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万見
- PDB-2rkb: Serine dehydratase like-1 from human cancer cells -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rkb
タイトルSerine dehydratase like-1 from human cancer cells
要素Serine dehydratase-like
キーワードLYASE / Serine dehydratase / PLP bound enzyme / Enzyme found in human cancer cells / Pyridoxal phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


Threonine catabolism / threonine ammonia-lyase / threonine deaminase activity / L-serine ammonia-lyase / glutamate racemase / L-serine ammonia-lyase activity / glutamate racemase activity / L-serine catabolic process / lipid metabolic process / pyridoxal phosphate binding ...Threonine catabolism / threonine ammonia-lyase / threonine deaminase activity / L-serine ammonia-lyase / glutamate racemase / L-serine ammonia-lyase activity / glutamate racemase activity / L-serine catabolic process / lipid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Serine dehydratase-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yamada, T. / Komoto, J. / Kasuya, T. / Mori, H. / Ogawa, H. / Takusagawa, F.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2008
タイトル: A catalytic mechanism that explains a low catalytic activity of serine dehydratase like-1 from human cancer cells: Crystal structure and site-directed mutagenesis studies.
著者: Yamada, T. / Komoto, J. / Kasuya, T. / Takata, Y. / Ogawa, H. / Mori, H. / Takusagawa, F.
履歴
登録2007年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine dehydratase-like
B: Serine dehydratase-like
C: Serine dehydratase-like
D: Serine dehydratase-like
E: Serine dehydratase-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,30615
ポリマ－167,8745
非ポリマー1,43110
水5,080282
1
A: Serine dehydratase-like
B: Serine dehydratase-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7226
ポリマ－67,1502
非ポリマー5724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area23810 Å2
手法PISA
2
C: Serine dehydratase-like
D: Serine dehydratase-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7226
ポリマ－67,1502
非ポリマー5724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area23870 Å2
手法PISA
3
E: Serine dehydratase-like
ヘテロ分子

E: Serine dehydratase-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7226
ポリマ－67,1502
非ポリマー5724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area3290 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area23750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.210, 154.740, 306.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
Serine dehydratase-like / Serine dehydratase 2


分子量: 33574.883 Da / 分子数: 5 / 変異: None / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96GA7, EC: 4.3.1.-
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.16 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6
詳細: 50 mM Na-citrate buffer, 10 mM O-methylserine, 200 mM potassium acetate, 5 mM DTT, 15 % PEG-8000, 10 mg/mL protein, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月1日 / 詳細: Confocal mirror (Osmic, Inc)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rsym value: 0.157 / Net I/σ(I): 10

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 215885.59 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 5798 10.2 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.213 57075 --
obs0.213 57075 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.6125 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.17 Å20 Å20 Å2
2---0.96 Å20 Å2
3----2.21 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11760 0 80 282 12122
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 935 9.9 %
Rwork0.259 8479 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4plp2.parplp2.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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