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- PDB-3ngd: Structural Basis for Proficient Incorporation of dTTP Opposite O6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ngd
タイトルStructural Basis for Proficient Incorporation of dTTP Opposite O6-methylguanine by Human DNA Polymerase Iota
要素
  • 5'-D(*TP*CP*TP*(6OG)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3'
  • DNA polymerase iota
キーワードTRANSFERASE/DNA / Hoogsteen Base Pair / Nucleoside Triphosphate / Y-family DNA polymerase / Translesion Synthesis / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / DNA-directed DNA polymerase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nuclear speck ...error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / DNA-directed DNA polymerase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nuclear speck / DNA repair / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain ...HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase iota
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Pence, M.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis for Proficient Incorporation of dTTP Opposite O6-Methylguanine by Human DNA Polymerase {iota}.
著者: Pence, M.G. / Choi, J.Y. / Egli, M. / Guengerich, F.P.
履歴
登録2010年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*TP*CP*TP*(6OG)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3'
D: 5'-D(*TP*CP*TP*(6OG)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3'
A: DNA polymerase iota
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5084
ポリマ－58,0413
非ポリマー4671
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.999, 97.999, 202.552
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*TP*(6OG)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3'


分子量: 5506.581 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 DNA polymerase iota / RAD30 homolog B / Eta2


分子量: 47027.344 Da / 分子数: 1 / Fragment: Catalytic Fragment, 1-420 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Kanamycin resistant / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLI, RAD30B / プラスミド: pBG-Poli(bi) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q9UNA4, DNA-directed DNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 12.5% PEG 5000 monomethylether, 0.1 M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月3日 / 詳細: Bruker Montel Confocal Multilayer Mirrors
放射モノクロメーター: Bruker Montel Confocal Multilayer Mirrors
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→80 Å / Num. obs: 14304 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17.9 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.872 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 627 / % possible all: 86.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ALZ minus DNA

2alz


解像度: 2.8→80 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 34.522 / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.401 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28377 704 4.9 %RANDOM
Rwork0.21504 ---
obs0.21836 13705 96.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.048 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å20.51 Å20 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→80 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2898 309 28 64 3299
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6952.1214534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7445366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.53424.922128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.72515565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9191519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4641.51844
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92822987
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.60731468
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6894.51547
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 41 -
Rwork0.312 905 -
obs--88.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.018-0.65274.53853.0652-0.71737.1477-0.2526-0.10520.34180.4321-0.0159-0.6496-0.58530.42540.26860.2138-0.04590.03560.1210.05870.1843-3.8359-17.004119.7775
211.26254.9502-1.11228.3495-1.27287.7418-0.0632-0.17020.3993-0.1653-0.3099-1.5833-0.31451.37990.37310.3413-0.0447-0.00590.31040.12430.51874.7875-17.785123.5169
32.73831.2047-0.80162.0668-2.19598.4216-0.080.14920.1788-0.34190.09960.3554-0.0877-1.0901-0.01960.16860.05220.01070.1142-0.05460.1399-20.2167-16.67765.4158
40.6430.2986-1.42561.5001-0.32392.09940.0678-0.00130.0718-0.08220.0385-0.078-0.0842-0.1216-0.10630.11350.05170.0010.1397-0.01790.0633-13.4524-15.2352.4552
50.98640.3549-1.40860.6228-0.63971.7755-0.1953-0.1869-0.68670.0369-0.1977-0.35420.71550.34740.3930.40560.01670.0520.2250.0360.4953-2.698-35.89463.6214
69.2206-0.71452.7457.693-0.39897.70970.4414-0.49690.09010.9431-0.0152-0.83790.20960.1089-0.42620.5681-0.2144-0.02540.25520.15480.4191-5.6525-39.873733.4793
73.05223.23682.97854.09241.10976.05680.648-0.7219-0.25041.0985-0.3821-0.29050.2938-0.7967-0.2660.7203-0.1973-0.06720.43260.24250.4391-11.5518-44.40135.4807
82.80773.3944-1.922212.3206-6.57214.90260.02380.0254-0.7902-0.1553-0.4874-1.25810.54540.19860.46360.2788-0.0433-0.05090.19550.03970.3812-4.1357-40.860215.3391
93.10590.35041.89664.47084.1878.8167-0.3096-0.2244-0.3351-0.7641-0.20150.1763-0.595-0.66320.51110.2587-0.10090.00770.09010.05380.2629-8.5322-37.588417.9547
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2A68 - 105
3X-RAY DIFFRACTION3A106 - 163
4X-RAY DIFFRACTION4A164 - 229
5X-RAY DIFFRACTION5A230 - 310
6X-RAY DIFFRACTION6A311 - 360
7X-RAY DIFFRACTION7A361 - 414
8X-RAY DIFFRACTION8C7 - 13
9X-RAY DIFFRACTION9D841 - 847

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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