PDB-3nts: Catalytic domain of VsdC from Aeromonas hydrophila

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nts

タイトル

Catalytic domain of VsdC from Aeromonas hydrophila

要素

VsdC

キーワード

TRANSFERASE / mono-ADP ribosyltransferase toxin

機能・相同性

Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Alpha-Beta Complex / extracellular region / Alpha Beta / VsdC

機能・相同性情報

生物種

Aeromonas hydrophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Pfoh, R. / Shniffer, A. / Merrill, A.R. / Pai, E.F.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Biochemical characterization of an actin-targeting ADP ribosyltransferase from aeromonas hydrophila and the identification of a novel inhibitor for this toxin family
著者: Shniffer, A. / Suarez, G. / Turgeon, Z.J. / Pfoh, R. / Fieldhouse, R.J. / K Chopra, A. / Pai, E.F. / Merrill, A.R.

履歴

登録	2010年7月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nts.cif.gz	157 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nts.ent.gz	125.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nts.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nts_validation.pdf.gz	455 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nts_full_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示
XML形式データ	3nts_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	3nts_validation.cif.gz	18.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/3nts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/3nts	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4k3g-d 3kaw-4 6f0f-d 6kgc-d 4fml-2 6epa-d 3ul4-d 3kaw-2 6kge-1 2d5v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: VsdC

B: VsdC

ヘテロ分子

53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VsdC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: VsdC

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.800, 87.800, 295.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	B	68 - 80
2	1	1	4	A	68 - 80
1	1	2	1	B	81 - 90
2	1	2	1	A	81 - 90
1	1	3	4	B	91 - 116
2	1	3	4	A	91 - 116
1	1	4	1	B	117 - 120
2	1	4	1	A	117 - 120
1	1	5	4	B	121 - 144
2	1	5	4	A	121 - 144
1	1	6	1	B	151 - 166
2	1	6	1	A	151 - 166
1	1	7	4	B	167 - 172
2	1	7	4	A	167 - 172
1	1	8	1	B	173 - 182
2	1	8	1	A	173 - 182
1	1	9	4	B	183 - 187
2	1	9	4	A	183 - 187
1	1	10	1	B	188 - 192
2	1	10	1	A	188 - 192
1	1	11	4	B	193 - 195
2	1	11	4	A	193 - 195
1	1	12	1	B	196 - 206
2	1	12	1	A	196 - 206
1	1	13	1	B	207 - 220
2	1	13	1	A	207 - 220
1	1	14	4	B	221 - 229
2	1	14	4	A	221 - 229
1	1	15	1	B	230 - 246
2	1	15	1	A	230 - 246
1	1	16	4	B	247 - 248
2	1	16	4	A	247 - 248
1	1	17	1	B	249 - 263
2	1	17	1	A	249 - 263
1	1	18	4	B	264 - 266
2	1	18	4	A	264 - 266
1	1	19	6	B	145 - 150
2	1	19	6	A	145 - 150

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	VsdC 分子量: 26655.068 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 49-266 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア) 遺伝子: vsdC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q49TP5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.14 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium acetate, 5% glycerol, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年3月4日
放射	モノクロメーター: multi-layer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.32→50 Å / Num. all: 10513 / Num. obs: 10417 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.253 / R_sym value: 0.127
反射シェル	解像度: 3.32→3.42 Å / % possible all: 96.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
SADABS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.4→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.879 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.869 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 94.962 / SU ML: 0.64 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.563 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.291	468	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2705	-	-	-
all	0.2715	9728	-	-
obs	0.2715	9728	97.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.19 Å² / B_iso mean: 71.065 Å² / B_iso min: 21.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.73 Å²	1.36 Å²	0 Å²
2-	-	2.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2849	0	5	0	2854

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	2901
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.875	1.995	3942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.653	5	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.941	24.05	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.836	15	473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.999	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	2180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.267	1.5	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.488	2	2978
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.33	3	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.623	4.5	964

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	101	MEDIUM POSITIONAL	0.41	0.5
1	101	MEDIUM THERMAL	0.13	2
2	86	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
2	86	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
3	193	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
3	193	MEDIUM THERMAL	0.12	2
4	32	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
4	32	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
5	164	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
5	164	MEDIUM THERMAL	0.16	2
6	121	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
6	121	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
7	41	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
7	41	MEDIUM THERMAL	0.1	2
8	73	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
8	73	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
9	43	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
9	43	MEDIUM THERMAL	0.12	2
10	40	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
10	40	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
11	27	MEDIUM POSITIONAL	0.11	0.5
11	27	MEDIUM THERMAL	0.06	2
12	73	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
12	73	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
13	60	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
13	60	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
14	79	MEDIUM POSITIONAL	0.7	0.5
14	79	MEDIUM THERMAL	0.18	2
15	123	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
15	123	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
16	6	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
16	6	MEDIUM THERMAL	0.07	2
17	65	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
17	65	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
18	22	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
18	22	MEDIUM THERMAL	0.13	2
19	47	LOOSE POSITIONAL	0.19	5
19	47	LOOSE THERMAL	0.32	10

LS精密化シェル

解像度: 3.4→3.486 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.467	29	-
R_work	0.388	654	-
all	-	683	-
obs	-	-	98.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0057	-1.3808	-0.6568	4.6427	2.9426	3.0913	-0.2338	-0.2615	0.3287	0.5013	0.3453	-0.5474	0.4897	0.6504	-0.1114	0.2909	0.2285	-0.0387	0.3214	0.0296	0.2681	-10.9603	-32.9766	-23.5226
2	2.7625	-2.0542	0.9363	5.2195	0.3006	1.8454	-0.0508	0.4249	-0.3221	0.0652	-0.1956	0.1306	0.1488	-0.3015	0.2465	0.2675	0.1069	0.1189	0.3761	-0.1451	0.2043	-35.8475	-28.0217	-39.4017

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	68 - 266
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	68 - 266

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)