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万見
- PDB-2ox9: Mouse Scavenger Receptor C-type Lectin carbohydrate-recognition d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ox9
タイトルMouse Scavenger Receptor C-type Lectin carbohydrate-recognition domain.
要素Collectin placenta 1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / c-type lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane raft organization / toll-like receptor 3 signaling pathway / low-density lipoprotein particle binding / phagocytosis, recognition / collagen trimer / scavenger receptor activity / pattern recognition receptor activity / cellular response to exogenous dsRNA / carbohydrate binding / : ...plasma membrane raft organization / toll-like receptor 3 signaling pathway / low-density lipoprotein particle binding / phagocytosis, recognition / collagen trimer / scavenger receptor activity / pattern recognition receptor activity / cellular response to exogenous dsRNA / carbohydrate binding / : / defense response to bacterium / immune response / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. ...CD209-like, C-type lectin-like domain / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lewis X antigen, beta anomer / Collectin-12
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Weis, W.I. / Feinberg, H. / Drickamer, K. / Taylor, M.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Scavenger receptor C-type lectin binds to the leukocyte cell surface glycan Lewis(x) by a novel mechanism.
著者: Feinberg, H. / Taylor, M.E. / Weis, W.I.
履歴
登録2007年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collectin placenta 1
B: Collectin placenta 1
C: Collectin placenta 1
D: Collectin placenta 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,00324
ポリマ－65,2444
非ポリマー2,75920
水6,431357
1
A: Collectin placenta 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0016
ポリマ－16,3111
非ポリマー6905
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Collectin placenta 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0016
ポリマ－16,3111
非ポリマー6905
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Collectin placenta 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0016
ポリマ－16,3111
非ポリマー6905
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Collectin placenta 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0016
ポリマ－16,3111
非ポリマー6905
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.998, 53.755, 59.084
Angle α, β, γ (deg.)67.75, 76.70, 85.37
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Collectin placenta 1 / Collectin sub-family member 12


分子量: 16310.888 Da / 分子数: 4 / 断片: CRD domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Colec12, CL-P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8K4Q8
#2: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / Lewis X antigen / beta anomer


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Lewis X antigen, beta anomer
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGalpb1-4]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: The protein solution contained 6mg ml-1 protein, 9mM CaCl2 , 9mM Tris pH=7.8, 22.5mM NaCl and 5mM Lewisx. The reservoir solution contained 30% Peg 8K, 0.2M NaCl and 0.1 M Imidazole, pH 8.5., ...詳細: The protein solution contained 6mg ml-1 protein, 9mM CaCl2 , 9mM Tris pH=7.8, 22.5mM NaCl and 5mM Lewisx. The reservoir solution contained 30% Peg 8K, 0.2M NaCl and 0.1 M Imidazole, pH 8.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→53.7 Å / Num. obs: 35627 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rsym value: 0.109
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.113 / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
Blu-Iceデータ収集
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→53.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 911755.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1785 5 %SHELLS
Rwork0.224 ---
obs-35627 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.431 Å2 / ksol: 0.363622 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.55 Å2-2.19 Å20.42 Å2
2--2.44 Å22.48 Å2
3----4.99 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→53.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4311 0 160 357 4828
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.611.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.362.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 357 5.1 %
Rwork0.253 6652 -
obs--89.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4carbohydrate.param_ncarbohydrate.top_new

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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