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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gqm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Cell Inhibiting Factor (Cif) from Burkholderia pseudomallei (CifBp) | ||||||
要素 | Cell Inhibiting Factor (CifBp) | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Cell Inhibiting factor / Cif / CifBp | ||||||
機能・相同性 | Protein-glutamine deamidase Cif / Cycle inhibiting factor (CIF) / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / protein-glutamine glutaminase activity / protein-glutamine glutaminase / toxin activity / host cell nucleus / extracellular region / Protein-glutamine deamidase Cif 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Crow, A. / Banfield, M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2009 タイトル: Crystal structures of Cif from bacterial pathogens Photorhabdus luminescens and Burkholderia pseudomallei. 著者: Crow, A. / Race, P.R. / Jubelin, G. / Varela Chavez, C. / Escoubas, J.M. / Oswald, E. / Banfield, M.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gqm.cif.gz | 110.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gqm.ent.gz | 84.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gqm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/3gqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/3gqm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30854.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 遺伝子: BPSS1385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63KH5 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.07 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10 % (w/v) PEG 8000, 100 mM HEPES 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.92 Å |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2008年6月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→22.01 Å / Num. all: 29440 / Num. obs: 29440 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 20.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.374 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3GQJ 解像度: 2.1→22.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.052 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→22.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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