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- PDB-3sgu: Crystal structure of Methanothermobacter thermautotrophicus oroti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sgu
タイトルCrystal structure of Methanothermobacter thermautotrophicus orotidine 5'-monophosphate decarboxylase covalently modified by 5-fluoro-6-iodo-UMP
要素Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
キーワードLYASE / Methanothermobacter thermautotrophicus / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / covalent / 5-fluoro-6-iodo-UMP / decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...: / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-FLUORO-URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Liu, Y. / Kotra, L.P. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Methanothermobacter thermautotrophicus orotidine 5'-monophosphate decarboxylase covalently modified by 5-fluoro-6-iodo-UMP
著者: Liu, Y. / Kotra, L.P. / Pai, E.F.
履歴
登録2011年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Structure summary
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1702
ポリマ－26,8281
非ポリマー3421
水1,76598
1
A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3404
ポリマ－53,6562
非ポリマー6842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area15290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.891, 103.709, 73.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1103-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase


分子量: 26827.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
株: DeltaH / 遺伝子: 1470090, MTH_129, pyrF / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-5FU / 5-FLUORO-URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / 5-フルオロ-5′-ウリジル酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 342.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12FN2O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: Trisodium Citrate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 23657 / Num. obs: 22900 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.232 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1592 / % possible all: 65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DV7

1dv7


解像度: 1.7→26.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.679 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19614 1204 5.1 %RANDOM
Rwork0.16416 ---
obs0.16576 22433 94.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.669 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.87 Å20 Å20 Å2
2---1.15 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1617 0 22 98 1737
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.9932463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4945239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.49923.25686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.60915310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8531521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8641.51135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54921836
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4873674
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.34.5627
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.739 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 57 -
Rwork0.256 1006 -
obs-1063 58.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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