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- PDB-2jf9: ESTROGEN RECEPTOR ALPHA LBD IN COMPLEX WITH A TAMOXIFEN-SPECIFIC ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jf9
タイトルESTROGEN RECEPTOR ALPHA LBD IN COMPLEX WITH A TAMOXIFEN-SPECIFIC PEPTIDE ANTAGONIST
要素
  • AB5 PEPTIDE
  • ESTROGEN RECEPTOR
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR / LIPID-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION / LIGAND-BINDING DOMAIN (LBD) / RECEPTOR / ZINC-FINGER / DNA-BINDING / STEROID-BINDING / NUCLEAR RECEPTOR / PEPTIDE ANTAGONIST / METAL-BINDING / NUCLEAR PROTEIN / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / estrogen receptor signaling pathway / protein localization to chromatin / steroid binding / 14-3-3 protein binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / ESR-mediated signaling / negative regulation of miRNA transcription / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / nuclear estrogen receptor binding / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / euchromatin / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / transcription coactivator binding / male gonad development / nuclear receptor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / Ovarian tumor domain proteases / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / fibroblast proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / calmodulin binding / Extra-nuclear estrogen signaling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor ...Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / 4-HYDROXYTAMOXIFEN / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Heldring, N. / Pawson, T. / McDonnell, D. / Treuter, E. / Gustafsson, J.A. / Pike, A.C.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural Insights Into Corepressor Recognition by Antagonist-Bound Estrogen Receptors.
著者: Heldring, N. / Pawson, T. / Mcdonnell, D. / Treuter, E. / Gustafsson, J.A. / Pike, A.C.W.
履歴
登録2007年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22016年12月21日Group: Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTROGEN RECEPTOR
B: ESTROGEN RECEPTOR
C: ESTROGEN RECEPTOR
P: AB5 PEPTIDE
Q: AB5 PEPTIDE
R: AB5 PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,31918
ポリマ－90,6436
非ポリマー1,67612
水5,332296
1
A: ESTROGEN RECEPTOR
B: ESTROGEN RECEPTOR
C: ESTROGEN RECEPTOR
P: AB5 PEPTIDE
Q: AB5 PEPTIDE
R: AB5 PEPTIDE
ヘテロ分子

A: ESTROGEN RECEPTOR
B: ESTROGEN RECEPTOR
C: ESTROGEN RECEPTOR
P: AB5 PEPTIDE
Q: AB5 PEPTIDE
R: AB5 PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,63836
ポリマ－181,28612
非ポリマー3,35224
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)193.707, 193.707, 64.441
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2092-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.132, 0.767, -0.628), (0.764, -0.482, -0.429), (-0.631, -0.423, -0.65)60.20348, -13.82353, 91.19273
2given(-0.152, 0.95, -0.274), (0.946, 0.059, -0.32), (-0.287, -0.307, -0.907)27.10186, -10.80612, 46.9469
3given(0.004, 0.751, -0.661), (0.736, -0.449, -0.506), (-0.677, -0.484, -0.554)69.58496, -13.06248, 95.84724
4given(-0.158, 0.948, -0.278), (0.946, 0.065, -0.318), (-0.283, -0.313, -0.907)27.91552, -11.17572, 46.88354

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 ABCPQR

#1: タンパク質 ESTROGEN RECEPTOR / ER / ESTRADIOL RECEPTOR / ER-ALPHA / ESTROGEN RECEPTOR ALPHA


分子量: 28672.541 Da / 分子数: 3 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN, RESIDUES 304-533 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質・ペプチド AB5 PEPTIDE


分子量: 1541.728 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: PEPTIDE DERIVED FROM PHAGE DISPLAY SCREEN OF RANDOM PEPTIDE LIBRARY
由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 308分子

#3: 化合物 ChemComp-OHT / 4-HYDROXYTAMOXIFEN


分子量: 387.514 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H29NO2
#4: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 2.5% PEG550MME 2.5% PEK20K 0.06M CALCIUM ACETATE 0.1M TRIS PH8.5, pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 80788 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BJ4

2bj4


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 5.324 / SU ML: 0.074 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 4054 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.181 76697 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å2-0.07 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5315 0 117 296 5728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0215574
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2661.9917507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7173.0029065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.985667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.98223.947228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.902151024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6741531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2860
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021036
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1740.23707
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.22690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22654
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3020.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.811.53488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31225415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.89232368
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8954.52092
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.221 284
Rwork0.192 5663
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5548-0.649-0.13621.6063-0.1851.08860.05770.0587-0.0329-0.1644-0.03580.20420.011-0.0933-0.0218-0.09690.0277-0.0152-0.18260.0051-0.102776.87539.245110.2447
21.21150.10340.24972.9097-1.12511.87390.0313-0.0417-0.03950.08090.02340.05560.144-0.0354-0.0547-0.07830.03170.0012-0.18450.0004-0.175894.327622.534919.3205
31.5082-0.79270.10882.3575-0.43291.2188-0.0058-0.1339-0.3924-0.02880.03890.22190.1472-0.0307-0.0331-0.18140.06960.0151-0.04170.0323-0.085250.040761.15233.6085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A305 - 528
2X-RAY DIFFRACTION1P1 - 13
3X-RAY DIFFRACTION2B306 - 529
4X-RAY DIFFRACTION2Q1 - 13
5X-RAY DIFFRACTION3C305 - 529
6X-RAY DIFFRACTION3R1 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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