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- PDB-3obl: Crystal structure of the potent anti-HIV cyanobacterial lectin fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3obl
タイトルCrystal structure of the potent anti-HIV cyanobacterial lectin from Oscillatoria Agardhii
要素Lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / novel beta barrel fold / anti-HIV lectin / High mannose glycans
機能・相同性Lipocalin - #450 / OAA-family lectin sugar binding domain / : / OAA-family lectin sugar binding domain / Lipocalin / carbohydrate binding / Beta Barrel / Mainly Beta / Lectin
機能・相同性情報
生物種Planktothrix agardhii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Koharudin, L.M.I. / Furey, W. / Gronenborn, A.M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Novel fold and carbohydrate specificity of the potent anti-HIV cyanobacterial lectin from Oscillatoria agardhii.
著者: Koharudin, L.M. / Furey, W. / Gronenborn, A.M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Primary structure and carbohydrate binding specificity of a potent anti-HIV lectin isolated from the filamentous cyanobacterium Oscillatoria agardhii
著者: Sato, Y. / Okuyama, S. / Hori, K.
#2: ジャーナル: Fisheries Sci. / 年: 2009
タイトル: Cloning, expression, and characterization of a novel anti-HIV lectin from the cultured cyanobacterium, Oscillatoria agardhii
著者: Sato, T. / Hori, K.
履歴
登録2010年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin
B: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7476
ポリマ－27,8622
非ポリマー8854
水6,197344
1
A: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3733
ポリマ－13,9311
非ポリマー4432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3733
ポリマ－13,9311
非ポリマー4432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.752, 47.275, 47.367
Angle α, β, γ (deg.)78.16, 62.99, 63.14
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Lectin


分子量: 13930.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Expressed as native protein
由来: (組換発現) Planktothrix agardhii (バクテリア)
遺伝子: OAA / プラスミド: pET26B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: C0STD7
#2: 化合物
ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID


分子量: 221.317 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.2 M NaH2PO4/0.8 M K2HPO4, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M CAPS (pH 10.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.9795, 0.9793, 0.9718
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年2月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK MONOCHROMATOR HIGH-RESOLUTION DOUBLE-CRYSTAL SI(220) SAGITTAL FOCUSING, ROSENBAUM- ROCK VERTICAL FOCUSING MIRROR
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97931
30.97181
反射解像度: 1.1→22.64 Å / Num. obs: 86175 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.81 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 3.73 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 9892 / % possible all: 83.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREKデータスケーリング
PHENIXモデル構築
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
d*TREKデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.2→22.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.692 / SU ML: 0.033 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE DATA HAVE BEEN COLLECTED UP 1.10 A RESOLUTION. HOWEVER, REFINEMENT CONVERGED TO BETTER R VALUES BY CUTTING THE RESOLUTION TO 1.20 A.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16923 8658 10 %RANDOM
Rwork0.14024 ---
all-77522 --
obs-77522 93.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.854 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.76 Å20.19 Å2-1.34 Å2
2---1.23 Å20.5 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→22.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1966 0 56 344 2366
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212262
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3561.9353146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74633612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1115333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.62826.696115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.35215327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.403156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7771.51402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5251.5608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.92622273
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.833860
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.274.5835
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.15733713
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.5793355
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.5933631
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 600 -
Rwork0.21 5528 -
obs--90.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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