7894	2.324	-0.1292	4.885	-0.0662	0.2262	0.2162	0.0813	0.1664	0.354	-0.1815	-0.9577	-0.1001	-0.0236	0.0513	0.0469	0.977	-0.0777	0.1398	-29.541	41.487	63.333
2	4.2932	-0.5706	-0.9885	0.6653	0.4434	3.45	0.0211	-0.3551	0.8581	0.0479	0.1241	0.0318	-0.3878	-0.5546	-0.1452	0.0665	0.0332	0.0892	0.7848	-0.1849	0.3042	-20.915	45.006	68.34
3	4.6083	-0.6249	-0.4815	0.9727	0.2377	3.3901	-0.0202	-0.7034	-0.0892	0.1934	0.163	-0.2164	0.4511	0.8845	-0.1427	0.0834	0.2038	-0.0125	1.0343	-0.1722	0.0914	9.196	31.418	72.098
4	5.4773	-1.0623	-0.9704	1.043	0.7303	3.3141	0.1671	0.1835	0.6791	-0.0512	0.0403	-0.1177	-0.2359	0.2007	-0.2074	0.0244	-0.0385	0.0894	0.7023	-0.0677	0.153	-3.853	42.272	57.471
5	34.1844	-42.1914	20.6203	26.7089	-18.6787	29.3223	-1.029	2.0845	1.7241	0.2047	1.7477	-0.9331	-0.5431	-0.6311	-0.7187	0.2148	0.5101	0.1748	-0.8567	-0.5032	0.8171	-6.29	42.083	53.173
6	2.983	-0.3218	-0.7738	1.4897	-0.4479	3.9835	-0.1146	-0.6589	-0.2866	0.3856	0.1803	0.0811	0.8128	0.0319	-0.0656	0.2966	0.039	0.0632	0.8576	-0.0375	0.2241	-9.563	27.267	72.492
7	3.2896	0.0334	-1.2651	1.7883	1.1477	2.6077	0.1319	-0.9912	-0.3941	0.4871	-0.0261	-0.3701	0.897	0.8547	-0.1058	0.3763	0.3967	-0.1122	1.5082	-0.0104	0.1268	11.067	26.654	84.419
8	6.203	-0.2887	1.1196	1.9132	0.818	6.1336	0.052	-0.5604	0.1697	0.1346	-0.2335	0.0547	0.5543	0.0502	0.1815	0.139	-0.0697	0.1187	1.1243	-0.1661	0.0908	-21.323	39.917	97.283

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|39 - A\|115 }	A	39 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|116 - A\|310 }	A	116 - 310
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|311 - A\|411 }	A	311 - 411
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|412 - A\|512 }	A	412 - 512
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|513 - A\|519 }	A	513 - 519
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|520 - A\|685 }	A	520 - 685
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|686 - A\|800 }	A	686 - 800
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A\|801 - A\|898 }	A	801 - 898

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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