PDB-2obg: Crystal Structure of Monobody MBP-74/Maltose Binding Protein Fusi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2obg

タイトル

Crystal Structure of Monobody MBP-74/Maltose Binding Protein Fusion Complex

要素

Maltose Binding periplasmic Protein and Monobody MBP-74 Fusion protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / PROTEIN BINDING / Domain swapping / Binding Protein / Antibody Mimic / Binary Interface

機能・相同性

機能・相同性情報

detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Gilbreth, R.N. / Tereshko, V. / Koide, S.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: High-affinity single-domain binding proteins with a binary-code interface.
著者: Koide, A. / Gilbreth, R.N. / Esaki, K. / Tereshko, V. / Koide, S.

履歴

登録	2006年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2obg.cif.gz	99.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2obg.ent.gz	75.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2obg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2obg_validation.pdf.gz	424.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2obg_full_validation.pdf.gz	430.1 KB	表示
XML形式データ	2obg_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	2obg_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/2obg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/2obg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2v0n-d 5fy1-d 5z8n-d 5fy0-d 5hp1-1 6a2s-d 7ahx-2 5fxw-d 3kle-3 4ywb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (6) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (6) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (6) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Maltose Binding periplasmic Protein and Monobody MBP-74 Fusion protein

50.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Maltose Binding periplasmic Protein and Monobody MBP-74 Fusion protein

登録者が定義した集合体
101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.461, 68.461, 112.625
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Maltose Binding periplasmic Protein and Monobody MBP-74 Fusion protein / Maltodextrin-binding protein / MMBP / MBP 分子量: 50543.738 Da / 分子数: 1 / 断片: MBP (residues 5-370), MBP-74 (residues 1001-1093) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli, synthetic construct 属: Escherichia, / 生物種: , / 株: , / 遺伝子: malE / プラスミド: pHFT2-MBP/MBP-74 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEX9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Maltose Binding periplasmic Protein and Monobody MBP-74 Fusion protein / Maltodextrin-binding protein / MMBP / MBP

分子量: 50543.738 Da / 分子数: 1 / 断片: MBP (residues 5-370), MBP-74 (residues 1001-1093) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli, synthetic construct
属: Escherichia, / 生物種: , / 株: , / 遺伝子: malE / プラスミド: pHFT2-MBP/MBP-74 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEX9

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.86 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG-1000, 0.1 M Na/K phosphate, 0.2 M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 21507

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 17.416 / SU ML: 0.207 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24976	2190	10.2 %	RANDOM
R_work	0.19775	-	-	-
obs	0.20304	19317	99.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3487	0	0	77	3564

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	3579
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.088	1.92	4893
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.673	5	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.97	25.235	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.873	15	533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.392	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2759
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	2523
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.15	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.459	1.5	2323
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.825	2	3661
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.041	3	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.612	4.5	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	159	-
R_work	0.258	1329	-
obs	-	-	95.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 90.5181 Å / Origin y: 62.1247 Å / Origin z: 26.245 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1581 Å²	0.0382 Å²	0.067 Å²	-	-0.1384 Å²	-0.0536 Å²	-	-	-0.15 Å²
L	2.2618 °²	-0.2776 °²	0.6574 °²	-	1.2305 °²	-0.1653 °²	-	-	1.2994 °²
S	0.2617 Å °	0.1581 Å °	0.1646 Å °	-0.0844 Å °	-0.0731 Å °	-0.0923 Å °	0.0949 Å °	0.1922 Å °	-0.1886 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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