PDB-2jg5: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE PHOSPHOFRUCTOKINASE FROM STAPHYLO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jg5

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE PHOSPHOFRUCTOKINASE FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS

要素

FRUCTOSE 1-PHOSPHATE KINASE

キーワード

TRANSFERASE / KINASE / 1-PHOSPHOFRUCTOKINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

1-phosphofructokinase activity / lactose metabolic process / tagatose-6-phosphate kinase / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Yan, X. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Dorward, M. / McMahon, S.A. / Oke, M. / Powers, H. / Coote, P.J. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genomics / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...

履歴

登録	2007年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年9月28日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
改定 1.3	2020年3月11日	Group: Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb2jg5.ent.gz	98.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jg5_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jg5_full_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示
XML形式データ	2jg5_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	2jg5_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/2jg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/2jg5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ivyC 2jg6C 2vw8C 2vxzC 2wj9C 2x0oC 2x3dC 2x3eC 2x3fC 2x3gC 2x3lC 2x3mC 2x3nC 2x3oC 2x48C 2x4gC 2x4hC 2x4iC 2x4jC 2x4kC 2x4lC 2x5cC 2x5dC 2x5fC 2x5gC 2x5hC 2x5pC 2x5qC 2x5rC 2x5tC 2x7bC 2x7iC 2xu2C 2abqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6g9p-d 3eqr-1 3zwk-d 4hzr-d 3zw7-d 6y6u-d 1c1x-1 1oph-d 3nps-d 6g9s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FRUCTOSE 1-PHOSPHATE KINASE

B: FRUCTOSE 1-PHOSPHATE KINASE

65.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.010, 160.260, 40.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B
1	6	A
2	6	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	ASN	ASN	4	A	A	1 - 8	1 - 8
2	1	1	MET	MET	ASN	ASN	4	B	B	1 - 8	1 - 8
1	1	2	LYS	LYS	GLY	GLY	4	A	A	38 - 61	38 - 61
2	1	2	LYS	LYS	GLY	GLY	4	B	B	38 - 61	38 - 61
1	2	2	PRO	PRO	VAL	VAL	4	A	A	106 - 159	106 - 159
2	2	2	PRO	PRO	VAL	VAL	4	B	B	106 - 159	106 - 159
1	3	2	ALA	ALA	LEU	LEU	4	A	A	167 - 176	167 - 176
2	3	2	ALA	ALA	LEU	LEU	4	B	B	167 - 176	167 - 176
1	4	2	TYR	TYR	THR	THR	4	A	A	202 - 279	202 - 279
2	4	2	TYR	TYR	THR	THR	4	B	B	202 - 279	202 - 279
1	5	2	THR	THR	GLN	GLN	4	A	A	287 - 297	287 - 297
2	5	2	THR	THR	GLN	GLN	4	B	B	287 - 297	287 - 297
1	6	2	PRO	PRO	ILE	ILE	4	A	A	63 - 68	63 - 68
2	6	2	PRO	PRO	ILE	ILE	4	B	B	63 - 68	63 - 68
1	7	2	THR	THR	ILE	ILE	4	A	A	70 - 81	70 - 81
2	7	2	THR	THR	ILE	ILE	4	B	B	70 - 81	70 - 81
1	1	3	PHE	PHE	PHE	PHE	4	A	A	177 - 189	177 - 189
2	1	3	PHE	PHE	PHE	PHE	4	B	B	177 - 189	177 - 189
1	1	4	VAL	VAL	GLY	GLY	4	A	A	298 - 305	298 - 305
2	1	4	VAL	VAL	GLY	GLY	4	B	B	298 - 305	298 - 305
1	1	5	ILE	ILE	LEU	LEU	5	A	A	89 - 93	89 - 93
2	1	5	ILE	ILE	LEU	LEU	5	B	B	89 - 93	89 - 93
1	2	5	GLU	GLU	GLY	GLY	5	A	A	98 - 105	98 - 105
2	2	5	GLU	GLU	GLY	GLY	5	B	B	98 - 105	98 - 105
1	1	6	ASP	ASP	PHE	PHE	5	A	A	12 - 16	12 - 16
2	1	6	ASP	ASP	PHE	PHE	5	B	B	12 - 16	12 - 16
1	2	6	ASN	ASN	TYR	TYR	5	A	A	26 - 32	26 - 32
2	2	6	ASN	ASN	TYR	TYR	5	B	B	26 - 32	26 - 32

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99808, -0.00574, -0.06161), (0.00015, -0.99591, 0.09033), (-0.06188, 0.09015, 0.994)
ベクター: 1.09623, 158.3727, -8.1911)

#1: タンパク質	FRUCTOSE 1-PHOSPHATE KINASE 分子量: 32555.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: MRSA252 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KWK1, EC: 2.7.1.56
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化	pH: 5.6 詳細: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE PH 5.6, 30% W/V PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.976
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月5日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→30 Å / Num. obs: 25486 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.65
反射シェル	解像度: 2.28→2.42 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 11.65 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ABQ

2abq

解像度: 2.3→19.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.87 / SU B: 20.902 / SU ML: 0.247 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.468 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.276	1290	5.1 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.215	24100	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4572	0	0	130	4702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4634
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.195	1.964	6294
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.862	5	610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.892	26.559	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.99	15	792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.671	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	766
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	3296
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	230
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.227	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.163	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.381	1.5	3094
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.644	2	4910
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.994	3	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.58	4.5	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	68	medium positional	0.13	0.5
2	1418	medium positional	0.31	0.5
3	112	medium positional	0.21	0.5
4	55	medium positional	0.35	0.5
5	52	medium positional	0.14	0.5
6	48	medium positional	0.15	0.5
5	45	loose positional	0.58	5
6	53	loose positional	0.83	5
1	68	medium thermal	0.37	2
2	1418	medium thermal	0.47	2
3	112	medium thermal	0.48	2
4	55	medium thermal	0.3	2
5	52	medium thermal	0.26	2
6	48	medium thermal	0.4	2
5	45	loose thermal	0.69	10
6	53	loose thermal	1.29	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	75	-
R_work	0.279	1649	-
obs	-	-	94.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2835	0.1767	-0.5793	4.5263	0.4917	1.0392	-0.0217	-0.0435	0.005	0.3272	0.0496	0.6096	-0.0214	-0.16	-0.0279	-0.0944	-0.0097	-0.045	-0.1062	0.0325	-0.1186	8.8485	68.1168	12.1645
2	1.1677	-0.3673	-0.8821	3.9284	1.5025	1.0973	-0.0355	0.1676	0.0206	-0.2291	0.0836	-0.111	0.0273	0.0443	-0.0481	-0.0745	-0.0147	-0.0697	-0.0617	0.0194	-0.0983	20.4049	55.9232	3.2341
3	1.8704	-1.1833	0.015	7.5555	-0.097	1.0313	-0.2582	-0.0448	0.0519	0.3385	0.2257	-0.4572	0.0019	0.3374	0.0325	-0.1138	-0.0291	0.0174	-0.0283	-0.0432	-0.1015	-8.6693	91.6636	8.9124
4	0.7557	-0.6429	0.7092	2.5771	-1.1987	1.2507	-0.02	0.2057	0.0891	-0.2258	-0.0396	-0.124	0.0125	0.1094	0.0596	-0.0492	-0.0283	0.0639	-0.0068	-0.0308	-0.1042	-20.1567	103.5395	-1.2351
5	6.3323	0.3368	-0.2036	3.2722	-1.121	3.8352	-0.2467	0.9322	-0.5371	-0.4627	0.1123	0.0749	0.2531	-0.1699	0.1344	-0.0178	-0.0766	0.0102	0.0184	-0.1094	-0.0713	-0.4799	73.4024	-6.9891
6	8.0906	0.9373	-2.7995	2.0554	0.8365	2.8883	0.0148	1.0021	0.1679	-0.3531	0.0524	-0.0531	-0.1251	-0.1571	-0.0672	-0.0213	-0.0293	0.0214	-0.0056	0.0219	-0.1313	3.2026	82.2362	-7.6529

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	38 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	106 - 306
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 9
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	38 - 88
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	106 - 306
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	10 - 37
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	89 - 105
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	10 - 37
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	89 - 105

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