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万見
- PDB-3i5m: Structure of the apo form of leucoanthocyanidin reductase from vi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i5m
タイトルStructure of the apo form of leucoanthocyanidin reductase from vitis vinifera
要素Putative leucoanthocyanidin reductase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / short chain dehydrogenase reductase / flavonoid
機能・相同性
機能・相同性情報


leucoanthocyanidin reductase / leucoanthocyanidin reductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Phenylcoumaran benzylic ether reductase-like / NmrA-like domain / NmrA-like family / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold ...: / Phenylcoumaran benzylic ether reductase-like / NmrA-like domain / NmrA-like family / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucoanthocyanidin reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Vitis vinifera (ブドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Mauge, C. / Gargouri, M. / d'Estaintot, B.L. / Granier, T. / Gallois, B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure and catalytic mechanism of leucoanthocyanidin reductase from Vitis vinifera.
著者: Mauge, C. / Granier, T. / d'Estaintot, B.L. / Gargouri, M. / Manigand, C. / Schmitter, J.M. / Chaudiere, J. / Gallois, B.
履歴
登録2009年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年11月20日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative leucoanthocyanidin reductase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0601
ポリマ－38,0601
非ポリマー00
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.421, 50.715, 68.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative leucoanthocyanidin reductase 1


分子量: 38060.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vitis vinifera (ブドウ) / 遺伝子: LAR1 / プラスミド: PETGB1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3] / 参照: UniProt: Q4W2K4, leucoanthocyanidin reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000 35%, sodium acetate 340mM, Tris 0.1M, sodium azide 3mM, glycerol 3.5%, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月7日
詳細: Pt coated mirrors in a Kirkpatrick-Baez (KB) geometry
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→66.23 Å / Num. all: 7546 / Num. obs: 7546 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.72→2.87 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1132 / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I52

3i52


解像度: 2.72→66.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 26.409 / SU ML: 0.249 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.386 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23453 350 4.7 %RANDOM
Rwork0.17104 ---
all0.17426 7060 --
obs0.17426 7060 89.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.696 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20.73 Å2
2---0.58 Å20 Å2
3---0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→66.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2276 0 0 47 2323
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3321.9533171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8145302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80823.77698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.27415360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9591514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4391.51496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86222416
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.413834
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3924.5754
LS精密化 シェル解像度: 2.72→2.791 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 41 -
Rwork0.198 506 -
obs-506 92.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.39750.16310.60693.4397-0.56273.9581-0.0334-0.53260.33790.641-0.02950.1096-0.3428-0.05280.06280.2409-0.00370.01640.1691-0.05850.140313.13910.69121.742
22.80780.55320.81363.277-0.39721.24950.0959-0.04540.02860.140.01320.30770.0021-0.1814-0.1090.04250.026-0.01190.0661-0.0130.09963.7663.6378.292
34.3030.74120.62461.2262-0.19190.829-0.0724-0.1999-0.11960.15690.02790.1178-0.0402-0.10360.04460.08360.0070.02370.037-0.01860.06530.072-8.4311.457
49.9345-0.4534-2.30194.61380.17726.3020.3213-1.58690.66760.644-0.3041-0.0705-0.3403-0.1002-0.01730.2948-0.07050.0220.3533-0.00910.40063.197-14.27924.416
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2A126 - 178
3X-RAY DIFFRACTION3A179 - 300
4X-RAY DIFFRACTION4A301 - 317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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