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- PDB-2xdm: Crystal structure of a complex between Actinomadura R39 DD peptid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xdm
タイトルCrystal structure of a complex between Actinomadura R39 DD peptidase and a peptidoglycan mimetic boronate inhibitor
要素D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX / BORONIC ACID / PEPTIDOGLYCAN / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C, peptidase S13 / Peptidase S13, D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase 3 (S13) family / D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(bba) Sandwich / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(D-ALPHA-AMINOPIMELYLAMINO)-D-1-ETHYLBORONIC ACID / : / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種ACTINOMADURA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Rocaboy, M. / Sauvage, E. / Herman, R. / Kerff, F. / Charlier, P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of a Complex between the Actinomadura R39 Dd-Peptidase and a Peptidoglycan- Mimetic Boronate Inhibitor: Interpretation of a Transition State Analogue in Terms of Catalytic Mechanism.
著者: Dzhekieva, L. / Rocaboy, M. / Kerff, F. / Charlier, P. / Sauvage, E. / Pratt, R.F.
履歴
登録2010年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月23日Group: Database references / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
B: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
C: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
D: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,46631
ポリマ－190,5884
非ポリマー2,87827
水9,998555
1
A: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2458
ポリマ－47,6471
非ポリマー5987
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3907
ポリマ－47,6471
非ポリマー7436
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3907
ポリマ－47,6471
非ポリマー7436
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4409
ポリマ－47,6471
非ポリマー7938
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.308, 91.568, 106.871
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE / DD-PEPTIDASE / DD-CARBOXYPEPTIDASE / PENICILLIN-BINDING PROTEIN / PBP


分子量: 47647.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ACTINOMADURA (バクテリア) / 株: R39
参照: UniProt: P39045, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase

-
非ポリマー , 5種, 582分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-BO8 / (D-ALPHA-AMINOPIMELYLAMINO)-D-1-ETHYLBORONIC ACID


分子量: 263.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20BN2O6
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97969
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→33 Å / Num. obs: 77588 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WK0

2wk0


解像度: 2.4→32.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 18.546 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26225 3901 5 %RANDOM
Rwork0.19948 ---
obs0.20265 73667 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.566 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å20 Å21.27 Å2
2--2.04 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→32.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13391 0 150 555 14096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02113753
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2441.97218820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.26151858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.08725.47574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.103151920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9141568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.22177
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.26168
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.29196
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2749
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4391.59347
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.775214564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.20334904
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9684.54256
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 299 -
Rwork0.251 5393 -
obs--99.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.56326.55665.06076.54995.05563.9022-0.2903-0.2761-1.4515-0.58030.32990.83361.1184-0.1282-0.03960.3189-0.227-0.020.05980.03980.2179-16.038-27.33137.585
20.69740.7147-0.02690.88920.29840.6783-0.03810.2118-0.1189-0.02320.0251-0.08020.1632-0.0590.0130.1974-0.0235-0.095-0.0813-0.02680.10031.313-13.38635.388
34.24541.4506-0.2931.3804-0.14641.99380.1314-0.23090.34280.17690.0329-0.0434-0.06590.1973-0.16420.12950.0147-0.1013-0.066-0.06710.129827.87417.14349.056
41.2004-0.51880.17090.62590.24080.2709-0.02590.01860.112-0.03690.0052-0.021-0.0279-0.01040.02070.17910.0124-0.1131-0.07550.00220.11698.31415.99441.66
51.25830.629-0.28690.5048-0.22160.70580.01040.0708-0.11290.020.0181-0.03290.0388-0.0203-0.02860.18260.0052-0.1149-0.0786-0.02110.10664.737-9.59138.876
61.29070.6845-1.68291.9158-0.62624.7822-0.03640.1771-0.0421-0.0450.11710.03040.3104-0.5029-0.08070.1207-0.0421-0.1326-0.0904-0.00180.1074-11.167-16.66841.818
70.45380.09010.04220.73-0.44062.22930.0440.00360.1516-0.03690.09280.1082-0.3827-0.2652-0.13680.22110.0816-0.0556-0.12860.01760.152254.44334.35228.05
81.08910.05530.13873.6011-1.79813.91240.0011-0.2098-0.07230.39320.0504-0.0933-0.03-0.4344-0.05150.1882-0.0299-0.1058-0.02-0.00420.038961.13311.03368.837
90.3558-0.0804-0.60450.26410.09871.03270.0213-0.13120.0440.0248-0.0285-0.03780.09590.11180.00730.1715-0.0028-0.1155-0.03620.00940.110672.02310.07746.726
100.8370.40370.2132.3661-2.68584.45050.1179-0.10530.18960.1489-0.0604-0.0209-0.10270.0057-0.05750.1341-0.0159-0.0816-0.085-0.07990.030762.6617.19258.198
110.81610.4314-0.38441.2555-1.07111.74580.0831-0.00610.00750.06570.0404-0.0134-0.339-0.2539-0.12350.19050.0592-0.0555-0.10640.01120.092855.90130.0336.709
122.2841.2828-0.05516.9899-0.75872.2844-0.0010.10530.28790.02810.0844-0.1245-0.4059-0.0272-0.08330.22650.0482-0.0565-0.18910.06590.145162.20639.52124.426
1347.8702-14.028-27.0166.5102-57.891384.63921.19841.39935.11553.98681.1527-2.1305-6.6812-0.9559-2.35120.3531-0.0061-0.00590.36970.00150.352412.23898.189-29.685
140.68830.0254-0.08911.0321-0.69670.8279-0.0191-0.10510.10710.06690.06010.0409-0.1011-0.2591-0.04090.15720.0025-0.1137-0.0599-0.05810.064111.00372.33-9.074
150.75-0.0962-0.44820.6693-0.66192.23590.0399-0.1737-0.0425-0.01880.0607-0.04820.0054-0.1336-0.10060.1586-0.0359-0.1064-0.0186-0.02090.055716.93456.3520.517
161.4453-0.6439-1.2890.34660.71621.4872-0.0002-0.1332-0.09940.0013-0.0116-0.03720.11870.02640.01170.2074-0.016-0.1051-0.07640.01430.108531.30550.277-9.768
170.37050.1429-0.11990.4179-0.39530.8977-0.0267-0.10070.07650.0610.0561-0.0082-0.0863-0.1578-0.02950.16210.0086-0.1035-0.018-0.05560.086712.06870.74-5.066
182.20780.90991.58353.14451.23962.0632-0.06780.03130.1556-0.16440.0164-0.0168-0.2023-0.18450.05140.17980.0087-0.0879-0.1093-0.03690.090817.78184.471-21.651
192.0341-0.60860.20450.774-0.24090.3495-0.0527-0.0819-0.2736-0.1088-0.0406-0.13710.28620.02090.09330.26790.0324-0.0186-0.1220.05930.160550.67171.79321.342
203.0628-2.16270.48883.0483-1.30643.8963-0.01120.09280.0526-0.44710.36230.2908-0.2738-0.4304-0.35110.2179-0.0709-0.1818-0.03730.12190.064419.011101.7483.775
213.97170.5798-0.39461.4224-1.32743.01570.0474-0.30690.07960.1793-0.0415-0.1873-0.2435-0.0986-0.00590.21450.0184-0.0875-0.0872-0.02690.072336.50895.56923.503
221.26070.33660.21140.742-0.66630.8365-0.05810.22970.0957-0.0299-0.0285-0.12330.09560.00360.08660.2151-0.0024-0.0834-0.08850.04390.100846.191105.6848.45
231.0214-0.0288-0.12411.3739-1.12240.955-0.1351-0.0398-0.0391-0.22620.1317-0.00560.1831-0.14920.00340.2235-0.0288-0.0838-0.1116-0.03130.083532.49885.40115.852
242.5128-0.6685-0.18521.05620.36422.7184-0.05120.0905-0.3206-0.1546-0.0007-0.1472-0.00870.08740.05190.15990.01480.006-0.1548-0.02540.202655.97174.20211.861
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2A12 - 74
3X-RAY DIFFRACTION3A75 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4A123 - 290
5X-RAY DIFFRACTION5A291 - 427
6X-RAY DIFFRACTION6A428 - 466
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 72
8X-RAY DIFFRACTION8B73 - 97
9X-RAY DIFFRACTION9B98 - 249
10X-RAY DIFFRACTION10B250 - 304
11X-RAY DIFFRACTION11B305 - 423
12X-RAY DIFFRACTION12B424 - 465
13X-RAY DIFFRACTION13C1 - 7
14X-RAY DIFFRACTION14C8 - 91
15X-RAY DIFFRACTION15C92 - 162
16X-RAY DIFFRACTION16C163 - 255
17X-RAY DIFFRACTION17C256 - 410
18X-RAY DIFFRACTION18C411 - 465
19X-RAY DIFFRACTION19D1 - 71
20X-RAY DIFFRACTION20D72 - 126
21X-RAY DIFFRACTION21D127 - 141
22X-RAY DIFFRACTION22D142 - 249
23X-RAY DIFFRACTION23D250 - 380
24X-RAY DIFFRACTION24D381 - 466

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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