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万見
- PDB-2v1t: CRYSTAL STRUCTURE OF RAT TOM20-ALDH PRESEQUENCE COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v1t
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RAT TOM20-ALDH PRESEQUENCE COMPLEX
要素
  • ALDEHYDE DEHYDROGENASE
  • MITOCHONDRIAL IMPORT RECEPTOR SUBUNIT TOM20 HOMOLOG
キーワードOXIDOREDUCTASE / OUTER MEMBRANE / TRANSIT PEPTIDE / PHOSPHORYLATION / MITOCHONDRION / TRANSMEMBRANE / PROTEIN TRANSPORT / NAD / MEMBRANE / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to resveratrol / Ethanol oxidation / acetaldehyde metabolic process / Metabolism of serotonin / ethanol metabolic process / Mitochondrial protein degradation / regulation of response to oxidative stress / Smooth Muscle Contraction / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / tRNA import into mitochondrion ...cellular response to resveratrol / Ethanol oxidation / acetaldehyde metabolic process / Metabolism of serotonin / ethanol metabolic process / Mitochondrial protein degradation / regulation of response to oxidative stress / Smooth Muscle Contraction / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / tRNA import into mitochondrion / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / mitochondrion targeting sequence binding / ethanol catabolic process / mitochondrial outer membrane translocase complex / Ub-specific processing proteases / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / NADH binding / migrasome / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / protein-transporting ATPase activity / cellular detoxification of aldehyde / carboxylesterase activity / behavioral response to ethanol / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / mitochondrial envelope / cellular response to fatty acid / regulation of reactive oxygen species metabolic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / protein targeting to mitochondrion / response to muscle activity / response to testosterone / protein import into mitochondrial matrix / apoptotic mitochondrial changes / response to hyperoxia / cellular response to hormone stimulus / sperm midpiece / response to progesterone / response to ischemia / cell periphery / response to nicotine / intracellular protein transport / liver development / unfolded protein binding / response to estradiol / response to ethanol / response to lipopolysaccharide / mitochondrial outer membrane / mitochondrial matrix / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom20 domain / Protein import receptor MAS20, metazoan / Protein import receptor MAS20 / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. ...Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom20 domain / Protein import receptor MAS20, metazoan / Protein import receptor MAS20 / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial / Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Obita, T. / Igura, M. / Ose, T. / Endo, T. / Maenaka, K. / Kohda, D.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Tom20 Recognizes Mitochondrial Presequences Through Dynamic Equilibrium Among Multiple Bound States.
著者: Saitoh, T. / Igura, M. / Obita, T. / Ose, T. / Kojima, R. / Maenaka, K. / Endo, T. / Kohda, D.
履歴
登録2007年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2007年6月12日ID: 1WT4
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOCHONDRIAL IMPORT RECEPTOR SUBUNIT TOM20 HOMOLOG
B: MITOCHONDRIAL IMPORT RECEPTOR SUBUNIT TOM20 HOMOLOG
C: ALDEHYDE DEHYDROGENASE
D: ALDEHYDE DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7414
ポリマ－18,7414
非ポリマー00
水3,027168
1
A: MITOCHONDRIAL IMPORT RECEPTOR SUBUNIT TOM20 HOMOLOG
C: ALDEHYDE DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3712
ポリマ－9,3712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: MITOCHONDRIAL IMPORT RECEPTOR SUBUNIT TOM20 HOMOLOG
D: ALDEHYDE DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3712
ポリマ－9,3712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)33.629, 27.639, 70.967
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.84362, -0.21182, 0.49339), (-0.16887, -0.97694, -0.13066), (0.50969, 0.02691, -0.85994)-8.88722, 15.64339, 33.57258
2given(0.85938, 0.0057, 0.51131), (0.00778, -0.99997, -0.00192), (0.51128, 0.00563, -0.8594)-10.43461, 12.3425, 34.20483

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要素

#1: タンパク質 MITOCHONDRIAL IMPORT RECEPTOR SUBUNIT TOM20 HOMOLOG / MITOCHONDRIAL 20 KDA OUTER MEMBRANE PROTEIN / OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE RECEPTOR TOM20


分子量: 8069.077 Da / 分子数: 2 / 断片: CYTOSOLIC DOMAIN, RESIDUES 59-126 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q62760
#2: タンパク質・ペプチド ALDEHYDE DEHYDROGENASE / ALDH CLASS 2 / ALDH1 / ALDH-E2


分子量: 1301.564 Da / 分子数: 2
断片: C-TERMINAL HALF OF THE PRESEQUENCE OF MITOCHONDRIAL PRECURSOR, RESIDUES 12-24
Mutation: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P11884, aldehyde dehydrogenase (NAD+)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ALA 23 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, THR 24 TO CY3 ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ALA 23 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, THR 24 TO CY3 ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ALA 23 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, THR 24 TO CY3
Has protein modificationY
配列の詳細GLY A 54 CLONING ARTIFACT PRO A 55 CLONING ARTIFACT LEU A 56 CLONING ARTIFACT GLY A 57 CLONING ...GLY A 54 CLONING ARTIFACT PRO A 55 CLONING ARTIFACT LEU A 56 CLONING ARTIFACT GLY A 57 CLONING ARTIFACT SER A 58 CLONING ARTIFACT MSE A MODIFIED RESIDUE GLY B 54 CLONING ARTIFACT PRO B 55 CLONING ARTIFACT LEU B 56 CLONING ARTIFACT GLY B 57 CLONING ARTIFACT SER B 58 CLONING ARTIFACT MSE B MODIFIED RESIDUE GLY 23 ENGINEERED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 %
結晶化pH: 7 / 詳細: PEG 6000, AMMONIUM CHLORIDE, PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 0.9838
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月4日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9838 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 9958 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.92→32.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 8.919 / SU ML: 0.134 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 879 9 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.184 8906 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å20 Å20.37 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→32.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1279 0 0 168 1447
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221298
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4232.0291749
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0323.0022171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.085161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.47926.78656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.36915231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.881154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1720.2931
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1650.2647
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0980.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2190.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2750.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1211.51050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11621323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1243491
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8744.5426
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rwork0.219 639
Rfree-0
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8242-0.1870.48220.6178-0.12710.97270.0041-0.0277-0.0274-0.01630.0032-0.01680.0742-0.0001-0.0073-0.0017-0.0129-0.0003-0.0343-0.0028-0.0171-3.4781.74924.753
21.7004-0.0428-0.42180.53550.64021.00810.03320.02480.0467-0.01770.00420.0004-0.09130.0487-0.03750.0085-0.0117-0.0051-0.02840.008-0.02881.12311.669.912
34.63780.17880.0045.53630.40140.71080.1002-0.0602-0.0252-0.138-0.0053-0.2259-0.2-0.0231-0.09490.0387-0.02860.0292-0.01460.0104-0.065-6.456-8.75926.154
42.4819-0.87650.58623.83353.02993.9108-0.13930.06740.17950.39820.28080.24710.08340.3498-0.14150.06790.0140.0116-0.00510.0005-0.0888-2.50621.0318.375
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A54 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2B59 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3C12 - 24
4X-RAY DIFFRACTION4D12 - 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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