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Yorodumi- PDB-3m1g: The structure of a putative glutathione S-transferase from Coryne... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3m1g | ||||||
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Title | The structure of a putative glutathione S-transferase from Corynebacterium glutamicum | ||||||
Components | Putative glutathione S-transferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / ECM4-like subfamily / GST_C family / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Corynebacterium glutamicum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Cuff, M.E. / Marshall, N. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: The structure of a putative glutathione S-transferase from Corynebacterium glutamicum Authors: Cuff, M.E. / Marshall, N. / Cobb, G. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3m1g.cif.gz | 208 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3m1g.ent.gz | 171 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3m1g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/3m1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/3m1g | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41176.180 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium glutamicum (bacteria) / Strain: ATCC 13032 / Gene: cg1426, Cgl1264 / Plasmid: pMCSG19 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): modified BL21 / References: UniProt: Q8NR03, glutathione transferase #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-EDO / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.21 Å3/Da / Density % sol: 61.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 Details: 0.2M sodium potassium tartrate, 20% PEG 3350, trypsin in situ, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97948, 0.97935 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 16, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 11 % / Av σ(I) over netI: 36.2 / Number: 1019242 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.19 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 92656 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 92656 / Num. obs: 92656 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 11 % / Biso Wilson estimate: 53.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.19 / Net I/σ(I): 8.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Redundancy: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.667 / Num. unique all: 4558 / Χ2: 0.639 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.254 / FOM acentric: 0.266 / FOM centric: 0.112 / Reflection: 92460 / Reflection acentric: 85582 / Reflection centric: 6878 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | Highest resolution: 2.1 Å / Lowest resolution: 50 Å
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site | Atom type symbol: Se
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 92460 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.1→45.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / WRfactor Rfree: 0.173 / WRfactor Rwork: 0.148 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.925 / SU B: 5.707 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.123 / SU Rfree: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.114 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 92.66 Å2 / Biso mean: 26.273 Å2 / Biso min: 8.52 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→45.45 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.103→2.158 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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