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- PDB-3ez3: Crystal Structure of Plasmodium vivax geranylgeranylpyrophosphate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ez3
タイトルCrystal Structure of Plasmodium vivax geranylgeranylpyrophosphate synthase PVX_092040 with zoledronate and IPP bound
要素Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
キーワードLYASE / malaria / farnesyl pyrophosphate synthase diphosphate / structural genomics / Isoprene biosynthesis / Transferase / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ZOLEDRONIC ACID / Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.304 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Lew, J. / Zhao, Y. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. ...Wernimont, A.K. / Lew, J. / Zhao, Y. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Artz, J.D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Plasmodium vivax geranylgeranylpyrophosphate synthase PVX_092040 with zoledronate and IPP bound
著者: Wernimont, A.K. / Lew, J. / Zhao, Y. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Artz, J.D.
履歴
登録2008年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
B: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
C: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
D: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,62829
ポリマ－184,8634
非ポリマー2,76525
水10,106561
1
A: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
B: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,92216
ポリマ－92,4322
非ポリマー1,49114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11010 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area26520 Å2
手法PISA
2
C: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
D: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,70613
ポリマ－92,4322
非ポリマー1,27411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10130 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area26780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.266, 109.696, 139.529
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Farnesyl pyrophosphate synthase, putative


分子量: 46215.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
株: salvadorI / 遺伝子: PVX_092040 / プラスミド: p15-tev-lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): dh5a / 参照: UniProt: A5K4U6

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非ポリマー , 6種, 586分子

#2: 化合物
ChemComp-ZOL / ZOLEDRONIC ACID / (1-HYDROXY-2-IMIDAZOL-1-YLETHYLIDENE)DIPHOSPHONIC ACID


分子量: 272.090 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O7P2 / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE


分子量: 246.092 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O7P2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHORS STATE THAT THERE IS A DIFFERENCE BETWEEN THE DATABASE SEQUENCE AND THE SEQUENCE THE AUTHORS ...AUTHORS STATE THAT THERE IS A DIFFERENCE BETWEEN THE DATABASE SEQUENCE AND THE SEQUENCE THE AUTHORS GOT FROM CDNA.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20 % PEG3350 0.2 M Li2SO4 0.1 M Tris 8.5 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9197 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9197 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.304→25 Å / Num. all: 72585 / Num. obs: 72515 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 44.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rsym value: 0.127 / Χ2: 1.074 / Net I/σ(I): 10.667
反射 シェル解像度: 2.304→2.49 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 7173 / Rsym value: 0.689 / Χ2: 0.848 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.51 Å34.46 Å
Translation2.51 Å34.46 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.304→24.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.271 / WRfactor Rwork: 0.22 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7 / SU B: 14.326 / SU ML: 0.195 / SU R Cruickshank DPI: 0.46 / SU Rfree: 0.302 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.43 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 3633 5 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.229 75940 --
obs0.229 72250 95.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.04 Å2 / Biso mean: 24.385 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.304→24.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11546 0 158 561 12265
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02212006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6491.97116265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.11651438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.79924.91558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.325152148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6291533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.21799
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028846
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.26183
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.28305
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2735
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0750.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2640.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0980.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6611.57323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.105211471
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.81935452
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6484.54778
LS精密化 シェル解像度: 2.304→2.363 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 95 -
Rwork0.29 1929 -
all-2024 -
obs-3467 36.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.641-0.2096-0.39951.32530.68891.8813-0.02040.0144-0.12850.0789-0.00320.19250.0748-0.2630.0237-0.12380.00740.0302-0.15370.0295-0.1098-30.1344.6559.942
22.1086-0.1505-0.61140.86330.4471.6826-0.0515-0.38130.17770.20260.1581-0.0676-0.04640.2246-0.1066-0.02250.03180.0033-0.0558-0.0484-0.0958-17.54114.51126.431
31.312-0.02040.05771.44390.51491.83760.02010.08080.2396-0.0341-0.01950.0521-0.3447-0.09-0.0006-0.07690.03740.0293-0.16280.0183-0.1024-23.02519.777-3.122
41.1816-0.7803-0.54761.85150.66391.60320.10710.258-0.0502-0.2091-0.14730.0964-0.0914-0.15750.0403-0.07990.0114-0.0409-0.1007-0.0021-0.1058-22.0563.791-19.626
51.3112-0.34580.43421.4314-0.67572.0281-0.03230.02070.16410.0549-0.0191-0.1909-0.06310.27580.0514-0.14270.0096-0.0346-0.1522-0.0227-0.112629.615-4.6917.328
62.31460.11430.50470.8929-0.3221.6646-0.0123-0.3852-0.1720.12690.09720.07380.1503-0.1899-0.0849-0.04950.0148-0.0217-0.09670.0372-0.091717.887-14.90623.331
71.2909-0.18190.02711.672-0.51831.74950.03250.0716-0.2376-0.0608-0.0246-0.06020.37130.1288-0.0079-0.0490.0385-0.036-0.1729-0.0208-0.108722.94-19.628-5.311
81.2811-0.8550.69791.7111-0.82221.64660.11560.28570.055-0.1974-0.1927-0.08830.16040.21120.0771-0.06150.02650.0487-0.09170.0111-0.101421.892-3.607-22.154
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 96
2X-RAY DIFFRACTION1A102 - 205
3X-RAY DIFFRACTION2A213 - 395
4X-RAY DIFFRACTION3B36 - 95
5X-RAY DIFFRACTION3B102 - 205
6X-RAY DIFFRACTION4B213 - 395
7X-RAY DIFFRACTION5C38 - 95
8X-RAY DIFFRACTION5C103 - 205
9X-RAY DIFFRACTION6C213 - 350
10X-RAY DIFFRACTION6C360 - 393
11X-RAY DIFFRACTION7D38 - 95
12X-RAY DIFFRACTION7D102 - 205
13X-RAY DIFFRACTION8D213 - 262
14X-RAY DIFFRACTION8D267 - 301
15X-RAY DIFFRACTION8D305 - 395

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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