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- PDB-2q9g: Crystal structure of human cytochrome P450 46A1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q9g
タイトルCrystal structure of human cytochrome P450 46A1
要素Cytochrome P450 46A1
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP46A1 / P450 46A1 / P450 / MONOOXYGENASE / CHOLESTEROL METABOLIC ENZYME / HEME
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol 24-hydroxylase / cholesterol 24-hydroxylase activity / protein localization to membrane raft / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / progesterone metabolic process / sterol metabolic process / bile acid biosynthetic process / regulation of long-term synaptic potentiation / steroid hydroxylase activity ...cholesterol 24-hydroxylase / cholesterol 24-hydroxylase activity / protein localization to membrane raft / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / progesterone metabolic process / sterol metabolic process / bile acid biosynthetic process / regulation of long-term synaptic potentiation / steroid hydroxylase activity / Endogenous sterols / cholesterol catabolic process / xenobiotic metabolic process / presynapse / nervous system development / postsynapse / iron ion binding / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / heme binding / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Cholesterol 24-hydroxylase / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cholesterol 24-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者White, M.A. / Mast, N.V. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. / Pikuleva, I.A.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of substrate-bound and substrate-free cytochrome P450 46A1, the principal cholesterol hydroxylase in the brain.
著者: Mast, N. / White, M.A. / Bjorkhem, I. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. / Pikuleva, I.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Use of complementary cation and anion heavy-atom salt derivatives to solve the structure of cytochrome P450 46A1.
著者: White, M.A. / Mast, N. / Bjorkhem, I. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. / Pikuleva, I.A.
履歴
登録2007年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 46A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9264
ポリマ－52,1251
非ポリマー8013
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.350, 121.350, 142.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 46A1 / Cholesterol 24-hydroxylase / CH24H


分子量: 52125.086 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 51-500 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP46A1, CYP46 / プラスミド: PUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA / 参照: UniProt: Q9Y6A2, EC: 1.14.13.98
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG8000, Potassium Phosphate, Glycerol, NaCl, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月30日
詳細: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING), SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HO RIZONTAL FOCUSING)
放射モノクロメーター: SIDE SCATTERING BENT CUBE- ROOT I-BEAM SINGLE CRYSTAL, ASYMMETRIC CUT 4.965 DEGS
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→92.45 Å / Num. all: 21106 / Num. obs: 21106 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 34.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CYP46A1-C3S, PDB ENTRY 2q9f

2q9f


解像度: 2.4→46.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 4160886 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: variable / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Refmac5 and TLS used in intermediate refinement steps. TLS not used in CNS refinement. TLS groups determined using the TLSMD server. TLSMD REF: J Painter & E A Merritt (2006) J. Appl. Cryst. ...詳細: Refmac5 and TLS used in intermediate refinement steps. TLS not used in CNS refinement. TLS groups determined using the TLSMD server. TLSMD REF: J Painter & E A Merritt (2006) J. Appl. Cryst. 39, 109-111. PMB used in all CNS refinements. PMB BOND target set to 0.011. PMB Variable Sigma-B used default parameters. PMB Hydrogen bond NOE restraints used: D=2.90, 0.4, 0.7, K=75, PMB Hydrogen bond NOE restraints used: Number of NOEs=272. PMB Local scale reject set to 35 sigma, PMB Local Scale rejected 103 reflections of 21096. PMB Local Scale (h,k,l) box sizes = +/- 4 3 5, PMB Local Scale maximum scale used (localscale method): 32.710, PMB Local Scale minimum scale used (localscale method): 1.053. Note: WEAK DENSITY OVER HEME WAS NOT MODELLED. IT COULD BE A HISTIDINE FROM the BUFFER OR IT COULD BE DUE TO ANOTHER UNKNOWN MOLECULE FROM EXPRESSION. Note: The F'-G' LOOP, residues 229-239, was not built due to weak and ambiguous electron density
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1018 5 %THICK SHELLS
Rwork0.189 ---
all0.21799 20181 --
obs0.189 20181 95.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.9685 Å2 / ksol: 0.356954 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 73.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å20 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---1.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3392 0 55 25 3472
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 58 6.6 %
Rwork0.326 822 -
obs-877 84.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep_pmb.paramprotein_pmb.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4ligand.paramligand.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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