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- PDB-3stb: A complex of two editosome proteins and two nanobodies -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3stb
タイトルA complex of two editosome proteins and two nanobodies
要素
  • MP18 RNA editing complex protein
  • RNA-editing complex protein MP42
  • single domain antibody VHH
キーワードRNA BINDING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / RNA EDITING / Editosome / Nanobody / Single domain antibody / VHH / KREPA3 / KREPA6 / RNA BINDING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA modification / mitochondrial mRNA editing complex / RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / kinetoplast / response to metal ion / mRNA modification / single-stranded DNA binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / endonuclease activity / mitochondrion ...RNA modification / mitochondrial mRNA editing complex / RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / kinetoplast / response to metal ion / mRNA modification / single-stranded DNA binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / endonuclease activity / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA editing complex, nuclease subunit MP42 / RNA editing complex, subunit MP18 / Single-strand binding protein family / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Nucleic acid-binding proteins / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...RNA editing complex, nuclease subunit MP42 / RNA editing complex, subunit MP18 / Single-strand binding protein family / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Nucleic acid-binding proteins / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MP18 RNA editing complex protein / RNA-editing complex protein MP42
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Park, Y.-J. / Hol, W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of a heterodimer of editosome interaction proteins in complex with two copies of a cross-reacting nanobody.
著者: Park, Y.J. / Pardon, E. / Wu, M. / Steyaert, J. / Hol, W.G.
履歴
登録2011年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月23日Group: Database references
改定 1.22012年1月11日Group: Database references
改定 1.32012年3月14日Group: Database references
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: single domain antibody VHH
B: single domain antibody VHH
C: RNA-editing complex protein MP42
D: MP18 RNA editing complex protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2744
ポリマ－61,2744
非ポリマー00
水1,06359
1
A: single domain antibody VHH
B: single domain antibody VHH
C: RNA-editing complex protein MP42
D: MP18 RNA editing complex protein

A: single domain antibody VHH
B: single domain antibody VHH
C: RNA-editing complex protein MP42
D: MP18 RNA editing complex protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,5498
ポリマ－122,5498
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area18250 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area38040 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8110 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.540, 74.540, 239.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: 抗体 single domain antibody VHH


分子量: 14270.825 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 遺伝子: single domain antibody VHH / プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
#2: タンパク質 RNA-editing complex protein MP42


分子量: 16889.070 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 247-393 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: KREPA3, Tb927.8.620 / プラスミド: pACYC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q95W13
#3: タンパク質 MP18 RNA editing complex protein


分子量: 15843.716 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 20-164 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: KREPA6, Tb10.70.2090 / プラスミド: pACYC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q38B90
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% 2-propanol, 22% w/v PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1771
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL12-210.9792, 0.9794, 0.9116
2
検出器
タイプID検出器日付詳細
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2010年1月1日Rh coated
2
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Liquid nitrogen-cooled double crystalMADMx-ray1
2Liquid nitrogen-cooled double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97941
30.91161
反射解像度: 2.5→54.53 Å / Num. all: 232692 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 17.49
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 2.333 / Rsym value: 0.361 / % possible all: 77.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→54.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 21.425 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.332 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1244 5.1 %RANDOM
Rwork0.19891 ---
obs0.20069 23086 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.521 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.5 Å20 Å20 Å2
2--3.5 Å20 Å2
3----7.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→54.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3593 0 0 59 3652
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.023673
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3281.944987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8393.0015963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1865465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.65123.636165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.75515570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.451525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214152
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02777
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 91 -
Rwork0.373 1478 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.26791.41380.30692.6303-0.8216.4166-0.32160.14850.0772-0.4340.182-0.011-0.0749-0.15070.13970.3326-0.09630.0080.51760.02910.1558-0.4488-0.902214.9919
24.89341.51.44372.45951.32595.8554-0.1041-0.04790.0720.0005-0.05670.09130.0902-0.04930.16080.0455-0.00190.06740.3361-0.03450.1588-21.1618-17.365731.3578
312.3923-8.5514-11.167524.501117.040514.7557-1.9415-2.4388-1.53690.07711.6534-1.50181.19572.03080.28810.9580.310.32421.2280.45270.83617.7028-4.461754.178
48.57970.91551.292924.50381.63424.12780.1682-0.29790.12150.1695-0.1361.4922-0.2746-0.8429-0.03220.2230.05990.04520.7314-0.00650.1002-14.7789-6.4451.2246
54.89432.2899-1.28317.4936-2.40685.7335-0.11940.10.5631-0.26250.18610.3583-0.3753-0.4555-0.06670.22570.0734-0.05050.6127-0.13720.1202-10.86120.048246.5808
62.2878-0.4862-0.9594.03262.70056.2388-0.1289-0.53950.08890.76580.08290.14550.2231-0.17640.0460.18790.002-0.01480.5584-0.00680.2275-9.1037-6.898550.2567
74.5466-0.4463-0.15712.888-2.79382.8374-0.0968-0.6140.09210.0129-0.154-0.2952-0.12340.37330.25070.4021-0.1709-0.0640.5658-0.13670.22016.40863.624741.9903
83.86070.7638-0.846314.3553-2.00472.59240.0372-0.10580.02260.6325-0.1731-0.1823-0.67450.43180.13590.2219-0.0884-0.09590.5845-0.11650.13756.49790.900841.6294
96.1055-0.0940.49936.1062-1.01282.3707-0.19740.70060.68790.10330.0247-0.2816-0.61160.31010.17270.4242-0.0667-0.02810.6621-0.08040.16726.42775.214240.7717
103.85992.34413.03044.10120.80334.5453-0.3602-0.25380.70070.066-0.15830.1959-0.84250.09240.51850.3195-0.00130.04690.615-0.0910.242-0.11343.87639.167
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 128
3X-RAY DIFFRACTION3C283 - 292
4X-RAY DIFFRACTION4C293 - 307
5X-RAY DIFFRACTION5C308 - 338
6X-RAY DIFFRACTION6C339 - 393
7X-RAY DIFFRACTION7D20 - 38
8X-RAY DIFFRACTION8D39 - 81
9X-RAY DIFFRACTION9D82 - 106
10X-RAY DIFFRACTION10D107 - 132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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