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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 3j16
タイトルModels of ribosome-bound Dom34p and Rli1p and their ribosomal binding partners
記述子Dom34p
Rli1p
(60S ribosomal protein ...) x 3
(40S ribosomal protein ...) x 3
キーワードRIBOSOME / ribosome recycling / translation / eukarya
試料の由来Saccharomyces cerevisiae / 酵母 / サッカロミセス・セレビシエ /
手法電子顕微鏡 (7.2 Å 分解能 / Particle / 単粒子解析)
データ登録者Becker, T. / Franckenberg, S. / Wickles, S. / Shoemaker, C.J. / Anger, A.M. / Armache, J.-P. / Sieber, H. / Ungewickell, C. / Berninghausen, O. / Daberkow, I. / Karcher, A. / Thomm, M. / Hopfner, K.-P. / Green, R. / Beckmann, R.
引用Nature, 2012, 482, 501-506

Nature, 2012, 482, 501-506 StrPapers
Structural basis of highly conserved ribosome recycling in eukaryotes and archaea.
Thomas Becker / Sibylle Franckenberg / Stephan Wickles / Christopher J Shoemaker / Andreas M Anger / Jean-Paul Armache / Heidemarie Sieber / Charlotte Ungewickell / Otto Berninghausen / Ingo Daberkow / Annette Karcher / Michael Thomm / Karl-Peter Hopfner / Rachel Green / Roland Beckmann

構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2011年12月12日 / 公開: 2012年2月22日
改定日付Data content typeGroupProviderタイプ
1.02012年2月22日Structure modelrepositoryInitial release
1.12012年2月29日Structure modelDatabase references
1.22012年3月28日Structure modelDatabase references
1.32012年4月18日Structure modelDatabase references
1.42012年5月30日Structure modelRefinement description / Structure summary

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集合体

登録構造単位
A: Dom34p
B: Rli1p
J: 28S ribosomal RNA
K: 18S ribosomal RNA
L: P-site tRNA
F: 60S ribosomal protein L6
E: 40S ribosomal protein S30E
G: 60S ribosomal protein L10
C: 40S ribosomal protein S6E
H: 60S ribosomal protein L11
I: 40S ribosomal protein S24E
D: 40S ribosomal protein S24-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)400,14716
ポリマ-398,91212
非ポリマ-1,2354
181
#1


タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1

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構成要素

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L型ポリペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: L型ポリペプチドDom34p


分子量: 44119.797 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 参照: UniProt: P33309

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#2: L型ポリペプチドRli1p


分子量: 68433.242 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 参照: UniProt: Q03195

細胞要素

分子機能

生物学的過程

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RNA鎖 , 3種, 3分子 JKL

#3: RNA鎖28S ribosomal RNA


分子量: 75106.531 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae
#4: RNA鎖18S ribosomal RNA


分子量: 49863.602 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae
#5: RNA鎖P-site tRNA


分子量: 24135.262 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae

-
60S ribosomal protein ... , 3種, 3分子 FGH

#6: L型ポリペプチド60S ribosomal protein L6


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 参照: UniProt: P05738

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#8: L型ポリペプチド60S ribosomal protein L10


分子量: 33749.121 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 参照: UniProt: P05317

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#10: L型ポリペプチド60S ribosomal protein L11


分子量: 17850.621 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 参照: UniProt: P0CX53

細胞要素

分子機能

生物学的過程

-
40S ribosomal protein ... , 4種, 4分子 ECID

#7: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S30E


分子量: 7137.541 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 参照: UniProt: P0CX33

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#9: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S6E


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 参照: UniProt: P0CX37

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • cytoplasmic translation (GO: 0002181)
  • maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (GO: 0000462)
  • rRNA methylation (GO: 0031167)
#11: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S24E


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 参照: UniProt: P0CX41

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#12: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S24-A


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 参照: UniProt: P0CX31

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • cytoplasmic translation (GO: 0002181)
  • maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (GO: 0000462)

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非ポリマー , 4種, 5分子

#13: 化合物ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / : Mg
#14: 化合物ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP (エネルギー貯蔵分子) *YM


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / : C10H16N5O13P3
#15: 化合物ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / : Fe4S4
#16: 水ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: ELECTRON MICROSCOPY
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: SINGLE PARTICLE

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試料調製

構成要素名称: Dom34p-Rli1p complex / タイプ: COMPLEX
緩衝液詳細: 20 mM Tris/HCl pH 7.0, 150 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1.5 mM DTT, 0.005% Nikkol, 0.01 mg/ml Cycloheximide, 0.3% (w/v) Digitonin, 0.5 mM ADPNP
pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 詳細: ethane (Vitrobot)

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 / 最大 デフォーカス(公称値): 4500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k)
RadiationDiffraction protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic or laue m l: M / Scattering type: x-ray
Radiation wavelength相対比: 1

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解析

対称性点対称性: C1
3次元再構成手法: Single particle / 分解能: 7.2 Å / 粒子像の数: 45700 / 対称性のタイプ: POINT
置いた原子数 #LASTタンパク質: 16336 / 核酸: 9823 / リガンド: 48 / 溶媒: 1 / 合計: 26208

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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