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- PDB-3m79: A tetrameric Zn-bound cytochrome cb562 complex with covalently an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m79
タイトルA tetrameric Zn-bound cytochrome cb562 complex with covalently and non-covalently stabilized interfaces crystallized in the presence of Cu(II) and Zn(II)
要素Soluble cytochrome b562
キーワードOXIDOREDUCTASE / Tetramer of Four Helix Bundles / Electron transport / Heme / Iron / Metal-binding / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Brodin, J.D. / Tezcan, F.A.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Evolution of metal selectivity in templated protein interfaces.
著者: Brodin, J.D. / Medina-Morales, A. / Ni, T. / Salgado, E.N. / Ambroggio, X.I. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2010年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562
E: Soluble cytochrome b562
F: Soluble cytochrome b562
G: Soluble cytochrome b562
H: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,06424
ポリマ－93,6098
非ポリマー5,45516
水7,116395
1
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,53212
ポリマ－46,8044
非ポリマー2,7288
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10360 Å2
ΔGint-270 kcal/mol
Surface area18730 Å2
手法PISA
2
E: Soluble cytochrome b562
F: Soluble cytochrome b562
G: Soluble cytochrome b562
H: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,53212
ポリマ－46,8044
非ポリマー2,7288
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10340 Å2
ΔGint-273 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.547, 78.068, 178.339
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 1 - 106 / Label seq-ID: 1 - 106

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH
詳細Tetramer

-
要素

#1: タンパク質
Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 11701.123 Da / 分子数: 8
変異: R34A, L38A, Q41W, K42S, K59H, D66W, V69I, D73H, K77H, T96C, R98C, Y101C
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月16日
詳細: Vertical focusing mirror; single crystal (Si111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.099→89.17 Å / Num. all: 49272 / Num. obs: 49272 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.5 % / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 10.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 6358 / Rsym value: 0.176 / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IQ6

3iq6


解像度: 2.1→59.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.812 / SU B: 9.153 / SU ML: 0.156 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 3566 7.2 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.23 52736 --
obs0.225 49203 93.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.21 Å2 / Biso mean: 27.461 Å2 / Biso min: 9.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→59.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6544 0 352 395 7291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0952.0939680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0685840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.28726.585328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.866151168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0431516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.23567
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2780.24820
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2379
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.090.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2750.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.120.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.441.54382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.79826736
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.47533122
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1514.52928
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A420TIGHT POSITIONAL0.040.05
B420TIGHT POSITIONAL0.040.05
C420TIGHT POSITIONAL0.040.05
D420TIGHT POSITIONAL0.030.05
E420TIGHT POSITIONAL0.050.05
F420TIGHT POSITIONAL0.030.05
G420TIGHT POSITIONAL0.030.05
H420TIGHT POSITIONAL0.040.05
A384LOOSE POSITIONAL0.565
B384LOOSE POSITIONAL0.565
C384LOOSE POSITIONAL0.665
D384LOOSE POSITIONAL0.575
E384LOOSE POSITIONAL1.015
F384LOOSE POSITIONAL0.565
G384LOOSE POSITIONAL0.595
H384LOOSE POSITIONAL0.825
A420TIGHT THERMAL0.080.5
B420TIGHT THERMAL0.070.5
C420TIGHT THERMAL0.060.5
D420TIGHT THERMAL0.070.5
E420TIGHT THERMAL0.080.5
F420TIGHT THERMAL0.070.5
G420TIGHT THERMAL0.070.5
H420TIGHT THERMAL0.070.5
A384LOOSE THERMAL1.2
B384LOOSE THERMAL1.01
C384LOOSE THERMAL1.34
D384LOOSE THERMAL1.36
E384LOOSE THERMAL1.69
F384LOOSE THERMAL1.21
G384LOOSE THERMAL1.12
H384LOOSE THERMAL1.32
LS精密化 シェル解像度: 2.099→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 238 -
Rwork0.218 2963 -
all-3201 -
obs--83.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7972-0.02630.00311.8990.73182.87720.04580.0315-0.0457-0.09180.01180.0711-0.1312-0.0175-0.0576-0.1184-0.0209-0.002-0.07910.0052-0.095534.7927-6.808465.3531
21.53030.74950.17812.3049-2.19683.613-0.0399-0.0120.2055-0.01470.11640.0747-0.0451-0.3145-0.0764-0.0920.01780.0048-0.0338-0.0137-0.061418.18336.822472.3045
33.6479-2.79871.39655.8287-2.31932.86020.0195-0.390.6440.27810.0668-0.2465-0.7617-0.1139-0.08620.23980.00720.0888-0.0156-0.08960.052832.681420.776975.924
44.5222-0.05321.24671.464-0.97482.03440.00130.11230.0913-0.06110.0128-0.1515-0.1390.0545-0.0141-0.0635-0.03390.0677-0.0958-0.0155-0.040346.0269.548861.5805
50.4101-0.3453-0.28932.11491.04474.59280.0112-0.0146-0.0215-0.09930.0330.0115-0.04160.0665-0.0441-0.10680.0221-0.0097-0.07080.0008-0.135.3976-25.3259109.4367
62.03281.0065-0.80942.6046-2.24713.1802-0.02150.11410.1851-0.16090.03250.26250.1093-0.224-0.011-0.09910.043-0.038-0.0425-0.0506-0.022418.3661-11.9013116.0319
71.4291-1.00991.58372.9739-1.72983.13710.0127-0.05640.1679-0.0772-0.06880.004-0.33240.10190.0561-0.01210.0153-0.0244-0.0622-0.038-0.076432.47511.7227121.3974
85.1769-1.23333.55360.994-1.26553.6424-0.18580.5793-0.1019-0.03710.0593-0.0979-0.26590.54440.1266-0.0484-0.00810.00910.0487-0.0227-0.075446.8449-8.4635107.3964
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 106
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 106
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 106
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 106

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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