PDB-2j1o: Geranylgeranyl diphosphate synthase from Sinapis alba

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j1o

タイトル

Geranylgeranyl diphosphate synthase from Sinapis alba

要素

GERANYLGERANYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE

キーワード

TRANSFERASE / ISOPRENE BIOSYNTHESIS / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / CAROTENOID BIOSYNTHESIS / ISOPRENYL TRANSTRANSFERASE / ISOPRENOID DIPHOSPHATE SYNTHASE / TRANSIT PEPTIDE / CHLOROPLAST

機能・相同性

機能・相同性情報

chromoplast / carotenoid biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / geranyl diphosphate biosynthetic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / geranylgeranyl diphosphate synthase activity / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / farnesyl diphosphate biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SINAPIS ALBA (シロガラシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kloer, D.P. / Welsch, R. / Beyer, P. / Schulz, G.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structure and Reaction Geometry of Geranylgeranyl Diphosphate Synthase from Sinapis Alba.
著者: Kloer, D.P. / Welsch, R. / Beyer, P. / Schulz, G.E.

履歴

登録	2006年8月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j1o.cif.gz	62.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j1o.ent.gz	46.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j1o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2j1o_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j1o_full_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示
XML形式データ	2j1o_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	2j1o_validation.cif.gz	16.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/2j1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/2j1o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j1pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2j1p-d 5e8l-d 6sxl-d 2j5u-d 3nur-2 5xn6-2 1lw3-d 3lsn-1 6rxd-1 3p41-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: GERANYLGERANYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE

ヘテロ分子

29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GERANYLGERANYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE

ヘテロ分子

A: GERANYLGERANYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.810, 71.810, 127.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	GERANYLGERANYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE / GGPP SYNTHETASE / GGPS / GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE SYNTHASE 分子量: 28929.391 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 74-152,171-230,238-298,313-366 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SINAPIS ALBA (シロガラシ) / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q43133
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.61 %
結晶化	pH: 10 / 詳細: pH 10.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.98243
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98243 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 26607 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2→2.2 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 5.334 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	1328	5 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
obs	0.196	25071	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.13 Å²	-0.56 Å²	0 Å²
2-	-	-1.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1912	0	6	87	2005

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.563	1.991	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.054	3	3198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.423	5	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.067	24	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.334	15	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.182	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	365
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	492
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	990
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.214	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.279	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.169	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.239	1.5	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.29	1.5	523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.495	2	2005
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.639	3	747
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.58	4.5	612
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	79	-
R_work	0.212	1778	-
obs	-	-	97.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.7058	-0.6231	1.3063	1.7449	0.1514	3.2388	-0.0306	0.6618	0.0362	-0.4544	0.1527	-0.0303	-0.1413	0.2936	-0.1221	0.2324	-0.0443	-0.0385	0.2282	0.0144	0.0086	44.5466	54.0184	2.2871
2	6.1213	-0.7497	0.8578	3.0851	-0.8207	1.605	-0.1024	0.5214	0.0363	-0.2789	0.0801	-0.0817	-0.0247	0.1383	0.0224	0.1608	-0.0505	0.0225	0.2219	-0.0328	0.0722	52.6402	53.5735	8.8041
3	48.0293	-3.8918	6.8242	14.5249	0.1196	14.2047	-0.0911	-0.7895	1.8335	0.0436	0.2247	0.4802	-1.3697	-0.1893	-0.1336	0.2621	0.1536	0.0512	0.1068	-0.0069	0.2388	34.6509	66.0009	11.4258
4	3.197	0.0689	0.4853	2.4743	-0.991	2.2269	-0.0002	0.0942	-0.2647	-0.213	0.0742	-0.0425	0.0851	-0.0249	-0.0741	0.1558	-0.0136	0.0059	0.1654	-0.0285	0.1522	46.2315	47.0176	16.1026
5	6.3923	5.2665	3.5781	9.5699	-1.4435	5.6896	0.119	-0.2065	0.8613	0.4872	0.0988	0.1372	-1.1047	0.3376	-0.2178	0.2722	-0.1262	0.2304	0.0775	-0.1426	0.1768	50.537	66.2965	27.2023
6	2.7563	-0.3704	-0.2379	6.6672	-0.8369	1.4235	-0.0042	-0.1156	0.0691	0.2812	-0.0636	-0.2289	-0.3184	0.3803	0.0678	0.1415	-0.0619	-0.0049	0.2159	-0.0268	0.145	58.7179	57.2364	20.8813
7	2.8818	0.0907	0.0313	9.6769	-0.5612	2.0881	0.0208	0.1001	0.2942	-0.4427	-0.1517	-0.1722	-0.4898	0.3707	0.1309	0.1529	-0.1243	-0.0147	0.1912	-0.0271	0.1453	61.7576	67.0976	15.9437
8	3.6247	-6.68	-1.2533	19.8097	2.746	2.5054	-0.0305	0.0993	0.4314	-0.2672	-0.0199	-0.7604	-0.6588	0.4844	0.0504	0.1171	-0.1615	-0.0155	0.2196	0.0117	0.2647	67.7207	67.8159	16.5238
9	14.985	-15.7995	0.9733	48.1867	8.9187	3.2001	0.5688	0.3309	1.4981	-3.1874	-0.7606	-1.2757	-1.9289	-0.1495	0.1918	0.6003	-0.0138	0.1302	0.2479	-0.02	0.0852	65.2421	63.7386	6.2583

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	48 - 90
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	91 - 116
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	117 - 154
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	155 - 182
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	183 - 216
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	217 - 254
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	255 - 292
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	293 - 306

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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