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- PDB-3q19: Human Glutathione Transferase O2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q19
タイトルHuman Glutathione Transferase O2
要素Glutathione S-transferase omega-2
キーワードTRANSFERASE / Glutathione Transferase / GST / Dehydroascorbate Reductase / Reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


methylarsonate reductase / methylarsonate reductase activity / Vitamin C (ascorbate) metabolism / glutathione dehydrogenase (ascorbate) / glutathione dehydrogenase (ascorbate) activity / L-ascorbic acid metabolic process / cellular response to arsenic-containing substance / Glutathione conjugation / glutathione transferase / glutathione transferase activity ...methylarsonate reductase / methylarsonate reductase activity / Vitamin C (ascorbate) metabolism / glutathione dehydrogenase (ascorbate) / glutathione dehydrogenase (ascorbate) activity / L-ascorbic acid metabolic process / cellular response to arsenic-containing substance / Glutathione conjugation / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / xenobiotic metabolic process / oxidoreductase activity / extracellular exosome / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, omega-class / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, omega-class / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Glutathione S-transferase omega-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhou, H. / Board, P.G. / Oakley, A.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural insights into the dehydroascorbate reductase activity of human omega-class glutathione transferases.
著者: Zhou, H. / Brock, J. / Liu, D. / Board, P.G. / Oakley, A.J.
履歴
登録2010年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月16日Group: Database references
改定 1.22013年9月4日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase omega-2
B: Glutathione S-transferase omega-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2256
ポリマ－55,5402
非ポリマー6864
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.425, 85.017, 60.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase omega-2 / GSTO-2


分子量: 27769.898 Da / 分子数: 2 / 変異: C80S, C121S, C136S, C140S, C170S, C214S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSTO2 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15/rep4 / 参照: UniProt: Q9H4Y5, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M sodium chloride, 0.1M Bicine pH 9.0, 20% (v/v) PEGMME 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95663 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
放射モノクロメーター: Double Si with sagittaly bent second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95663 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.51 Å / Num. all: 34258 / Num. obs: 34258 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): -4 / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 4571 / % possible all: 85.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EEM

1eem


解像度: 1.9→42.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.832 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19418 1697 5 %RANDOM
Rwork0.1635 ---
all0.165 32564 --
obs0.165 32564 92.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.703 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å2-0 Å20.03 Å2
2---0.21 Å2-0 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3722 0 42 216 3980
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223944
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1331.9775373
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8593.0016641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.145473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.5723.202178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.16715658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4341525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4931.52329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1021.5915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93523793
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.51231615
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3854.51572
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.003 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.187 246 -
Rwork0.146 4325 -
obs--85.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8477-0.2082-0.54912.19651.07642.28140.0026-0.0459-0.01870.09230.0484-0.21480.03930.1403-0.05110.0197-0.0039-0.01880.05460.0190.035311.2753-6.550127.9468
21.7853-1.0105-0.79531.76910.66631.77840.0268-0.00390.2247-0.00110.0303-0.1129-0.1916-0.008-0.05710.0325-0.0049-0.0090.0390.00910.03653.7317.54142.8469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 228
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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