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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kxs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of HBV capsid mutant dimer (oxy form), strain adyw | ||||||
要素 | Capsid protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Core protein / capsid / hepadnavirus / four helix bundle / icosahedral / dimer / Capsid protein / DNA-binding / Host cytoplasm / Host-virus interaction / Phosphoprotein / RNA-binding / Virion | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hepatitis B virus subtype adyw (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Packianathan, C. / Katen, S.P. / Zlotnick, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010 タイトル: Conformational changes in the hepatitis B virus core protein are consistent with a role for allostery in virus assembly 著者: Packianathan, C. / Katen, S.P. / Dann, C.E. / Zlotnick, A. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009 タイトル: A Mutant Hepatitis B Virus Core Protein Mimics Inhibitors of Icosahedral Capsid Self-Assembly 著者: Bourne, C.R. / Katen, S.P. / Fulz, M.R. / Packianathan, C. / Zlotnick, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3kxs.cif.gz | 176.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3kxs.ent.gz | 142.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3kxs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kxs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kxs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1qgtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | Authors state that the mutant is an assembly deficient dimer of core protein. The wt is also a dimer in solution but can be assembled into an icosahedron (PDB accession 2G33). |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16065.363 Da / 分子数: 6 / 断片: assembly domain residues 1 to 149 / 変異: Y132A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hepatitis B virus subtype adyw (ウイルス) 属: orthohepadnavirus / 生物種: Hepatitis B virus / 株: ADYW / 遺伝子: C / プラスミド: pET11c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: P03147 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.45 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG1500, Calcium acetate, sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年7月18日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Osmic Blue confocal mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 228368 / Num. obs: 228368 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 41.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 5.34 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1QGT 解像度: 2.25→25.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.36 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→25.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.247→2.305 Å / Total num. of bins used: 20
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