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- PDB-3hkz: The X-ray crystal structure of RNA polymerase from Archaea -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hkz
タイトルThe X-ray crystal structure of RNA polymerase from Archaea
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 10
  • (DNA-directed RNA polymerase, subunit ...) x 3
キーワードTRANSFERASE / RNA polymerase / archaea / Sulfolobus solfataricus / DNA-directed RNA polymerase / Metal-binding / Nucleotidyltransferase / Transcription / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


3 iron, 4 sulfur cluster binding / transcription by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / transcription by RNA polymerase II / protein dimerization activity ...3 iron, 4 sulfur cluster binding / transcription by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / transcription by RNA polymerase II / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / nucleotide binding / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A - #10 / DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A / Arc Repressor Mutant, subunit A - #1950 / Immunoglobulin-like - #2940 / Dihydrolipoamide Transferase - #40 / Helix Hairpins - #930 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2940 / N-terminal domain of TfIIb - #80 / DNA polymerase; domain 1 - #390 / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain ...DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A - #10 / DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A / Arc Repressor Mutant, subunit A - #1950 / Immunoglobulin-like - #2940 / Dihydrolipoamide Transferase - #40 / Helix Hairpins - #930 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2940 / N-terminal domain of TfIIb - #80 / DNA polymerase; domain 1 - #390 / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase, subunit G / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / Dihydrolipoamide Transferase / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / HRDC domain / RNA polymerase ii / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / N-terminal domain of TfIIb / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / HRDC domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / RNA polymerase ii, chain L / RPB5-like RNA polymerase subunit / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Other non-globular / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Rubrerythrin, domain 2 / Helix Hairpins / Gyrase A; domain 2 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / S1 domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / HRDC-like superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / : / Homeodomain-like / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Beta Complex / Helix non-globular / RNA polymerase Rpb6
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / RNA_pol_Rpo13 domain-containing protein / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA-directed RNA polymerase, subunit G (RpoG) / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 ...FE3-S4 CLUSTER / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / RNA_pol_Rpo13 domain-containing protein / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA-directed RNA polymerase, subunit G (RpoG) / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Murakami, K.S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: The X-ray crystal structure of RNA polymerase from Archaea.
著者: Hirata, A. / Klein, B.J. / Murakami, K.S.
履歴
登録2009年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02018年4月4日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _diffrn_source.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 3.02023年9月6日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit A'
C: DNA-directed RNA polymerase subunit A''
B: DNA-directed RNA polymerase subunit B
D: DNA-directed RNA polymerase subunit D
E: DNA-directed RNA polymerase, subunit E' (RpoE1)
F: DNA-directed RNA polymerase, subunit F (RpoF)
G: DNA-directed RNA polymerase, subunit G (RpoG)
H: DNA-directed RNA polymerase subunit H
K: DNA-directed RNA polymerase subunit K
L: DNA-directed RNA polymerase subunit L
N: DNA-directed RNA polymerase subunit N
P: DNA-directed RNA polymerase subunit P
Y: DNA-directed RNA polymerase subunit 13
I: DNA-directed RNA polymerase subunit A'
M: DNA-directed RNA polymerase subunit A''
J: DNA-directed RNA polymerase subunit B
O: DNA-directed RNA polymerase subunit D
Q: DNA-directed RNA polymerase, subunit E' (RpoE1)
R: DNA-directed RNA polymerase, subunit F (RpoF)
S: DNA-directed RNA polymerase, subunit G (RpoG)
T: DNA-directed RNA polymerase subunit H
U: DNA-directed RNA polymerase subunit K
V: DNA-directed RNA polymerase subunit L
W: DNA-directed RNA polymerase subunit N
X: DNA-directed RNA polymerase subunit P
Z: DNA-directed RNA polymerase subunit 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)811,62240
ポリマ－810,32826
非ポリマー1,29414
水00
1
A: DNA-directed RNA polymerase subunit A'
C: DNA-directed RNA polymerase subunit A''
B: DNA-directed RNA polymerase subunit B
D: DNA-directed RNA polymerase subunit D
E: DNA-directed RNA polymerase, subunit E' (RpoE1)
F: DNA-directed RNA polymerase, subunit F (RpoF)
G: DNA-directed RNA polymerase, subunit G (RpoG)
H: DNA-directed RNA polymerase subunit H
K: DNA-directed RNA polymerase subunit K
L: DNA-directed RNA polymerase subunit L
N: DNA-directed RNA polymerase subunit N
P: DNA-directed RNA polymerase subunit P
Y: DNA-directed RNA polymerase subunit 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)405,81120
ポリマ－405,16413
非ポリマー6477
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: DNA-directed RNA polymerase subunit A'
M: DNA-directed RNA polymerase subunit A''
J: DNA-directed RNA polymerase subunit B
O: DNA-directed RNA polymerase subunit D
Q: DNA-directed RNA polymerase, subunit E' (RpoE1)
R: DNA-directed RNA polymerase, subunit F (RpoF)
S: DNA-directed RNA polymerase, subunit G (RpoG)
T: DNA-directed RNA polymerase subunit H
U: DNA-directed RNA polymerase subunit K
V: DNA-directed RNA polymerase subunit L
W: DNA-directed RNA polymerase subunit N
X: DNA-directed RNA polymerase subunit P
Z: DNA-directed RNA polymerase subunit 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)405,81120
ポリマ－405,16413
非ポリマー6477
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.820, 201.235, 196.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21I
12C
22M
13B
23J
14D
24O
15E
25Q
16F
26R
17G
27S
18H
28T
19K
29U
110L
210V
111N
211W
112P
212X
113Y
213Z

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLYSLYSAA4 - 8794 - 879
21LYSLYSLYSLYSIN4 - 8794 - 879
12PROPROARGARGCB11 - 39511 - 395
22PROPROARGARGMO11 - 39511 - 395
13LEULEUVALVALBC5 - 11195 - 1119
23LEULEUVALVALJP5 - 11195 - 1119
14SERSERLYSLYSDD2 - 2652 - 265
24SERSERLYSLYSOQ2 - 2652 - 265
15METMETLYSLYSEE1 - 1801 - 180
25METMETLYSLYSQR1 - 1801 - 180
16METMETMETMETFF1 - 891 - 89
26METMETMETMETRS1 - 891 - 89
17VALVALGLNGLNGG5 - 1175 - 117
27VALVALGLNGLNST5 - 1175 - 117
18ILEILEILEILEHH9 - 829 - 82
28ILEILEILEILETU9 - 829 - 82
19GLNGLNLEULEUKI11 - 9211 - 92
29GLNGLNLEULEUUV11 - 9211 - 92
110METMETLYSLYSLJ1 - 921 - 92
210METMETLYSLYSVW1 - 921 - 92
111METMETARGARGNK1 - 641 - 64
211METMETARGARGWX1 - 641 - 64
112CYSCYSILEILEPL6 - 486 - 48
212CYSCYSILEILEXY6 - 486 - 48
113ILEILEARGARGYM38 - 8238 - 82
213ILEILEARGARGZZ38 - 8238 - 82

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 10種, 20分子 AICMBJDOHTKULVNWPXYZ

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit A'


分子量: 99815.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q980R2, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit A''


分子量: 43865.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: P58192, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit B


分子量: 126721.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q980R1*PLUS
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit D


分子量: 30330.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: P95989, DNA-directed RNA polymerase
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit H


分子量: 9687.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q980Q9, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit K


分子量: 10871.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q97ZJ9, DNA-directed RNA polymerase
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit L


分子量: 10298.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q980K0, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit N


分子量: 7602.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q980Z8, DNA-directed RNA polymerase
#12: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase subunit P


分子量: 5606.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q97ZX7, DNA-directed RNA polymerase
#13: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit 13


分子量: 12198.671 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q980B8

-
DNA-directed RNA polymerase, subunit ... , 3種, 6分子 EQFRGS

#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase, subunit E' (RpoE1)


分子量: 20354.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q980A3, DNA-directed RNA polymerase
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase, subunit F (RpoF) / Putative uncharacterized protein ORF-c20_042


分子量: 12825.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q9UXD9, DNA-directed RNA polymerase
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase, subunit G (RpoG)


分子量: 14985.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q980L5, DNA-directed RNA polymerase

-
非ポリマー , 3種, 14分子

#14: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#15: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 %

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5414 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5414 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→40 Å / Num. all: 105621 / Num. obs: 105621

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0072 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R9T

1r9t


解像度: 3.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.867 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.778 / SU B: 49.519 / SU ML: 0.792 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.923 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34089 5323 5 %RANDOM
Rwork0.26542 ---
obs0.26922 100295 80.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.871 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20 Å2-4.84 Å2
2--1.57 Å20 Å2
3----3.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数53046 0 26 0 53072
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02254012
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6121.98272992
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.93356636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.63523.752400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.3391510044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.86515448
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.28328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02139986
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7431.533222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.418254006
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.58320790
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0444.518980
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
13344TIGHT POSITIONAL0.030.05
13329MEDIUM POSITIONAL0.040.5
13344TIGHT THERMAL0.050.5
13329MEDIUM THERMAL0.062
21480TIGHT POSITIONAL0.350.05
21388MEDIUM POSITIONAL0.590.5
21480TIGHT THERMAL0.350.5
21388MEDIUM THERMAL0.442
34360TIGHT POSITIONAL0.030.05
34285MEDIUM POSITIONAL0.040.5
34360TIGHT THERMAL0.050.5
34285MEDIUM THERMAL0.062
41056TIGHT POSITIONAL0.030.05
41058MEDIUM POSITIONAL0.030.5
41056TIGHT THERMAL0.040.5
41058MEDIUM THERMAL0.042
5704TIGHT POSITIONAL0.340.05
5698MEDIUM POSITIONAL0.580.5
5704TIGHT THERMAL0.240.5
5698MEDIUM THERMAL0.322
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6339MEDIUM POSITIONAL0.70.5
6356TIGHT THERMAL0.180.5
6339MEDIUM THERMAL0.262
7452TIGHT POSITIONAL0.310.05
7433MEDIUM POSITIONAL0.530.5
7452TIGHT THERMAL0.290.5
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8316MEDIUM POSITIONAL0.560.5
8296TIGHT THERMAL0.270.5
8316MEDIUM THERMAL0.382
9328TIGHT POSITIONAL0.280.05
9331MEDIUM POSITIONAL0.540.5
9328TIGHT THERMAL0.340.5
9331MEDIUM THERMAL0.572
10368TIGHT POSITIONAL0.340.05
10355MEDIUM POSITIONAL0.480.5
10368TIGHT THERMAL0.440.5
10355MEDIUM THERMAL0.512
11256TIGHT POSITIONAL0.030.05
11258MEDIUM POSITIONAL0.030.5
11256TIGHT THERMAL0.040.5
11258MEDIUM THERMAL0.042
12172TIGHT POSITIONAL0.030.05
12174MEDIUM POSITIONAL0.030.5
12172TIGHT THERMAL0.040.5
12174MEDIUM THERMAL0.042
13180TIGHT POSITIONAL0.480.05
13212MEDIUM POSITIONAL0.770.5
13180TIGHT THERMAL0.190.5
13212MEDIUM THERMAL0.282
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.487 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 239 -
Rwork0.364 4969 -
obs--54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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