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万見
- PDB-3ihk: Crystal Structure of thiamin pyrophosphokinase from S.mutans, Nor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ihk
タイトルCrystal Structure of thiamin pyrophosphokinase from S.mutans, Northeast Structural Genomics Consortium Target SmR83
要素thiamin pyrophosphokinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / SmR83 / Q8DVV9 / thiamin pyrophosphokinase
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine diphosphokinase / thiamine diphosphokinase activity / thiamine binding / thiamine metabolic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain superfamily / Rossmann fold ...: / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / THIAMINE DIPHOSPHATE / Thiamine diphosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / Phenix / 解像度: 3 Å
データ登録者Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Vorobiev, S. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Maglaqui, M. / Foote, E.L. / Zhao, L. ...Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Vorobiev, S. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Maglaqui, M. / Foote, E.L. / Zhao, L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target SmR83
著者: Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Vorobiev, S. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Maglaqui, M. / Foote, E.L. / Zhao, L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / ...著者: Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Vorobiev, S. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Maglaqui, M. / Foote, E.L. / Zhao, L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2009年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: thiamin pyrophosphokinase
B: thiamin pyrophosphokinase
C: thiamin pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,21928
ポリマ－75,2783
非ポリマー2,94125
水181
1
A: thiamin pyrophosphokinase
ヘテロ分子

A: thiamin pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,27320
ポリマ－50,1852
非ポリマー2,08818
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area7940 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area17150 Å2
手法PISA
2
B: thiamin pyrophosphokinase
C: thiamin pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,08318
ポリマ－50,1852
非ポリマー1,89816
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7570 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area17170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.157, 105.157, 121.383
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細dimer,53.26 kD,99.0%

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要素

#1: タンパク質 thiamin pyrophosphokinase


分子量: 25092.607 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
遺伝子: SMU_353 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q8DVV9
#2: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M LiCl, 0.1M Bis-Tris, 18% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97884 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97884 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 59849 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 2.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: Phenix / 解像度: 3→20 Å / σ(F): 3997 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 1301 4.3 %
Rwork0.203 --
obs-25262 84.3 %
溶媒の処理Bsol: 18.982 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 41.659 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.728 Å20 Å20 Å2
2--1.728 Å20 Å2
3----3.456 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4943 0 164 1 5108
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d2.082
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2571.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9892
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1682
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.062.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2ppi.parppi.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5tpp.partpp.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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