PDB-3bpj: Crystal structure of human translation initiation factor 3, subun...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bpj

タイトル

Crystal structure of human translation initiation factor 3, subunit 1 alpha

要素

Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J

キーワード

TRANSLATION / translation initiation / eif3s1 / structural genomics / limited proteolysis / Initiation factor / Phosphoprotein / Protein biosynthesis / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

単一同系置換・異常分散 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Tempel, W. / Nedyalkova, L. / Hong, B. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human translation initiation factor 3, subunit 1 alpha.
著者: Nedyalkova, L. / Hong, B. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.

履歴

登録	2007年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE THE COMPLETE SEQUENCE OF THE CRYSTALLIZED POLYPEPTIDE IS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3bpj.ent.gz	49.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3bpj_validation.pdf.gz	448 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bpj_full_validation.pdf.gz	451.8 KB	表示
XML形式データ	3bpj_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	3bpj_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/3bpj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/3bpj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ctx-1 3kbe-d 4mbq-2 5opf-d 3lpu-d 6cwh-2 6ceu-2 6cwh-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (3) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (3) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J

B: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J

C: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J

D: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J

36.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J

C: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J

ソフトウェアが定義した集合体
18.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J

D: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J

ソフトウェアが定義した集合体
18.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.902, 62.373, 88.056
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 1 / eIF-3-alpha / eIF3 p35 / eIF3j 分子量: 9182.524 Da / 分子数: 4 / 断片: Proteolytic fragment: Residues 141-220 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF3J, EIF3S1, PRO0391 / プラスミド: pET28-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O75822
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.97 % 解説: A heavy atom derivative was prepared by overnight soaking of a protein crystal in a 1:19 mixture of 0.2M thimerosal and cryoprotectant (25% PEG 3350, 10% PEG, 0.1M Sodium acetate pH 4.6). ...解説: A heavy atom derivative was prepared by overnight soaking of a protein crystal in a 1:19 mixture of 0.2M thimerosal and cryoprotectant (25% PEG 3350, 10% PEG, 0.1M Sodium acetate pH 4.6). Diffraction intensities for this derivative are deposited with crystal index 2 (index 1 for native intensities).
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Sodium acetate. Chymotrypsin was added to the crystallization sample at a molar ratio of approx. 1:100, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

結晶

マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.97 %
解説: A heavy atom derivative was prepared by overnight soaking of a protein crystal in a 1:19 mixture of 0.2M thimerosal and cryoprotectant (25% PEG 3350, 10% PEG, 0.1M Sodium acetate pH 4.6). ...

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Sodium acetate. Chymotrypsin was added to the crystallization sample at a molar ratio of approx. 1:100, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極	RIGAKU FR-E	1	1.5418
回転陽極	RIGAKU FR-E	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU RAXIS	1	IMAGE PLATE	2007年12月17日
RIGAKU RAXIS	2	IMAGE PLATE	2007年12月14日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 29322 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.041 / Χ²: 1.813 / Net I/σ(I): 24.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.92	7.2	0.877	2876	1.538	1,2	100
1.92-1.99	7.3	0.597	2877	1.598	1,2	100
1.99-2.08	7.3	0.349	2902	1.68	1,2	100
2.08-2.19	7.4	0.196	2901	1.775	1,2	100
2.19-2.33	7.4	0.132	2914	1.82	1,2	100
2.33-2.51	7.5	0.086	2916	1.859	1,2	100
2.51-2.76	7.5	0.052	2942	1.792	1,2	100
2.76-3.16	7.5	0.036	2953	1.72	1,2	100
3.16-3.98	7.4	0.031	2966	1.787	1,2	99.2
3.98-30	6.9	0.035	3075	2.564	1,2	98.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
RESOLVE		位相決定
REFMAC	5.3.0037	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.85→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.281 / WR_factor R_work: 0.242 / SU B: 7.622 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Atomic B factors are residuals from TLS refinement. Programs resolve, arp/warp, coot, molprobity have also been used in refinement.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.263	1442	4.947 %	thin shells (from program SFTOOLS)
R_work	0.229	-	-	-
obs	0.23	29151	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.914 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.208 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.654 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.862 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2123	0	4	50	2177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1391
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.339	1.99	2917
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.947	3	3437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.404	5	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.242	25.316	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.645	15	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.822	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	359
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	413
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	491
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.217	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.369	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.187	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.392	2	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.772	2	568
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.214	3	2256
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.774	2	801
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.852	3	661

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.85-1.898	0.298	113	0.255	1970	2088	99.761
1.898-1.949	0.265	132	0.258	1944	2080	99.808
1.949-2.006	0.285	110	0.245	1897	2012	99.751
2.006-2.067	0.25	1	0.223	1950	1952	99.949
2.067-2.134	0.281	148	0.215	1746	1896	99.895
2.134-2.209	0.367	20	0.22	1835	1857	99.892
2.209-2.291	0.282	114	0.221	1662	1776	100
2.291-2.384	0.268	123	0.22	1596	1720	99.942
2.384-2.489	0.301	107	0.228	1548	1657	99.879
2.489-2.609		0	0.235	1556	1559	99.808
2.609-2.749	0.283	104	0.248	1409	1516	99.802
2.749-2.913	0.293	89	0.243	1344	1435	99.861
2.913-3.111	0.323	72	0.248	1278	1355	99.631
3.111-3.356	0.301	67	0.264	1186	1256	99.761
3.356-3.67	0.277	62	0.234	1111	1181	99.323
3.67-4.092	0.223	40	0.197	1008	1060	98.868
4.092-4.704	0.262	35	0.188	890	959	96.455
4.704-5.711	0.23	51	0.225	760	817	99.266
5.711-7.874	0.214	35	0.309	634	670	99.851
7.874-25	0.212	19	0.197	385	422	95.735

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.388	1.0052	1.1209	1.696	0.6034	4.7569	-0.011	0.0616	0.048	-0.0791	0.0536	0.1036	-0.0545	0.0104	-0.0425	-0.1434	0.0373	-0.0367	-0.0696	-0.011	-0.1767	15.078	-13.767	-5.946
2	2.2293	-1.3197	0.9245	5.0015	0.3335	3.2281	-0.0835	0.0884	0.0839	-0.3786	0.0649	0.3171	-0.1761	-0.1637	0.0186	0.0475	-0.0525	-0.098	-0.1713	0.0378	-0.1913	0.373	-9.904	-26.912

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	144 - 213	4 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	144 - 216	4 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	141 - 211	1 - 71
4	X-RAY DIFFRACTION	2	D	D	144 - 212	4 - 72

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関連情報:EMDBヘッダ

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