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- PDB-3nj1: X-ray crystal structure of the PYL2(V114I)-pyrabactin A complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nj1
タイトルX-ray crystal structure of the PYL2(V114I)-pyrabactin A complex
要素Abscisic acid receptor PYL2
キーワードHORMONE RECEPTOR / START / ABA / PYR/PYL/RCAR / plant hormone / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(pyridin-2-ylmethyl)naphthalene-1-sulfonamide / Chem-PYV / Abscisic acid receptor PYL2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.948 Å
データ登録者Peterson, F.C. / Burgie, E.S. / Bingman, C.A. / Volkman, B.F. / Phillips Jr., G.N. / Cutler, S.R. / Jensen, D.R. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for selective activation of ABA receptors.
著者: Peterson, F.C. / Burgie, E.S. / Park, S.Y. / Jensen, D.R. / Weiner, J.J. / Bingman, C.A. / Chang, C.E. / Cutler, S.R. / Phillips, G.N. / Volkman, B.F.
履歴
登録2010年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abscisic acid receptor PYL2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3744
ポリマ－21,6061
非ポリマー7683
水2,018112
1
A: Abscisic acid receptor PYL2
ヘテロ分子

A: Abscisic acid receptor PYL2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7488
ポリマ－43,2122
非ポリマー1,5356
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area2190 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.754, 61.754, 222.002
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-264-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Abscisic acid receptor PYL2 / PYR1-like protein 2 / Regulatory components of ABA receptor 14


分子量: 21606.240 Da / 分子数: 1 / 変異: V114I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: Columbia / 遺伝子: At2g26040, PYL2, RCAR14, T19L18.15 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O80992
#2: 化合物 ChemComp-PYV / 4-bromo-N-(pyridin-2-ylmethyl)naphthalene-1-sulfonamide / Pyrabactin


分子量: 377.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13BrN2O2S
#3: 化合物 ChemComp-P2M / N-(pyridin-2-ylmethyl)naphthalene-1-sulfonamide


分子量: 298.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14N2O2S
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein solution 2 ul- 20 mM Tris, pH 7.5, Precipitant solution 2 ul- 220 mM ammonium citrate and 19.5% (w/v) PEG-3350, Cryoprotectant- 20% (v/v) glycerol, vapor diffusion, hanging drop, ...詳細: Protein solution 2 ul- 20 mM Tris, pH 7.5, Precipitant solution 2 ul- 220 mM ammonium citrate and 19.5% (w/v) PEG-3350, Cryoprotectant- 20% (v/v) glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月3日 / 詳細: 300 mm CCD
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 19119 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 16.3 % / Biso Wilson estimate: 33.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.019 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.95-1.9860.6197780.68182.9
1.98-2.028.50.5348700.72793.9
2.02-2.0611.10.4789420.71198.3
2.06-2.1140.429110.76298.9
2.1-2.1515.90.3859360.74799.9
2.15-2.217.40.3319400.75699.9
2.2-2.2517.80.299370.78499.6
2.25-2.3117.90.2259460.83299.9
2.31-2.3817.70.2079660.836100
2.38-2.4618.30.1839360.916100
2.46-2.5418.10.1579451.058100
2.54-2.6518.40.1429631.13100
2.65-2.7718.30.129561.164100
2.77-2.9118.20.0919721.168100
2.91-3.1180.0719831.17899.8
3.1-3.3318.10.0639661.18799.9
3.33-3.6717.80.0589861.2199.7
3.67-4.217.50.04810051.25499.7
4.2-5.2916.60.03710291.21499.5
5.29-40170.03811521.30899.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å34.16 Å
Translation2.5 Å34.16 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.2.0位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NJ0

3nj0


解像度: 1.948→30.428 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8538 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 20.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2172 1816 9.89 %
Rwork0.1952 --
obs0.1974 18358 95.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.792 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 163.01 Å2 / Biso mean: 39.4602 Å2 / Biso min: 11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.948→30.428 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1443 0 49 112 1604
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171594
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2632174
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101245
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006280
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.211596
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.948-2.00070.2902970.2504946104373
2.0007-2.05960.25671220.21761153127588
2.0596-2.1260.25711350.19551201133693
2.126-2.2020.22141350.18571252138795
2.202-2.29010.23341390.18751234137395
2.2901-2.39430.23981420.2021287142998
2.3943-2.52050.24921390.2031278141798
2.5205-2.67830.22971460.20271330147698
2.6783-2.8850.24981440.2061296144098
2.885-3.1750.2171480.21361336148499
3.175-3.63380.20121500.18471359150999
3.6338-4.57570.19381520.15971368152099
4.5757-30.43160.19011670.18921502166999
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.8011 Å / Origin y: 25.5497 Å / Origin z: 9.0924 Å
111213212223313233
T0.0803 Å20.0229 Å2-0.0253 Å2-0.1485 Å2-0.0044 Å2--0.1187 Å2
L1.6041 °2-0.3715 °2-0.2759 °2-1.1602 °20.0022 °2--1.2041 °2
S0.0003 Å °-0.1138 Å °-0.0887 Å °0.0996 Å °0.0548 Å °-0.0839 Å °0.0711 Å °0.1574 Å °-0.0539 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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