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- PDB-3mhr: 14-3-3 sigma in complex with YAP pS127-peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mhr
タイトル14-3-3 sigma in complex with YAP pS127-peptide
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • YAP phosphopeptide
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 / YAP / adapter protein / protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / glandular epithelial cell differentiation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / bud elongation involved in lung branching / polarized epithelial cell differentiation / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription ...enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / glandular epithelial cell differentiation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / bud elongation involved in lung branching / polarized epithelial cell differentiation / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / negative regulation of cilium assembly / lung epithelial cell differentiation / heart process / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / trophectodermal cell differentiation / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell proliferation / intestinal epithelial cell development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / tissue homeostasis / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / Formation of axial mesoderm / negative regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis / female germ cell nucleus / Signaling by Hippo / proline-rich region binding / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / organ growth / negative regulation of epithelial cell differentiation / interleukin-6-mediated signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of Notch signaling pathway / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Zygotic genome activation (ZGA) / positive regulation of stem cell population maintenance / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / somatic stem cell population maintenance / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / regulation of neurogenesis / bicellular tight junction / negative regulation of keratinocyte proliferation / canonical Wnt signaling pathway / establishment of skin barrier / positive regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of protein localization to plasma membrane / vasculogenesis / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Nuclear signaling by ERBB4 / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / keratinocyte differentiation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / response to progesterone / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / positive regulation of protein export from nucleus / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / stem cell proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / transcription coregulator activity / TP53 Regulates Metabolic Genes / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / wound healing / cellular response to gamma radiation / positive regulation of protein localization to nucleus / cell morphogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cell-cell junction / cell junction / transcription corepressor activity / intracellular protein localization / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of protein localization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly
類似検索 - 分子機能
: / Omega loop, TEAD interacting region 3 / : / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. ...: / Omega loop, TEAD interacting region 3 / : / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein sigma / Transcriptional coactivator YAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Schumacher, B. / Skwarczynska, M. / Rose, R. / Ottmann, C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structure of a 14-3-3[sigma]-YAP phosphopeptide complex at 1.15 A resolution
著者: Schumacher, B. / Skwarczynska, M. / Rose, R. / Ottmann, C.
履歴
登録2010年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月25日Group: Database references
改定 1.32023年5月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: YAP phosphopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,24914
ポリマ－27,6942
非ポリマー55512
水5,188288
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: YAP phosphopeptide
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: YAP phosphopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,49928
ポリマ－55,3884
非ポリマー1,11124
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area8240 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area23560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.270, 112.110, 62.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-233-

MG

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Stratifin / Epithelial cell marker protein 1


分子量: 26558.914 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-231 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: GeneHogs DH10B / 遺伝子: HME1, NM_006142, SFN / プラスミド: pPROEX HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド YAP phosphopeptide


分子量: 1135.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence of the peptide occurs naturally in humans
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46937*PLUS

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非ポリマー , 5種, 300分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.095M HEPES Na-Salt pH7.4, 25.6% PEG 400, 0.19M CaCl2, 5% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.85 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.85 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→45.62 Å / Num. all: 103010 / Num. obs: 102833 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.31 % / Biso Wilson estimate: 14.083 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.54
反射 シェル解像度: 1.15→1.2 Å / 冗長度: 4.95 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 5.23 / Num. unique all: 12258 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3lw1

3lw1


解像度: 1.15→45.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 0.681 / SU ML: 0.015 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15298 5142 5 %RANDOM
Rwork0.1265 ---
obs0.12779 97691 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.718 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→45.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1926 0 27 288 2241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0222246
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0551.9993084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04233956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.8355.181332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22224.952105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.08715.033455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7061515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3331.51360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7751.5544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.45722226
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3173886
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.8214.5812
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.18533836
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.17 378 -
Rwork0.129 7175 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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