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万見
- PDB-2knj: NMR structure of microplusin a antimicrobial peptide from Rhipice... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2knj
タイトルNMR structure of microplusin a antimicrobial peptide from Rhipicephalus (Boophilus) microplus
要素Microplusin preprotein
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Antimicrobial peptide / Microplusin / Rhipicephalus (Boophilus) microplus
機能・相同性
機能・相同性情報


copper chaperone activity / metal chelating activity / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / iron ion binding / innate immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase; domain 1 - #440 / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Antimicrobial peptide microplusin
類似検索 - 構成要素
生物種Rhipicephalus microplus (ダニ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Pires, J.R. / Rezende, C.A. / Silva, F.D. / Daffre, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure and mode of action of microplusin, a copper II-chelating antimicrobial peptide from the cattle tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus.
著者: Silva, F.D. / Rezende, C.A. / Rossi, D.C. / Esteves, E. / Dyszy, F.H. / Schreier, S. / Gueiros-Filho, F. / Campos, C.B. / Pires, J.R. / Daffre, S.
履歴
登録2009年8月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microplusin preprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2221
ポリマ－10,2221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Microplusin preprotein


分子量: 10222.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-110 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhipicephalus microplus (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q86LE5
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1222D 1H-1H NOESY
1312D 1H-1H TOCSY
1433D 1H-15N NOESY
1533D 1H-15N TOCSY
1653D 1H-13C NOESY
1753D (H)CCH-COSY
1843D CBCA(CO)NH
1943D HN(CA)CB
11043D HBHA(CO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
150 mM sodium chloride-1, 20 mM sodium phosphate-2, 0.95 mM microplusin-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
250 mM sodium chloride-4, 20 mM sodium phosphate-5, 0.95 mM microplusin-6, 100% D2O100% D2O
350 mM sodium chloride-7, 20 mM sodium phosphate-8, 0.52 mM [U-15N] microplusin-9, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
450 mM sodium chloride-10, 20 mM sodium phosphate-11, 0.35 mM [U-13C; U-15N] microplusin-12, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
550 mM sodium chloride-13, 20 mM sodium phosphate-14, 0.35 mM [U-13C; U-15N] microplusin-15, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMsodium chloride-11
20 mMsodium phosphate-21
0.95 mMmicroplusin-31
50 mMsodium chloride-42
20 mMsodium phosphate-52
0.95 mMmicroplusin-62
50 mMsodium chloride-73
20 mMsodium phosphate-83
0.52 mMmicroplusin-9[U-15N]3
50 mMsodium chloride-104
20 mMsodium phosphate-114
0.35 mMmicroplusin-12[U-13C; U-15N]4
50 mMsodium chloride-135
20 mMsodium phosphate-145
0.35 mMmicroplusin-15[U-13C; U-15N]5
試料状態イオン強度: 50 / pH: 5.6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilgesデータ解析
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
Sparky3.106Goddardpeak picking
Sparky3.106Goddardデータ解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
TopSpin2Bruker Biospincollection
TopSpin2Bruker Biospin解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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