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- PDB-2i74: Crystal structure of mouse Peptide N-Glycanase C-terminal domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i74
タイトルCrystal structure of mouse Peptide N-Glycanase C-terminal domain in complex with mannopentaose
要素PNGase
キーワードHYDROLASE / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase / peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase activity / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / glycoprotein catabolic process / : / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PAW domain / Peptide N glycanase, PAW domain / PAW domain superfamily / PNGase C-terminal domain, mannose-binding module PAW / PAW domain profile. / domain present in PNGases and other hypothetical proteins / : / PUB domain / PUB-like domain superfamily / PUB domain ...PAW domain / Peptide N glycanase, PAW domain / PAW domain superfamily / PNGase C-terminal domain, mannose-binding module PAW / PAW domain profile. / domain present in PNGases and other hypothetical proteins / : / PUB domain / PUB-like domain superfamily / PUB domain / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Transglutaminase-like superfamily / Transglutaminase/protease-like homologues / Transglutaminase-like / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Peptide-N(4)-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Zhou, X. / Zhao, G. / Wang, L. / Li, G. / Lennarz, W.J. / Schindelin, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structural and biochemical studies of the C-terminal domain of mouse peptide-N-glycanase identify it as a mannose-binding module.
著者: Zhou, X. / Zhao, G. / Truglio, J.J. / Wang, L. / Li, G. / Lennarz, W.J. / Schindelin, H.
履歴
登録2006年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PNGase
B: PNGase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,93513
ポリマ－43,9712
非ポリマー1,96411
水5,783321
1
A: PNGase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0137
ポリマ－21,9851
非ポリマー1,0286
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PNGase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9216
ポリマ－21,9851
非ポリマー9365
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.706, 41.646, 94.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PNGase / Peptide N-glycanase


分子量: 21985.439 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain, residues 471-651 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ngly1 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 Condon Plus RIL
参照: UniProt: Q9JI78, peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a1122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a6-b1_b3-c1_b6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 19 % PEG 4000, 11.5 % Isopropanol, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 0.2 M Calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月10日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 35889 / Num. obs: 35889 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Χ2: 0.995 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3565 / Rsym value: 0.441 / Χ2: 0.759 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2G9F

2g9f


解像度: 1.75→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 4.701 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1856 5.2 %RANDOM
Rwork0.172 ---
all0.174 35889 --
obs-35851 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.838 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å20 Å20.44 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3----0.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.117 Å0.125 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2915 0 132 321 3368
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0213106
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5431.974185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.66835129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5915358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.55324.088159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.52615536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1861525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02654
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.3520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2340.32277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.51488
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.51701
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2150.5447
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4010.316
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3460.353
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2210.541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1271.52337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2511.5743
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29422864
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.30931557
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.244.51321
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 128 -
Rwork0.21 2401 -
obs-2529 96.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.07510.2093-0.54661.648-0.28151.4257-0.0429-0.01910.0059-0.06640.07470.2070.0871-0.0811-0.0317-0.054-0.0013-0.008-0.02820.0132-0.032313.32270.349938.1889
20.956-0.09410.43180.946-0.19520.9223-0.0168-0.01430.00050.06270.02260.0574-0.08-0.011-0.0058-0.05440.00090.0068-0.0649-0.0007-0.06715.849214.32497.897
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 472 - 651 / Label seq-ID: 2 - 181

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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