PDB-2ve7: Crystal structure of a bonsai version of the human Ndc80 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ve7

タイトル

Crystal structure of a bonsai version of the human Ndc80 complex

要素

KINETOCHORE PROTEIN HEC1, KINETOCHORE PROTEIN SPC25
KINETOCHORE PROTEIN NUF2, KINETOCHORE PROTEIN SPC24

キーワード

CELL CYCLE / MITOSIS / CENTROMERE / MICROTUBULE / KINETOCHORE / CELL DIVISION / CALPONIN HOMOLOGY

機能・相同性

機能・相同性情報

G2/MI transition of meiotic cell cycle / kinetochore adaptor activity / skeletal muscle satellite cell proliferation / Ndc80 complex / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / meiotic chromosome segregation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / outer kinetochore ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.88 Å

データ登録者

Ciferri, C. / Pasqualato, S. / Dos Reis, G. / Screpanti, E. / Maiolica, A. / Polka, J. / De Luca, J.G. / De Wulf, P. / Salek, M. / Rappsilber, J. ...

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: Implications for Kinetochore-Microtubule Attachment from the Structure of an Engineered Ndc80 Complex
著者: Ciferri, C. / Pasqualato, S. / Screpanti, E. / Varetti, G. / Santaguida, S. / Dos Reis, G. / Maiolica, A. / Polka, J. / De Luca, J.G. / De Wulf, P. / Salek, M. / Rappsilber, J. / Moores, C.A. ...

履歴

登録	2007年10月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年6月21日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2022年5月4日	Group: Advisory / Database references / カテゴリ: database_2 / database_PDB_caveat Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb2ve7.ent.gz	176.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2ve7_validation.pdf.gz	485.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ve7_full_validation.pdf.gz	516 KB	表示
XML形式データ	2ve7_validation.xml.gz	38.6 KB	表示
CIF形式データ	2ve7_validation.cif.gz	52.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/2ve7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/2ve7	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4jgh-2 4bk4-1 3fl7-d 4xa1-d 5dfv-d 5eqx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (5) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (5)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: KINETOCHORE PROTEIN HEC1, KINETOCHORE PROTEIN SPC25

B: KINETOCHORE PROTEIN HEC1, KINETOCHORE PROTEIN SPC25

C: KINETOCHORE PROTEIN NUF2, KINETOCHORE PROTEIN SPC24

D: KINETOCHORE PROTEIN NUF2, KINETOCHORE PROTEIN SPC24

ヘテロ分子

131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: KINETOCHORE PROTEIN HEC1, KINETOCHORE PROTEIN SPC25

C: KINETOCHORE PROTEIN NUF2, KINETOCHORE PROTEIN SPC24

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: KINETOCHORE PROTEIN HEC1, KINETOCHORE PROTEIN SPC25

D: KINETOCHORE PROTEIN NUF2, KINETOCHORE PROTEIN SPC24

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.653, 248.965, 58.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	C
2	5	D
1	6	C
2	6	D
1	7	A
2	7	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	83 - 191
2	1	1	5	B	83 - 191
1	1	2	5	C	1133 - 1143
2	1	2	5	D	1133 - 1143
1	2	2	5	C	1180 - 1192
2	2	2	5	D	1180 - 1192
1	1	3	5	A	1130 - 1144
2	1	3	5	B	1130 - 1144
1	1	4	5	A	264 - 284
2	1	4	5	B	264 - 284
1	1	5	5	C	1159 - 1164
2	1	5	5	D	1159 - 1164
1	2	5	4	C	1171 - 1176
2	2	5	4	D	1171 - 1176
1	1	6	5	C	9 - 59
2	1	6	5	D	9 - 59
1	2	6	5	C	88 - 105
2	2	6	5	D	88 - 105
1	3	6	5	C	113 - 141
2	3	6	5	D	113 - 141
1	1	7	5	A	1046 - 1068
2	1	7	5	B	1046 - 1068
1	2	7	5	A	1072 - 1089
2	2	7	5	B	1072 - 1089

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.9911, 0.1294, -0.02977), (-0.1287, -0.9914, -0.02531), (-0.03279, -0.02126, 0.9992)	3.241, -115.8, 27.91
2	given	(-0.6403, 0.639, 0.4263), (-0.6507, -0.1562, -0.7431), (-0.4082, -0.7532, 0.5158)	41.92, -145.9, 6.38
3	given	(-0.7303, 0.6589, 0.1802), (-0.679, -0.6714, -0.2969), (-0.07462, -0.3392, 0.9378)	25.94, -101.3, 11.96
4	given	(-0.8949, 0.4433, 0.05079), (-0.4353, -0.8424, -0.3176), (-0.09801, -0.3063, 0.9469)	18.89, -113.5, 13.25
5	given	(-0.8875, 0.4449, 0.1196), (-0.4595, -0.8358, -0.3006), (-0.03374, -0.3217, 0.9462)	22.69, -111.5, 11.09
6	given	(-0.6702, 0.5898, 0.4505), (-0.6396, -0.1512, -0.7537), (-0.3764, -0.7933, 0.4786)	47.64, -147.6, 3.305
7	given	(-0.6271, 0.6523, 0.4257), (-0.6619, -0.1583, -0.7327), (-0.4105, -0.7413, 0.531)	40.18, -144.1, 7.098
8	given	(-0.6278, 0.653, 0.4236), (-0.6531, -0.1458, -0.7431), (-0.4235, -0.7432, 0.5181)	39.91, -145.9, 6.841
9	given	(-0.9003, 0.4305, 0.06434), (-0.4298, -0.856, -0.2873), (-0.06859, -0.2863, 0.9557)	19.37, -112.9, 13.83
10	given	(-0.9049, 0.4171, 0.08471), (-0.4234, -0.8618, -0.2794), (-0.04356, -0.2887, 0.9564)	19.64, -113, 13.05
11	given	(-0.9035, 0.4226, 0.07101), (-0.4241, -0.858, -0.29), (-0.06162, -0.2921, 0.9544)	19.44, -113.2, 13.26
12	given	(-0.6752, 0.601, 0.4277), (-0.6349, -0.1783, -0.7518), (-0.3755, -0.7791, 0.5019)	46.24, -146.2, 3.969

#1: タンパク質	KINETOCHORE PROTEIN HEC1, KINETOCHORE PROTEIN SPC25 / NDC80-SPC25 CHIMERA / HSHEC1 / KINETOCHORE-ASSOCIATED PROTEIN 2 / HIGHLY EXPRESSED IN CANCER ...NDC80-SPC25 CHIMERA / HSHEC1 / KINETOCHORE-ASSOCIATED PROTEIN 2 / HIGHLY EXPRESSED IN CANCER PROTEIN / RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN HEC / HSPC25 分子量: 36351.297 Da / 分子数: 2 断片: CHIMERA OF NDC80 RESIDUES 80-286 WITH SPC25 RESIDUES 118-224 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PEPTIDE LINK BETWEEN RESI 286 AND RESI 1118 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14777, UniProt: Q9HBM1
#2: タンパク質	KINETOCHORE PROTEIN NUF2, KINETOCHORE PROTEIN SPC24 / NUF2-SPC24 CHIMERA / HNUF2 / HNUF2R / HSNUF2 / CELL DIVISION CYCLE-ASSOCIATED PROTEIN 1 / HSPC24 分子量: 28993.418 Da / 分子数: 2 断片: CHIMERA OF NUF2 RESIDUES 1-169 WITH SPC24 RESIDUES 122-197 Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PEPTIDE LINK BETWEEN RESI 169 AND RESI 1122 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BZD4, UniProt: Q8NBT2
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-IPH / PHENOL 分子量: 94.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 72 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 72 TO GLY

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 75 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 4.5-6.5 PEG 6000, 1.5-2 MPD, 0.1 M NAHEPES PH 7.5, 16 MM TCEP, 15 MM PHENOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.954
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.88→50 Å / Num. obs: 52754 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 2.88→3 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXD		位相決定
SHARP		位相決定
pirate		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.88→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.88 / SU B: 24.976 / SU ML: 0.225 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.479 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS CHAIN A AND B ARE CHIMERAS OF NDC80 (RESIDUES 80-286) AND SPC25 (RESIDUES 118-224). FOR CLARITY SPC25 RESIDUES ARE NUMBERED 1118-1224. ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.261	2647	5 %	RANDOM
R_work	0.232	-	-	-
obs	0.234	49837	99.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.95 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.88→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8210	0	26	22	8258

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	8428
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.392	1.96	11373
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.46	5	998
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.589	24.212	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.519	15	1501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.362	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.209	0.2	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6351
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	3829
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	5718
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.294	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.135	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.449	1.5	5051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.773	2	8161
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.156	3	3377
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.999	4.5	3212
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	436	medium positional	0.16	1
2	C	128	medium positional	0.36	1
3	A	60	medium positional	0.12	1
4	A	84	medium positional	0.26	1
5	C	74	medium positional	0.44	1
6	C	392	medium positional	0.16	1
7	A	164	medium positional	0.21	1
1	A	448	loose positional	0.41	5
2	C	145	loose positional	0.54	5
3	A	64	loose positional	0.65	5
4	A	87	loose positional	0.74	5
5	C	22	loose positional	0.53	5
6	C	416	loose positional	0.45	5
7	A	178	loose positional	0.47	5
1	A	436	medium thermal	0.86	5
2	C	128	medium thermal	1.2	5
3	A	60	medium thermal	1.29	5
4	A	84	medium thermal	0.64	5
5	C	74	medium thermal	1.59	5
6	C	392	medium thermal	1.23	5
7	A	164	medium thermal	0.9	5
1	A	448	loose thermal	1.22	10
2	C	145	loose thermal	1.53	10
3	A	64	loose thermal	1.23	10
4	A	87	loose thermal	1.03	10
5	C	22	loose thermal	1.42	10
6	C	416	loose thermal	1.62	10
7	A	178	loose thermal	1.16	10

LS精密化シェル

解像度: 2.88→2.96 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.407	197	-
R_work	0.328	3548	-
obs	-	-	99.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	22.4094	14.1131	5.5061	32.9391	0.6913	13.4829	-0.5592	-1.1384	-1.4311	-1.1235	0.9582	0.7103	0.694	-1.8759	-0.399	-0.065	-0.1013	0.0043	0.1214	0.1705	-0.086	-6.67	-75.924	18.141
2	39.3508	4.2321	0.8078	20.0391	-6.572	13.024	-0.3272	-2.1127	1.6878	-0.6736	0.0558	-1.6494	-1.3659	1.6414	0.2715	0.2544	-0.1456	0.1628	-0.0068	-0.1984	0.1357	5.583	-40.735	-10.487
3	4.1488	-2.1906	-0.8242	11.9148	0.7774	4.5862	-0.7811	-0.2596	0.7861	0.687	0.6955	-1.2858	-0.7262	0.154	0.0856	0.455	0.0415	-0.1196	0.1612	-0.464	1.0724	-2.9491	-141.038	7
4	5.6232	1.1343	-0.8218	6.4548	0.4107	3.2618	-0.0871	0.0482	-1.1496	-0.0582	0.2044	0.4625	0.1721	-0.2065	-0.1173	-0.2987	-0.052	-0.0399	-0.4659	0.012	0.1567	62.118	39.54	-74.17
5	1.6065	0.7138	1.7307	0.4225	0.5967	2.5719	-0.024	0.1771	-0.3161	-0.0417	0.2128	-0.2353	-0.0557	0.3796	-0.1888	-0.1254	-0.0144	-0.0249	0.0364	-0.0687	0.0936	-24.736	-75.962	-16.148
6	2.6969	-0.4584	-1.1196	0.7884	0.0907	1.9063	0.081	0.11	0.3381	0.1425	0.0929	0.2483	-0.2282	-0.0631	-0.1739	-0.1116	-0.0562	0.0886	-0.1424	0.0772	0.1615	25.558	-43.147	-41.752
7	13.1802	-0.4956	-5.9607	60.631	31.067	35.3789	1.3092	0.686	-0.5815	-1.3421	-1.4816	0.1465	-1.385	-1.4234	0.1725	-0.0373	0.1553	0.1117	-0.1126	-0.2061	-0.0705	-18.5231	-106.205	1
8	10.5118	8.8751	-4.4616	24.2302	-5.7104	4.8471	-0.3338	-0.0166	0.6558	0.1445	0.9309	1.2075	0.2383	-0.2129	-0.597	0.0464	-0.1524	-0.077	-0.4037	0.1983	0.6289	40.074	2.59	-68.496
9	2.4925	0.3641	0.5702	2.9672	-0.2106	5.655	-0.0733	0.0617	0.1596	-0.1762	-0.0324	0.2091	-0.2649	-0.1614	0.1058	-0.1496	-0.0104	-0.01	-0.0358	0.0128	-0.1056	-4.703	-61.108	10.06
10	2.7603	0.2952	-1.1371	3.3863	-0.1538	6.7352	0.0067	0.0712	0.0776	0.1702	-0.0724	-0.095	0.1386	-0.1327	0.0657	-0.1098	0.0046	0.0246	-0.0536	-0.0106	-0.1092	1.512	-54.822	-18.839

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	79 - 86
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	79 - 86
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1134 - 1193
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1130 - 1147
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1158 - 1161
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1165 - 1170
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1215 - 1221
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1125 - 1188
9	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1193 - 1224
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1130 - 1197
11	X-RAY DIFFRACTION	5	C	4 - 159
12	X-RAY DIFFRACTION	5	A	212 - 265
13	X-RAY DIFFRACTION	6	D	4 - 152
14	X-RAY DIFFRACTION	6	B	213 - 265
15	X-RAY DIFFRACTION	7	A	266 - 286
16	X-RAY DIFFRACTION	8	B	266 - 286
17	X-RAY DIFFRACTION	8	D	153 - 169
18	X-RAY DIFFRACTION	9	A	87 - 201
19	X-RAY DIFFRACTION	10	B	87 - 202

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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