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- PDB-3lf2: NADPH Bound Structure of the Short Chain Oxidoreductase Q9HYA2 fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lf2
タイトルNADPH Bound Structure of the Short Chain Oxidoreductase Q9HYA2 from Pseudomonas aeruginosa PAO1 Containing an Atypical Catalytic Center
要素Short Chain OxidoReductase Q9HYA2
キーワードOXIDOREDUCTASE / sdr / SCOR / Rossmann Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / antibiotic biosynthetic process / NADP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Probable short-chain dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Huether, R. / Umland, T.C. / Duax, W.L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: The short-chain oxidoreductase Q9HYA2 from Pseudomonas aeruginosa PAO1 contains an atypical catalytic center.
著者: Huether, R. / Mao, Q. / Duax, W.L. / Umland, T.C.
履歴
登録2010年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年11月27日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short Chain OxidoReductase Q9HYA2
B: Short Chain OxidoReductase Q9HYA2
C: Short Chain OxidoReductase Q9HYA2
D: Short Chain OxidoReductase Q9HYA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,06013
ポリマ－114,0864
非ポリマー1,9749
水8,233457
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16030 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area38100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.788, 112.607, 136.584
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Short Chain OxidoReductase Q9HYA2


分子量: 28521.584 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA3507 / プラスミド: pETSumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q9HYA2

-
非ポリマー , 5種, 466分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM Mes, 100mM MnSO4, 20%(v/v) GLYCEROL 15%(w/v) PEG 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979454 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979454 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. all: 70279 / Num. obs: 61424 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 30.14 Å2 / Rsym value: 0.067 / Χ2: 1.294 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / Num. unique all: 3574 / Rsym value: 0.499 / Χ2: 1.275 / % possible all: 51.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 56.91
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å32.89 Å
Translation2.5 Å32.89 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 3LF1

3lf1


解像度: 2.3→32.894 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2146 5.05 %random
Rwork0.173 ---
obs0.176 42509 92.72 %-
all-45856 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.233 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 130.38 Å2 / Biso mean: 42.425 Å2 / Biso min: 13.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.674 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.102 Å2-0 Å2
3----11.572 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→32.894 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7869 0 79 457 8405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99111019
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041437
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2282932
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.3-2.3530.251110.18722452356224578
2.353-2.4120.3041140.18423022416230281
2.412-2.4770.2821330.1924082541240884
2.477-2.550.2431510.17425262677252688
2.55-2.6330.2521280.17726522780265292
2.633-2.7270.311540.18326772831267794
2.727-2.8360.2761550.19126852840268594
2.836-2.9650.261520.19227712923277196
2.965-3.1210.2591640.18527682932276897
3.121-3.3160.2741580.18427952953279597
3.316-3.5720.2371290.17128462975284698
3.572-3.9310.2361390.15328993038289998
3.931-4.4990.1841460.14628963042289698
4.499-5.6630.2051540.15828983052289898
5.663-32.8980.2021580.17429953153299596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.08580.0399-0.29870.7103-0.30071.0067-0.0104-0.0436-0.08090.0273-0.0565-0.04430.05190.13760.06060.07880.015-0.0250.11970.02960.1374-32.316638.444-53.9168
20.6935-0.3259-0.08320.2392-0.0980.91280.05140.1247-0.0762-0.0696-0.0960.019-0.0129-0.06420.03580.14220.03150.00040.1364-0.04630.137-39.928143.1298-87.0093
30.77950.08830.08130.5019-0.17150.47950.01130.06750.0923-0.0655-0.0707-0.0157-0.33180.08660.04120.2905-0.0535-0.00860.14790.0370.1413-29.177771.5721-83.461
40.6353-0.0183-0.2030.08040.07661.02890.01-0.08480.05420.0394-0.04730.0077-0.48610.0470.03940.331-0.0445-0.04320.1338-0.01880.1391-38.048168.1041-50.4261
51.01550.5355-0.02510.28540.01070.24010.23560.07770.01490.22580.06790.20570.05570.0082-0.27550.63040.16240.04330.39020.06190.5937-28.310929.2961-54.0703
60.08720.1102-0.01580.138-0.01840.00230.1237-0.0824-0.02720.038-0.0111-0.0303-0.02480.0909-0.06370.8754-0.27860.01120.7763-0.0280.7061-25.18280.4582-82.8694
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA3
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB3 - 265
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC5 - 4
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD4 - 265
5X-RAY DIFFRACTION5chain EA1 - 266
6X-RAY DIFFRACTION6chain FC1 - 266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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