PDB-3u3n: Crystal structure of tablysin-15

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u3n

タイトル

Crystal structure of tablysin-15

要素

Tablysin 15

キーワード

PROTEIN BINDING / CAP domain / Binding protein / alphaVbeta3 integrin / salivary gland

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Tabanus yao (昆虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.651 Å

データ登録者

Andersen, J.F.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure of protein having inhibitory disintegrin and leukotriene scavenging functions contained in single domain.
著者: Xu, X. / Francischetti, I.M. / Lai, R. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2011年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月23日	Group: Database references
改定 1.2	2012年10月17日	Group: Database references
改定 1.3	2015年1月28日	Group: Other
改定 1.4	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u3n.cif.gz	112.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u3n.ent.gz	85.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u3n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3u3n_validation.pdf.gz	605.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u3n_full_validation.pdf.gz	607.8 KB	表示
XML形式データ	3u3n_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	3u3n_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u3n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u3lC 3u3uC 3u31 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u3l-d 2wfe-3 2wfe-2 6mbn-2 1jp5-1 3omk-1 6hl1-d 2wfg-d 6zyv-2 3u3u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Tablysin 15

ヘテロ分子

26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

C: Tablysin 15

ヘテロ分子

C: Tablysin 15

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
53.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.598, 69.598, 86.132
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-522- HOH

#1: タンパク質	Tablysin 15 分子量: 26076.619 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 24-255 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tabanus yao (昆虫) / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysE / 参照: UniProt: F8QQG5
#2: 化合物	ChemComp-PR / PRASEODYMIUM ION 分子量: 140.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pr
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10 % PEG 6000, 100 mM citrate, 13 mM praseodymium (III) acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 0.99999 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月14日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 29066 / Num. obs: 29066 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.9 % / B_iso Wilson estimate: 19.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 1.31 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.65-1.68	10	0.517	1421	0.858	1	99.9
1.68-1.71	12.5	0.469	1449	0.922	1	100
1.71-1.74	14.1	0.411	1456	0.905	1	100
1.74-1.78	14.5	0.33	1459	0.903	1	100
1.78-1.82	14.6	0.273	1451	0.887	1	100
1.82-1.86	14.8	0.235	1448	0.964	1	100
1.86-1.9	13.4	0.227	1464	1.063	1	100
1.9-1.96	14.7	0.166	1472	1.2	1	100
1.96-2.01	14.8	0.138	1460	1.026	1	100
2.01-2.08	14.8	0.107	1455	1.017	1	100
2.08-2.15	14.8	0.095	1483	1.107	1	100
2.15-2.24	14.2	0.094	1461	1.23	1	100
2.24-2.34	12.4	0.082	1426	1.566	1	97.1
2.34-2.46	14.8	0.063	1475	1.267	1	100
2.46-2.62	14.8	0.057	1476	1.364	1	100
2.62-2.82	14.8	0.054	1484	1.504	1	100
2.82-3.11	14.6	0.053	1477	2.026	1	100
3.11-3.55	13.8	0.051	1489	2.542	1	97.9
3.55-4.48	11.1	0.037	1152	2.15	1	75.9
4.48-50	13.5	0.03	1608	1.863	1	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.651→32.265 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / FOM work R set: 0.8624 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2245	1472	5.08 %
R_work	0.1903	-	-
obs	0.192	28988	98.32 %
all	-	28988	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 32.671 Å² / k_sol: 0.334 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.79 Å² / B_iso mean: 26.2175 Å² / B_iso min: 7.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0548 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.0548 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1097 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.651→32.265 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1789	0	45	215	2049

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	1897
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.964	2577
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	268
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	335
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.196	733

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6512-1.7045	0.2953	132	0.2578	2507	2639	100
1.7045-1.7654	0.2399	121	0.2238	2485	2606	100
1.7654-1.836	0.2396	143	0.1962	2511	2654	100
1.836-1.9196	0.2355	126	0.2037	2504	2630	100
1.9196-2.0208	0.2204	147	0.1904	2497	2644	100
2.0208-2.1474	0.2021	126	0.1838	2539	2665	100
2.1474-2.3131	0.2125	150	0.1927	2472	2622	98
2.3131-2.5458	0.1971	128	0.1872	2529	2657	100
2.5458-2.914	0.2719	158	0.2013	2554	2712	100
2.914-3.6705	0.2207	123	0.1818	2411	2534	93
3.6705-32.2713	0.2098	118	0.1781	2507	2625	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3011	-1.0051	-0.1164	2.8867	-1.1874	3.5689	0.0885	0.1399	-0.234	-0.2174	-0.0778	0.1743	0.3896	-0.1934	-0.0869	0.1387	-0.0078	-0.0149	0.1294	0.0024	0.1189	-20.0827	-11.0093	-10.6046
2	2.2494	-1.2538	-0.6302	1.7547	0.9208	2.3529	-0.142	-0.3787	-0.211	0.2027	0.3995	0.1686	0.2262	0.2562	0.0677	0.1375	0.0572	0.0136	0.2163	0.0789	0.197	-18.193	-13.817	11.153
3	2.0054	-0.5923	0.1295	2.4647	-0.2238	2.0188	-0.0541	-0.3634	0.2166	0.2623	0.1332	0.1144	-0.6415	-0.0401	-0.171	0.2279	0.0548	0.0794	0.173	-0.0107	0.1359	-28.8954	9.5623	8.9255
4	2.0772	-1.3191	0.3248	1.1844	-0.8403	2.0665	-0.0081	0.0414	0.004	-0.0286	-0.0355	-0.0474	0.1167	0.0731	-0.0678	0.1023	-0.0036	-0.0062	0.0998	0.001	0.102	-20.8779	-5.8112	-2.6485
5	1.5248	-0.5948	0.6826	1.2786	-0.4733	2.1831	-0.1455	-0.4924	-0.0382	0.3801	0.2248	-0.0901	0.0747	0.4122	0.0548	0.1732	0.0768	-0.0216	0.2905	0.0032	0.0791	-14.486	-4.979	16.488
6	2.2156	0.412	-0.6092	4.6896	-1.5423	2.8671	-0.1415	-0.6108	0.4108	0.6229	0.1567	-0.2067	-0.5814	0.4512	-0.0403	0.3022	0.0344	-0.064	0.4195	-0.1142	0.1828	-16.546	7.864	14.664
7	0.9516	0.0155	0.1792	1.6715	-0.0323	0.7518	0.0799	-0.011	0.4301	0.065	-0.0181	-0.2617	-0.3514	0.1448	0.0755	0.4231	-0.2535	0.1915	0.1654	-0.0831	0.5551	-14.3955	17.6465	1.7344
8	1.533	-0.8882	0.0975	1.5401	-0.427	1.5565	-0.0774	-0.2892	0.1063	0.1771	0.1915	-0.0667	-0.1102	0.2457	0.0346	0.0633	0.0293	-0.01	0.14	-0.0092	0.0316	-17.9854	-1.1622	7.1454
9	0.8141	0.0211	-0.1396	1.1152	-0.3435	1.3434	0.3241	0.0786	0.5659	0.0183	-0.0824	-0.1002	-0.8076	-0.1753	-0.173	0.4751	0.0516	0.1827	0.09	0.0743	0.2857	-25.1293	17.1044	-2.4135
10	0.8734	-0.7746	-0.8248	0.7697	1.0585	2.1456	0.1669	0.1664	0.1297	-0.0095	-0.162	0.3182	-0.6097	-0.5874	-0.0752	0.2414	0.0898	0.082	0.2254	-0.0117	0.2039	-35.201	9.112	2.501

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resseq 3:22)	C	3 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resseq 23:38)	C	23 - 38
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resseq 39:75)	C	39 - 75
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resseq 76:105)	C	76 - 105
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resseq 106:119)	C	106 - 119
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resseq 120:136)	C	120 - 136
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resseq 137:155)	C	137 - 155
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 156:190)	C	156 - 190
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 191:210)	C	191 - 210
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 211:234)	C	211 - 234

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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