PDB-3m1g: The structure of a putative glutathione S-transferase from Coryne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m1g

タイトル

The structure of a putative glutathione S-transferase from Corynebacterium glutamicum

要素

Putative glutathione S-transferase

キーワード

TRANSFERASE / ECM4-like subfamily / GST_C family / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Marshall, N. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of a putative glutathione S-transferase from Corynebacterium glutamicum
著者: Cuff, M.E. / Marshall, N. / Cobb, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m1g.cif.gz	208 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m1g.ent.gz	171 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m1g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/3m1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/3m1g	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1zyc-2 1zxe-2 6yxf-d 1m7u-d 4riy-2 1zyd-d 6tii-2 4z1h-d 6al2-1 1zy5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc61549

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (5) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Putative glutathione S-transferase

B: Putative glutathione S-transferase

C: Putative glutathione S-transferase

ヘテロ分子

125 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Putative glutathione S-transferase

ヘテロ分子

A: Putative glutathione S-transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Putative glutathione S-transferase

C: Putative glutathione S-transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	167.245, 167.245, 226.855
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	Putative glutathione S-transferase 分子量: 41176.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 株: ATCC 13032 / 遺伝子: cg1426, Cgl1264 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): modified BL21 / 参照: UniProt: Q8NR03, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 859 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.69 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.2M sodium potassium tartrate, 20% PEG 3350, trypsin in situ, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97948, 0.97935

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月16日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97948	1
2	0.97935	1

Reflection

冗長度: 11 % / Av σ(I) over netI: 36.2 / 数: 1019242 / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 1.19 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 92656 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.7	50	97.9	1	0.047	2.71	10.3
4.52	5.7	100	1	0.049	2.192	10.6
3.95	4.52	100	1	0.057	2.628	10.8
3.59	3.95	100	1	0.058	2.107	10.9
3.33	3.59	100	1	0.06	1.599	11
3.14	3.33	100	1	0.068	1.335	11.1
2.98	3.14	100	1	0.081	1.175	11.1
2.85	2.98	100	1	0.092	1.083	11.1
2.74	2.85	100	1	0.113	0.971	11.1
2.65	2.74	100	1	0.131	0.911	11.1
2.56	2.65	100	1	0.154	0.821	11.1
2.49	2.56	100	1	0.179	0.796	11.1
2.42	2.49	100	1	0.208	0.767	11.1
2.37	2.42	100	1	0.251	0.738	11.1
2.31	2.37	100	1	0.288	0.709	11.1
2.26	2.31	100	1	0.326	0.705	11.1
2.22	2.26	100	1	0.43	0.702	11.1
2.18	2.22	100	1	0.496	0.666	11.1
2.14	2.18	100	1	0.591	0.651	11.1
2.1	2.14	100	1	0.667	0.639	11.1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 92656 / Num. obs: 92656 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11 % / B_iso Wilson estimate: 53.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 1.19 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 0.667 / Num. unique all: 4558 / Χ²: 0.639 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.254 / FOM acentric: 0.266 / FOM centric: 0.112 / 反射: 92460 / Reflection acentric: 85582 / Reflection centric: 6878

Phasing MAD set

最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 50 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	2.74	1	0.1	0	0	0	85582	6878
2	0.99	0.97	50.3	66.3	0.25	0.21	61095	5493

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	12.98-50	2.6	1	0.4	0.1	0	0	281	118
1	7.46-12.98	1.4	1	0.2	0.1	0	0	1422	343
1	5.23-7.46	2.09	1	0.2	0.1	0	0	3476	563
1	4.03-5.23	1.51	1	0.2	0.1	0	0	6473	775
1	3.28-4.03	1.75	1	0.1	0.1	0	0	10345	958
1	2.76-3.28	2.98	1	0.1	0	0	0	15159	1179
1	2.39-2.76	4.98	1	0.1	0	0	0	20898	1371
1	2.1-2.39	7.53	1	0.1	0	0	0	27528	1571
2	12.98-50	0.96	0.97	69.6	81.6	0.64	0.47	280	117
2	7.46-12.98	0.98	0.95	70.5	84.9	0.42	0.33	1422	343
2	5.23-7.46	0.97	0.93	54.7	67.1	0.45	0.34	3476	563
2	4.03-5.23	0.98	0.96	68.2	83.5	0.29	0.23	6472	774
2	3.28-4.03	0.99	0.98	62.9	75.3	0.25	0.19	10345	958
2	2.76-3.28	0.99	0.98	45.3	57.7	0.24	0.17	15158	1179
2	2.39-2.76	0.99	0.99	40.8	52.7	0.18	0.13	20895	1371
2	2.1-2.39	0.99	1	42.6	55.6	0.14	0.1	3047	188

Phasing MAD set site

Atom type symbol: Se

ID	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy	Occupancy iso
1	24.5243	0.478	0.183	0.205	1.872	0
2	56.2892	0.269	0.166	0.022	2.036	0
3	34.6234	0.622	0.206	0.165	1.854	0
4	40.0523	0.29	0.175	0.026	1.8	0
5	40.0365	0.715	0.283	0.205	1.649	0
6	37.9445	0.656	0.184	0.178	1.517	0
7	36.8845	0.774	0.366	0.166	1.492	0
8	56.4128	0.31	0.164	0.01	1.758	0
9	51.9753	0.301	0.051	-0.018	1.585	0
10	49.9609	0.472	0.16	0.209	1.731	0
11	42.7874	0.633	0.186	0.162	1.527	0
12	36.7816	0.452	0.153	0.193	1.56	0
13	24.0162	0.478	0.183	0.205	2.21	0.086
14	48.4987	0.269	0.166	0.022	2.404	0.085
15	33.9884	0.622	0.205	0.166	2.224	0.083
16	52.8853	0.291	0.175	0.026	2.373	0.058
17	37.4136	0.715	0.282	0.205	1.941	0.05
18	34.5775	0.656	0.184	0.179	1.85	0.057
19	38.4265	0.774	0.366	0.166	1.916	0.048
20	53.4973	0.31	0.164	0.01	2.117	0.041
21	56.3829	0.301	0.052	-0.018	1.998	0.05
22	41.3497	0.472	0.159	0.209	2.299	0.062
23	51.8615	0.634	0.185	0.162	2.103	0.052
24	25.4904	0.452	0.152	0.193	1.717	0.045

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
12.98-50	0.514	0.635	0.228	399	281	118
7.46-12.98	0.524	0.596	0.226	1765	1422	343
5.23-7.46	0.549	0.597	0.252	4039	3476	563
4.03-5.23	0.454	0.487	0.182	7248	6473	775
3.28-4.03	0.406	0.431	0.14	11303	10345	958
2.76-3.28	0.337	0.354	0.121	16338	15159	1179
2.39-2.76	0.201	0.209	0.073	22269	20898	1371
2.1-2.39	0.078	0.082	0.005	29099	27528	1571

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 92460

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
11.38-100	67.3	0.755	600
8.05-11.38	64.3	0.88	1126
6.57-8.05	61.2	0.906	1434
5.69-6.57	60.7	0.874	1698
5.09-5.69	60.9	0.89	1886
4.65-5.09	62.5	0.881	2089
4.3-4.65	65.7	0.863	2250
4.02-4.3	66.9	0.846	2426
3.79-4.02	68.4	0.838	2547
3.6-3.79	67.5	0.834	2721
3.43-3.6	68.3	0.824	2841
3.29-3.43	67.5	0.791	2959
3.16-3.29	68.8	0.791	3081
3.04-3.16	68.8	0.77	3211
2.94-3.04	72.5	0.742	3307
2.85-2.94	72.8	0.741	3427
2.76-2.85	72.9	0.728	3522
2.68-2.76	75.2	0.704	3603
2.61-2.68	74.8	0.721	3745
2.55-2.61	76.3	0.686	3824
2.48-2.55	77.6	0.692	3918
2.43-2.48	79.8	0.699	4010
2.37-2.43	80.1	0.679	4091
2.32-2.37	80.3	0.683	4201
2.28-2.32	80.8	0.688	4268
2.23-2.28	84.9	0.674	4357
2.19-2.23	84.5	0.672	4428
2.15-2.19	86.1	0.681	4506
2.1-2.15	86.3	0.631	6384

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	6	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→45.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / WR_factor R_free: 0.173 / WR_factor R_work: 0.148 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.925 / SU B: 5.707 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.123 / SU R_free: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.114
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.176	4633	5 %	RANDOM
R_work	0.151	-	-	-
all	0.152	92656	-	-
obs	0.152	92656	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.66 Å² / B_iso mean: 26.273 Å² / B_iso min: 8.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7122	0	76	859	8057

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	7483
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5161
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.448	1.956	10196
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.943	3	12490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.899	5	913
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.837	23.226	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.449	15	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.437	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	8355
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.778	1.5	4491
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.204	1.5	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.417	2	7301
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.195	3	2992
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.492	4.5	2882

LS精密化シェル

解像度: 2.103→2.158 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	336	-
R_work	0.2	6388	-
all	-	6724	-
obs	-	-	99.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3987	-0.6714	-0.3137	2.9373	1.2785	1.0461	0.0676	0.0174	0.0143	0.0577	-0.1684	-0.0137	0.0374	-0.1397	0.1008	0.0415	-0.006	-0.0088	0.0247	-0.0241	0.0454	41.2796	20.0127	10.6453
2	1.7781	-0.3204	0.5875	0.45	0.0342	1.2279	-0.075	-0.1083	0.0927	-0.0308	-0.0306	-0.0248	-0.1587	0.2066	0.1056	0.052	-0.0526	0.0267	0.1151	-0.0237	0.0689	75.3988	38.1716	52.233
3	0.9546	-0.8635	0.2322	1.2568	-0.3514	0.4728	0.0485	0.1529	0.1286	-0.0952	-0.1261	-0.153	-0.2267	0.003	0.0776	0.2693	0.0608	-0.04	0.1133	-0.0719	0.1158	42.897	61.3977	31.6979

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 358
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	26 - 358
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	26 - 359

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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