PDB-2vig: Crystal structure of human short-chain acyl CoA dehydrogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vig

タイトル

Crystal structure of human short-chain acyl CoA dehydrogenase

要素

SHORT-CHAIN SPECIFIC ACYL-COA DEHYDROGENASE,

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FATTY ACID METABOLISM / FAD / POLYMORPHISM / FLAVOPROTEIN / MITOCHONDRION / DISEASE MUTATION / LIPID METABOLISM / BETA OXIDATION / TRANSIT PEPTIDE

機能・相同性

機能・相同性情報

butyrate catabolic process / Beta oxidation of butanoyl-CoA to acetyl-CoA / Beta oxidation of hexanoyl-CoA to butanoyl-CoA / short-chain acyl-CoA dehydrogenase / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid beta-oxidation / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial matrix ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Pike, A.C.W. / Pantic, N. / Parizotto, E. / Gileadi, O. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Oppermann, U.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Short-Chain Acyl Coa Dehydrogenase
著者: Pike, A.C.W. / Pantic, N. / Parizotto, E. / Gileadi, O. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Oppermann, U.

履歴

登録	2007年11月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2vig.ent.gz	483.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vig_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vig_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
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CIF形式データ	2vig_validation.cif.gz	140.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/2vig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/2vig	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jqiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2eba-1 3mpj-2 1ivh-d 1jqi-1 4kto-d 1egc-d 2jif-d 1ege-d 2r0n-2 3mdd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SHORT-CHAIN SPECIFIC ACYL-COA DEHYDROGENASE,

B: SHORT-CHAIN SPECIFIC ACYL-COA DEHYDROGENASE,

C: SHORT-CHAIN SPECIFIC ACYL-COA DEHYDROGENASE,

D: SHORT-CHAIN SPECIFIC ACYL-COA DEHYDROGENASE,

E: SHORT-CHAIN SPECIFIC ACYL-COA DEHYDROGENASE,

F: SHORT-CHAIN SPECIFIC ACYL-COA DEHYDROGENASE,

G: SHORT-CHAIN SPECIFIC ACYL-COA DEHYDROGENASE,

H: SHORT-CHAIN SPECIFIC ACYL-COA DEHYDROGENASE,

ヘテロ分子

348 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SHORT-CHAIN SPECIFIC ACYL-COA DEHYDROGENASE,

B: SHORT-CHAIN SPECIFIC ACYL-COA DEHYDROGENASE,

C: SHORT-CHAIN SPECIFIC ACYL-COA DEHYDROGENASE,

D: SHORT-CHAIN SPECIFIC ACYL-COA DEHYDROGENASE,

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
174 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: SHORT-CHAIN SPECIFIC ACYL-COA DEHYDROGENASE,

F: SHORT-CHAIN SPECIFIC ACYL-COA DEHYDROGENASE,

G: SHORT-CHAIN SPECIFIC ACYL-COA DEHYDROGENASE,

H: SHORT-CHAIN SPECIFIC ACYL-COA DEHYDROGENASE,

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
174 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.714, 157.620, 260.843
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	ALA	ALA	4	A	A	34 - 172	6 - 144
2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	4	B	B	34 - 172	6 - 144
3	1	LEU	LEU	ALA	ALA	4	C	C	34 - 172	6 - 144
4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	4	D	D	34 - 172	6 - 144
5	1	LEU	LEU	ALA	ALA	4	E	E	34 - 172	6 - 144
6	1	LEU	LEU	ALA	ALA	4	F	F	34 - 172	6 - 144
7	1	LEU	LEU	ALA	ALA	4	G	G	34 - 172	6 - 144
8	1	LEU	LEU	ALA	ALA	4	H	H	34 - 172	6 - 144
1	2	GLU	GLU	TRP	TRP	6	A	A	173 - 177	145 - 149
2	2	GLU	GLU	TRP	TRP	6	B	B	173 - 177	145 - 149
3	2	GLU	GLU	TRP	TRP	6	C	C	173 - 177	145 - 149
4	2	GLU	GLU	TRP	TRP	6	D	D	173 - 177	145 - 149
5	2	GLU	GLU	TRP	TRP	6	E	E	173 - 177	145 - 149
6	2	GLU	GLU	TRP	TRP	6	F	F	173 - 177	145 - 149
7	2	GLU	GLU	TRP	TRP	6	G	G	173 - 177	145 - 149
8	2	GLU	GLU	TRP	TRP	6	H	H	173 - 177	145 - 149
1	3	VAL	VAL	THR	THR	4	A	A	178 - 201	150 - 173
2	3	VAL	VAL	THR	THR	4	B	B	178 - 201	150 - 173
3	3	VAL	VAL	THR	THR	4	C	C	178 - 201	150 - 173
4	3	VAL	VAL	THR	THR	4	D	D	178 - 201	150 - 173
5	3	VAL	VAL	THR	THR	4	E	E	178 - 201	150 - 173
6	3	VAL	VAL	THR	THR	4	F	F	178 - 201	150 - 173
7	3	VAL	VAL	THR	THR	4	G	G	178 - 201	150 - 173
8	3	VAL	VAL	THR	THR	4	H	H	178 - 201	150 - 173
1	4	SER	SER	ARG	ARG	4	A	A	211 - 411	183 - 383
2	4	SER	SER	ARG	ARG	4	B	B	211 - 411	183 - 383
3	4	SER	SER	ARG	ARG	4	C	C	211 - 411	183 - 383
4	4	SER	SER	ARG	ARG	4	D	D	211 - 411	183 - 383
5	4	SER	SER	ARG	ARG	4	E	E	211 - 411	183 - 383
6	4	SER	SER	ARG	ARG	4	F	F	211 - 411	183 - 383
7	4	SER	SER	ARG	ARG	4	G	G	211 - 411	183 - 383
8	4	SER	SER	ARG	ARG	4	H	H	211 - 411	183 - 383

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.97195, 0.23499, 0.00919), (0.23494, 0.96849, 0.08261), (0.01051, 0.08245, -0.99654)	-15.05459, -0.89465, 64.60194
2	given	(0.95494, -0.24623, 0.16574), (-0.24527, -0.96909, -0.02659), (0.16716, -0.01526, -0.98581)	-7.55474, -15.63447, 64.82802
3	given	(-0.98415, -0.00122, -0.17732), (0.01155, -0.9983, -0.05719), (-0.17695, -0.05833, 0.98249)	-10.98226, -12.68379, -1.45823
4	given	(-0.91067, -0.02367, -0.41246), (-0.05662, -0.98179, 0.18135), (-0.40924, 0.18851, 0.89274)	-27.63089, -23.21614, 66.88654
5	given	(0.87868, -0.27521, 0.39009), (-0.17927, -0.94753, -0.26467), (0.44246, 0.16262, -0.88192)	-40.12488, -9.65566, 130.82877
6	given	(-0.93753, 0.24527, 0.24675), (0.2066, 0.96312, -0.17238), (-0.27993, -0.11064, -0.95362)	-46.97618, 4.59595, 125.26363
7	given	(0.97045, 0.04617, -0.23683), (0.01541, 0.96766, 0.25178), (0.2408, -0.248, 0.93836)	-17.01266, -10.53792, 67.91837

#1: タンパク質	SHORT-CHAIN SPECIFIC ACYL-COA DEHYDROGENASE, / SCAD / BUTYRYL-COA DEHYDROGENASE / ACYL COA DEHYDROGENASE 分子量: 42163.449 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 30-412 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC-CTHF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: P16219, EC: 1.3.99.2
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-COS / COENZYME A PERSULFIDE 分子量: 799.599 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	GLY209 -> SER CHANGE IS A NATURAL VARIANT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.43 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 詳細: 0.2M AMMONIUM CHLORIDE, 20% PEG6000, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M TRIS-HCL PH8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98074
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98074 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→17.9 Å / Num. obs: 275882 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.98 % / B_iso Wilson estimate: 22.56 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.23
反射シェル	解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 4.99 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0040	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JQI

1jqi

解像度: 1.9→17.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 4.187 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DENSITY ADJACENT TO FAD IN THE ACTIVE SITE HAS BEEN MODELLED AS COENZYME-A PERSULPHIDE. BOUND COS IS MOST APPARENT IN CHAIN G BUT NOT FULLY ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.231	1730	0.6 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
obs	0.199	274018	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→17.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22282	0	600	1128	24010

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	23326
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	15457
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.36	1.999	31633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.028	3.002	37556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.503	5	2993
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.422	24.194	837
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.423	15	3816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.893	15	118
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	3620
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	25737
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4433
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	4952
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	15924
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	11292
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	11520
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.078	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.23	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.154	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.94	3	15362
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.597	5	23579
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.151	8	9311
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.062	11	8054
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	4377	medium positional	0.22	0.5
2	B	4377	medium positional	0.19	0
3	C	4377	medium positional	0.19	0
4	D	4377	medium positional	0.19	0
5	E	4377	medium positional	0.18	0
6	F	4377	medium positional	0.23	0
7	G	4377	medium positional	0.2	0
8	H	4377	medium positional	0.19	0
1	A	55	loose positional	0.65	5
2	B	55	loose positional	0.27	0.09
3	C	55	loose positional	0.29	0
4	D	55	loose positional	0.57	0
5	E	55	loose positional	0.49	0
6	F	55	loose positional	0.32	0
7	G	55	loose positional	0.26	0
8	H	55	loose positional	0.6	0
1	A	4377	medium thermal	1.39	2
2	B	4377	medium thermal	1.19	0
3	C	4377	medium thermal	1.04	0
4	D	4377	medium thermal	1.02	0
5	E	4377	medium thermal	1.16	0
6	F	4377	medium thermal	1.31	0
7	G	4377	medium thermal	1.13	0
8	H	4377	medium thermal	1.18	0
1	A	55	loose thermal	2.08	10
2	B	55	loose thermal	0.99	0.18
3	C	55	loose thermal	0.94	0
4	D	55	loose thermal	0.83	0
5	E	55	loose thermal	0.93	0
6	F	55	loose thermal	1.47	0
7	G	55	loose thermal	0.94	0
8	H	55	loose thermal	1.1	0

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.353	101
R_work	0.344	19885

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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