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万見
- PDB-2rsk: RNA aptamer against prion protein in complex with the partial bin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rsk
タイトルRNA aptamer against prion protein in complex with the partial binding peptide
要素
  • RNA (5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3')
  • partial binding peptide of Major prion protein
キーワードMembrane Protein/RNA / Aptamer / Prion / RNA / Alzheimer's disease / Membrane Protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / protein homooligomerization / G-quadruplex RNA binding / copper ion binding / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prion, copper binding octapeptide repeat / Copper binding octapeptide repeat region / Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. / Prion protein / Major prion protein / Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Prion/Doppel beta-ribbon domain superfamily / Prion/Doppel alpha-helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Major prion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Mashima, T. / Nishikawa, F. / Kamatari, Y.O. / Fujiwara, H. / Nishikawa, S. / Kuwata, K. / Katahira, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Anti-prion activity of an RNA aptamer and its structural basis
著者: Mashima, T. / Nishikawa, F. / Kamatari, Y.O. / Fujiwara, H. / Saimura, M. / Nagata, T. / Kodaki, T. / Nishikawa, S. / Kuwata, K. / Katahira, M.
履歴
登録2012年3月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3')
C: partial binding peptide of Major prion protein
D: partial binding peptide of Major prion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8424
ポリマ－10,8424
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3')


分子量: 4033.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質・ペプチド partial binding peptide of Major prion protein


分子量: 1387.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P10279

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
2212D 1H-1H NOESY
1322D 1H-1H NOESY
2422D 1H-1H NOESY
2512D 1H-1H TOCSY
2622D 1H-1H TOCSY
2712D DQF-COSY
2822D DQF-COSY
2922D 1H-13C HSQC
2101JRHMBC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM RNA-1, 1mM P16-2, 10mM potassium phosphate-3, 10mM potassium chloride-4, 0.01mM DSS-5, 3mM sodium azide-6, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21mM RNA-7, 1mM P16-8, 10mM potassium phosphate-9, 10mM potassium chloride-10, 0.01mM DSS-11, 3mM sodium azide-12, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
1 mMRNA-11
1 mMP16-21
10 mMpotassium phosphate-31
10 mMpotassium chloride-41
0.01 mMDSS-51
3 mMsodium azide-61
1 mMRNA-72
1 mMP16-82
10 mMpotassium phosphate-92
10 mMpotassium chloride-102
0.01 mMDSS-112
3 mMsodium azide-122
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1106.2ambient 278 K
2106.2ambient 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.26Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
XwinNMRBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospincollection
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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