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万見
- PDB-2vid: Serine protease SplB from Staphylococcus aureus at 1.8A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vid
タイトルSerine protease SplB from Staphylococcus aureus at 1.8A resolution
要素SERINE PROTEASE SPLB
キーワードHYDROLASE / PROTEASE / SERINE PROTEASE / STAPHYLOCOCCUS AUREUS
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, V8 family, histidine active site / Serine proteases, V8 family, histidine active site. / Peptidase S1B, exfoliative toxin / Peptidase S1B / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan ...Serine proteases, V8 family, histidine active site / Serine proteases, V8 family, histidine active site. / Peptidase S1B, exfoliative toxin / Peptidase S1B / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease SplB / Serine protease SplB
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Dubin, G. / Stec-Niemczyk, J. / Kisielewska, M. / Pustelny, K. / Popowicz, G.M. / Bista, M. / Kantyka, T. / Boulware, K.T. / Stennicke, H.R. / Czarna, A. ...Dubin, G. / Stec-Niemczyk, J. / Kisielewska, M. / Pustelny, K. / Popowicz, G.M. / Bista, M. / Kantyka, T. / Boulware, K.T. / Stennicke, H.R. / Czarna, A. / Phopaisarn, M. / Daugherty, P.S. / Thogersen, I.B. / Enghild, J.J. / Thornberry, N. / Dubin, A. / Potempa, J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Enzymatic Activity of the Staphylococcus Aureus Splb Serine Protease is Induced by Substrates Containing the Sequence Trp-Glu-Leu-Gln.
著者: Dubin, G. / Stec-Niemczyk, J. / Kisielewska, M. / Pustelny, K. / Popowicz, G.M. / Bista, M. / Kantyka, T. / Boulware, K.T. / Stennicke, H.R. / Czarna, A. / Phopaisarn, M. / Daugherty, P.S. / ...著者: Dubin, G. / Stec-Niemczyk, J. / Kisielewska, M. / Pustelny, K. / Popowicz, G.M. / Bista, M. / Kantyka, T. / Boulware, K.T. / Stennicke, H.R. / Czarna, A. / Phopaisarn, M. / Daugherty, P.S. / Thogersen, I.B. / Enghild, J.J. / Thornberry, N. / Dubin, A. / Potempa, J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Functional and Structural Characterization of Spl Proteases from Staphylococcus Aureus
著者: Popowicz, G.M. / Dubin, G. / Stec-Niemczyk, J. / Czarny, A. / Dubin, A. / Potempa, J. / Holak, T.A.
履歴
登録2007年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "AB" AND "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE PROTEASE SPLB
B: SERINE PROTEASE SPLB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8042
ポリマ－44,8042
非ポリマー00
水5,801322
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area560 Å2
ΔGint-18.9 kcal/mol
Surface area20030 Å2
手法PQS
2
A: SERINE PROTEASE SPLB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4021
ポリマ－22,4021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: SERINE PROTEASE SPLB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4021
ポリマ－22,4021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.475, 117.475, 73.293
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 SERINE PROTEASE SPLB / SPLB SERINE PROTEASE


分子量: 22402.086 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 37-240 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
株: 8325-4 / プラスミド: PWB980 / 発現宿主: BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株 (発現宿主): WB800 / 参照: UniProt: Q9KH50, UniProt: Q2FXC3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.96 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: SITTING DROP VAPOR DIFFUSION; 20C; GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF SPLB (35 MG/ML IN 5MM TRIS-HCL, PH 8.0 CONTAINING 50MM NACL) AND 0.1M TRIS-HCL, PH 8.5-9.0 CONTAINING 30% PEG 3350 ...詳細: SITTING DROP VAPOR DIFFUSION; 20C; GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF SPLB (35 MG/ML IN 5MM TRIS-HCL, PH 8.0 CONTAINING 50MM NACL) AND 0.1M TRIS-HCL, PH 8.5-9.0 CONTAINING 30% PEG 3350 (OPTIMIZED HAMPTON RESEARCH INDEX SOLUTION NUMBER 45)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 48001 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 29.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AS9

2as9


解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.834 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS WERE EXCLUDED FROM THE MODEL. AUTHOR SUGGESTS TO RETAIN THE ORIGINAL WATERS AND NOT TO MOVE THEM TO SYMMETRY RELATED POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 2403 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.213 45454 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20 Å20 Å2
2--0.91 Å20 Å2
3----1.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3032 0 0 322 3354
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223098
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5161.9424202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6295394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3324.741135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.20315484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1051510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.21428
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22123
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0910.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0931.52013
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80423188
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.61431217
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7364.51014
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.333 197
Rwork0.274 3277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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