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- PDB-2ux0: Structure of the oligomerisation domain of calcium-calmodulin dep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ux0
タイトルStructure of the oligomerisation domain of calcium-calmodulin dependent protein kinase II gamma
要素CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
キーワードTRANSFERASE / CALMODULIN / PROTEIN KINASE / OLIGOMERISATION DOMAIN / SERINE- THREONINE KINASE / ATP-BINDING / KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / TRANSFERASE.
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of skeletal muscle adaptation / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / Trafficking of AMPA receptors / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / insulin secretion / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB ...regulation of skeletal muscle adaptation / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / Trafficking of AMPA receptors / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / insulin secretion / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / regulation of neuron projection development / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of calcium ion transport / Ion transport by P-type ATPases / Long-term potentiation / Regulation of MECP2 expression and activity / HSF1-dependent transactivation / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / RAF activation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / endocytic vesicle membrane / Interferon gamma signaling / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / nervous system development / RAF/MAP kinase cascade / cell differentiation / calmodulin binding / neuron projection / protein serine kinase activity / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site ...Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Roll / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit gamma / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Bunkoczi, G. / Debreczeni, J.E. / Salah, E. / Gileadi, O. / Rellos, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / von Delft, F. ...Bunkoczi, G. / Debreczeni, J.E. / Salah, E. / Gileadi, O. / Rellos, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / von Delft, F. / Turnbull, A. / Pike, A.C.W. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the Camkiidelta/Calmodulin Complex Reveals the Molecular Mechanism of Camkii Kinase Activation.
著者: Rellos, P. / Pike, A.C.W. / Niesen, F.H. / Salah, E. / Lee, W.H. / von Delft, F. / Knapp, S.
履歴
登録2007年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
B: CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
C: CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
D: CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
E: CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
F: CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,62811
ポリマ－98,2526
非ポリマー3755
水1,78399
1
A: CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
B: CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
C: CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
D: CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
E: CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
F: CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
ヘテロ分子

A: CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
B: CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
C: CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
D: CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
E: CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
F: CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,25522
ポリマ－196,50512
非ポリマー75110
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area26160 Å2
ΔGint-213.5 kcal/mol
Surface area70370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.954, 158.363, 103.941
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A389 - 452
2112B389 - 452
3112C389 - 452
4112D389 - 452
5112E389 - 452
6112F389 - 452
1214A453 - 456
2214B453 - 456
3214C453 - 456
4214D453 - 456
5214E453 - 456
6214F453 - 456
1312A457 - 488
2312B457 - 488
3312C457 - 488
4312D457 - 488
5312E457 - 488
6312F457 - 488
1414A489 - 491
2414B489 - 491
3414C489 - 491
4414D489 - 491
5414E489 - 491
6414F489 - 491
1512A492 - 521
2512B492 - 521
3512C492 - 521
4512D492 - 521
5512E492 - 521
6512F492 - 521

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.60631, -0.7661, -0.21328), (0.7701, 0.49876, 0.39772), (-0.19832, -0.40539, 0.89237)-25.2648, -30.38748, -13.51065
2given(-0.19034, -0.77142, -0.6072), (0.76619, -0.50342, 0.39939), (-0.61377, -0.38921, 0.68687)-15.23708, -70.81217, -7.40988
3given(-0.58854, 0.00228, -0.80847), (-0.0039, -0.99999, 2.0E-5), (-0.80846, 0.00316, 0.58854)20.91674, -80.33826, 10.94072
4given(-0.18421, 0.77312, -0.60692), (-0.76885, -0.49802, -0.40105), (-0.61232, 0.39275, 0.68615)46.91051, -49.61198, 23.78858
5given(0.6034, 0.77188, -0.20029), (-0.77113, 0.50079, -0.39316), (-0.20317, 0.39168, 0.89739)36.28653, -9.81225, 18.48212

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要素

#1: タンパク質
CALCIUM-CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE (CAM KINASE) II GAMMA


分子量: 16375.393 Da / 分子数: 6 / 断片: OLIGOMERISATION DOMAIN, RESIDUES 387-527 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8N4I3, UniProt: Q13555*PLUS, EC: 2.7.1.123
#2: 化合物
ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 526 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 526 TO ARG ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 526 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 526 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 526 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LEU 526 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, LEU 526 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, LEU 526 TO ARG
配列の詳細THE L526R MUTATION IS FROM THE ENTRY CLONE THAT HAS BEEN SEQUENCED AFTER IDENTIFICATION OF THE MASS DIFFERENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 0.1 M SPG PH 7.0, 60% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月21日
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→39.7 Å / Num. obs: 29117 / % possible obs: 78.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.63 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.46→2.56 Å / 冗長度: 0.13 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / % possible all: 10.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HKX

1hkx


解像度: 2.46→39.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 21.332 / SU ML: 0.211 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.982 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1467 5 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.186 27628 78.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.06 Å20 Å20 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---1.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→39.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6360 0 25 99 6484
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0216530
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.251.9318880
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91310256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1015809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.55624.63324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.891151013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5571530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2983
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021313
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21152
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.23942
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.23072
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.23530
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1730.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8234222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.41656545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.98582674
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.668112335
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A738tight positional0.040.05
2B738tight positional0.040.05
3C738tight positional0.040.05
4D738tight positional0.030.05
5E738tight positional0.030.05
6F738tight positional0.030.05
1A909medium positional0.410.5
2B909medium positional0.320.5
3C909medium positional0.30.5
4D909medium positional0.370.5
5E909medium positional0.350.5
6F909medium positional0.290.5
1A738tight thermal0.080.5
2B738tight thermal0.080.5
3C738tight thermal0.080.5
4D738tight thermal0.070.5
5E738tight thermal0.070.5
6F738tight thermal0.070.5
1A909medium thermal0.82
2B909medium thermal0.82
3C909medium thermal0.682
4D909medium thermal0.692
5E909medium thermal0.682
6F909medium thermal0.72
LS精密化 シェル解像度: 2.46→2.52 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.405 6
Rwork0.475 195
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8671-0.46110.19574.75230.13662.6830.09540.29560.0263-0.5306-0.21740.00380.0404-0.01280.122-0.01170.0308-0.01620.0385-0.0663-0.0074-19.9583-60.07843.44
24.8976-1.14482.26961.0795-0.35764.29110.29350.7231-0.3206-0.296-0.1607-0.16820.51480.5194-0.13270.05010.1164-0.02080.0216-0.0442-0.03278.0281-74.518918.1934
32.48961.01330.34322.7970.95782.20590.01110.30830.0183-0.3548-0.077-0.5031-0.04580.73640.0659-0.0577-0.01050.01110.26860.1180.104232.8026-54.535330.8115
42.2781-0.9349-1.35015.2144-0.51141.95250.12470.34770.2399-0.4258-0.162-1.0571-0.28360.27920.03740.0659-0.12930.0510.13170.12650.312729.4705-20.527328.7426
53.8401-0.5910.92241.7424-1.07452.7759-0.01360.46420.2853-0.3601-0.2132-0.0801-0.21880.29380.22680.06290.03710.00380.220.0730.05531.9976-5.616614.8346
61.58941.58990.06614.16530.02822.6536-0.11710.34970.0817-0.82010.05050.2833-0.1594-0.12270.06670.14530.0935-0.15460.1644-0.04220.1326-22.1673-26.11212.3191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A385 - 521
2X-RAY DIFFRACTION2B385 - 521
3X-RAY DIFFRACTION3C385 - 521
4X-RAY DIFFRACTION4D385 - 521
5X-RAY DIFFRACTION5E385 - 521
6X-RAY DIFFRACTION6F385 - 521

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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