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- PDB-2jc6: Crystal structure of human calmodulin-dependent protein kinase 1D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jc6
タイトルCrystal structure of human calmodulin-dependent protein kinase 1D
要素CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE 1D
キーワードTRANSFERASE / ATP-BINDING / NUCLEAR PROTEIN / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of granulocyte chemotaxis / positive regulation of CREB transcription factor activity / regulation of dendrite development / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / positive regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of neuron projection development / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of neuron projection development ...regulation of granulocyte chemotaxis / positive regulation of CREB transcription factor activity / regulation of dendrite development / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / positive regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of neuron projection development / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of neuron projection development / nervous system development / calmodulin binding / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / protein serine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QPP / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1D
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Debreczeni, J.E. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Niesen, F.H. / Bhatia, C. / Shrestha, L. / Salah, E. / Smee, C. / Colebrook, S. / Berridge, G. ...Debreczeni, J.E. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Niesen, F.H. / Bhatia, C. / Shrestha, L. / Salah, E. / Smee, C. / Colebrook, S. / Berridge, G. / Gileadi, O. / Bunkoczi, G. / Ugochukwu, E. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Knapp, S. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Calmodulin-Dependent Protein Kinase 1D
著者: Debreczeni, J.E. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Niesen, F.H. / Bhatia, C. / Shrestha, L. / Salah, E. / Smee, C. / Colebrook, S. / Berridge, G. / Gileadi, O. / Bunkoczi, G. / Ugochukwu, E. / ...著者: Debreczeni, J.E. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Niesen, F.H. / Bhatia, C. / Shrestha, L. / Salah, E. / Smee, C. / Colebrook, S. / Berridge, G. / Gileadi, O. / Bunkoczi, G. / Ugochukwu, E. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Knapp, S. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.
履歴
登録2006年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE 1D
C: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE 1D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3834
ポリマ－75,7802
非ポリマー6032
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-21.4 kcal/mol
Surface area27780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.640, 93.060, 101.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A3 - 222
2114C3 - 222
1214A233 - 313
2214C233 - 313

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99999, 0.00435, 0.00247), (0.00467, -0.63478, -0.77268), (-0.00179, -0.77268, 0.63479)
ベクター: -4.30173, -126.35943, -59.53677)

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要素

#1: タンパク質 CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE 1D / CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE 1D / CAM KINASE ID / CAM KINASE I DELTA / CAMKI-DELTA / CAM-KI ...CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE 1D / CAM KINASE ID / CAM KINASE I DELTA / CAMKI-DELTA / CAM-KI DELTA / CAMKI DELTA / CAMK1D / CAMKI-LIKE PROTEIN KINASE / CKLIK


分子量: 37890.125 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-333 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-ROSETTA
参照: UniProt: Q8IU85, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-QPP / N-(5-METHYL-1H-PYRAZOL-3-YL)-2-PHENYLQUINAZOLIN-4-AMINE / 5,6-DIHYDRO-BENZO[H]CINNOLIN-3-YLAMINE


分子量: 301.345 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H15N5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化詳細: 0.1M CITRATE PH 5.6, 20% ISOPROPANOL, 20% PEG 4K.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9796
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月27日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI 1 1 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→42.2 Å / Num. obs: 29986 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.47 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.17
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A06

1a06


解像度: 2.3→101.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 13.019 / SU ML: 0.164 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1514 5.1 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.189 28455 91.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å20 Å2-0.23 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3---0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→101.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4367 0 46 188 4601
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224549
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4281.9656169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9173.0017399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2915555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.5424.519208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.51915754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3451520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02920
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2848
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.23012
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.22158
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.22360
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1060.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2180.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1990.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.18232906
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.33954446
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.69772014
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.199111720
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3518 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.250.5
medium thermal0.922
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.287 117
Rwork0.213 2276
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.94362.20910.7964.55353.1373.06230.2721-0.43930.33270.3328-0.28170.21870.065-0.09170.0096-0.0407-0.0858-0.0001-0.0604-0.03580.0132-8.105-74.783-29.44
21.8026-0.155-0.04721.19840.15421.17090.1037-0.0897-0.0454-0.0537-0.05070.0150.08930.0229-0.053-0.1105-0.084-0.005-0.0597-0.0147-0.1081.907-97.572-44.083
31.6125-0.5763-0.30413.77220.24311.29210.0726-0.0783-0.07850.2252-0.06240.09020.2036-0.0051-0.0102-0.0498-0.0744-0.0237-0.0622-0.0115-0.10893.643-56.113-20.569
42.86770.1224-0.07461.37410.3921.11040.0978-0.21210.347-0.0035-0.0430.0224-0.15850.02-0.0548-0.0835-0.087-0.0023-0.0819-0.0321-0.0237-6.763-30.25-12.18
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 101
2X-RAY DIFFRACTION2A102 - 313
3X-RAY DIFFRACTION3C11 - 101
4X-RAY DIFFRACTION4C102 - 313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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