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- PDB-3mxu: Crystal structure of glycine cleavage system protein H from Barto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mxu
タイトルCrystal structure of glycine cleavage system protein H from Bartonella henselae
要素Glycine cleavage system H protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Cat-scratch disease / bacteremia / lymphadenopathy / endocarditis / HIV co-infection
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycine cleavage system H-protein, subgroup / Glycine cleavage system H-protein / Glycine cleavage system H-protein/Simiate / Glycine cleavage H-protein / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif ...Glycine cleavage system H-protein, subgroup / Glycine cleavage system H-protein / Glycine cleavage system H-protein/Simiate / Glycine cleavage H-protein / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Glycine cleavage system H protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bartonella henselae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of glycine cleavage system protein H from Bartonella henselae
著者: Edwards, T.E. / Gardberg, A.S. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2010年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine cleavage system H protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1485
ポリマ－15,7011
非ポリマー4464
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Glycine cleavage system H protein
ヘテロ分子

A: Glycine cleavage system H protein
ヘテロ分子

A: Glycine cleavage system H protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,44315
ポリマ－47,1043
非ポリマー1,33912
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area18070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.910, 98.910, 131.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-124-

SO4

21A-124-

SO4

31A-149-

HOH

41A-161-

HOH

51A-167-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glycine cleavage system H protein


分子量: 15701.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア)
遺伝子: gcvH, BH12830 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6G2F0
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 4.0, 0.8 M ammonium citrate, 25% ethylene glycol as cryo-protectant, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→35.9 Å / Num. obs: 23036 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 26.894 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.95
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. measured obs: 4804 / Num. unique obs: 1664 / % possible all: 98.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 55.01 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å40.72 Å
Translation3 Å40.72 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HGB

3hgb


解像度: 1.8→35.893 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.172 / WRfactor Rwork: 0.155 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.881 / SU B: 3.77 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.087 / SU Rfree: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 1179 5.1 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.177 22981 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.39 Å2 / Biso mean: 22.006 Å2 / Biso min: 8.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20.05 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.893 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1000 0 27 156 1183
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3491.9851495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0295149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.14627.44747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.84515177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.373151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021823
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7811.5687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49821107
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3123400
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7914.5380
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 87 -
Rwork0.281 1574 -
all-1661 -
obs--98.63 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.0801 Å / Origin y: 15.7998 Å / Origin z: 46.6881 Å
111213212223313233
T0.0806 Å20.0139 Å2-0.0142 Å2-0.0172 Å20.02 Å2--0.0467 Å2
L0.5135 °2-0.089 °2-0.2814 °2-0.773 °20.2609 °2--0.7767 °2
S0.0008 Å °0.0105 Å °0.0144 Å °-0.09 Å °-0.0495 Å °0.0278 Å °-0.1188 Å °-0.0318 Å °0.0487 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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