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- PDB-3ebr: Crystal structure of an rmlc-like cupin protein (reut_a0381) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ebr
タイトルCrystal structure of an rmlc-like cupin protein (reut_a0381) from ralstonia eutropha jmp134 at 2.60 A resolution
要素uncharacterized RmlC-like cupin
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


ChrR-like cupin domain / ChrR Cupin-like domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ChrR-like cupin domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia eutropha JMP134 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of RmlC-like cupin with unknown function (YP_294607.1) from RALSTONIA EUTROPHA JMP134 at 2.60 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: reflns_shell / software
Item: _reflns_shell.percent_possible_all / _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_special_symmetry / software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized RmlC-like cupin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6855
ポリマ－18,2611
非ポリマー4244
水45025
1
A: uncharacterized RmlC-like cupin
ヘテロ分子

A: uncharacterized RmlC-like cupin
ヘテロ分子

A: uncharacterized RmlC-like cupin
ヘテロ分子

A: uncharacterized RmlC-like cupin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,74020
ポリマ－73,0434
非ポリマー1,69816
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation5_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation6_556x,-y,-z+11
Buried area16580 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area23020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.157, 91.157, 48.753
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-162-

PEG

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized RmlC-like cupin


分子量: 18260.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia eutropha JMP134 (バクテリア)
遺伝子: YP_294607.1, Reut_A0381 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q476C0
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 60.0% polyethylene glycol 200, 0.1M HEPES pH 6.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97941,0.97854
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月22日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979411
30.978541
反射解像度: 2.6→28.831 Å / Num. obs: 6713 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 76.248 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.6-2.674.80.5962.222904760.596100
2.67-2.744.90.4363.122834700.436100
2.74-2.824.80.3753.421584510.375100
2.82-2.914.80.2894.521764520.289100
2.91-34.80.2036.220504300.203100
3-3.114.80.1717.720264190.171100
3.11-3.224.70.11810.619644140.118100
3.22-3.364.80.0991318443840.099100
3.36-3.514.70.07915.717993830.079100
3.51-3.684.80.07419.617333640.074100
3.68-3.884.70.07321.715753370.073100
3.88-4.114.60.06725.415713390.067100
4.11-4.394.60.05829.514383100.058100
4.39-4.754.60.0552913562940.055100
4.75-5.24.50.04630.312262700.046100
5.2-5.814.50.05628.411222520.056100
5.81-6.714.40.06926.39892230.06999.9
6.71-8.224.20.06226.58311970.06299.8
8.22-11.634.10.05827.16431570.05899.9
11.63-28.833.50.05428.1318910.05492.8

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHARP位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALA3.2.5データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→28.831 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 24.026 / SU ML: 0.245 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.669 / ESU R Free: 0.318
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS OTHER REFINEMENT REMARKS: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET- ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS OTHER REFINEMENT REMARKS: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4.PEG MOLECULES FROM CRYSTALLIZATION ARE MODELED INTO THIS STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 498 7.4 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.229 6707 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.51 Å2 / Biso mean: 48.516 Å2 / Biso min: 29.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→28.831 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1225 0 28 25 1278
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221298
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8851.9331764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.53232063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.4045158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.45623.68457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.17315185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.639155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02266
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1320.3186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.120.3790
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1620.5595
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0770.5633
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.565
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.090.318
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.0850.342
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1840.58
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0773816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1733316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.86951277
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0988570
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.34311487
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.512 37 -
Rwork0.34 439 -
all-476 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.5814 Å / Origin y: 13.8228 Å / Origin z: 20.91 Å
111213212223313233
T-0.041 Å20.1226 Å20.1029 Å2-0.0195 Å2-0.0137 Å2--0.1081 Å2
L2.4513 °2-0.0432 °20.1002 °2-3.3662 °20.3986 °2--4.187 °2
S0.4224 Å °0.2154 Å °0.394 Å °-0.2277 Å °-0.3867 Å °0.4321 Å °-0.2683 Å °-0.4346 Å °-0.0356 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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