[日本語] English
万見
- PDB-2h5g: Crystal structure of human pyrroline-5-carboxylate synthetase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h5g
タイトルCrystal structure of human pyrroline-5-carboxylate synthetase
要素Delta 1-pyrroline-5-carboxylate synthetase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine biosynthetic process / glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase activity / glutamate 5-kinase / glutamate 5-kinase activity / glutamate metabolic process / citrulline biosynthetic process / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / : ...ornithine biosynthetic process / glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase activity / glutamate 5-kinase / glutamate 5-kinase activity / glutamate metabolic process / citrulline biosynthetic process / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / : / response to temperature stimulus / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Bifunctional delta 1-pyrroline-5-carboxylate synthetase, glutamate-5-kinase domain / Delta l-pyrroline-5-carboxylate synthetase / GPR domain / Gamma-glutamyl phosphate reductase GPR, conserved site / Gamma-glutamyl phosphate reductase signature. / Glutamate 5-kinase/delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase / Glutamate 5-kinase, conserved site / Glutamate 5-kinase signature. / Glutamate/acetylglutamate kinase / Aspartate/glutamate/uridylate kinase ...Bifunctional delta 1-pyrroline-5-carboxylate synthetase, glutamate-5-kinase domain / Delta l-pyrroline-5-carboxylate synthetase / GPR domain / Gamma-glutamyl phosphate reductase GPR, conserved site / Gamma-glutamyl phosphate reductase signature. / Glutamate 5-kinase/delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase / Glutamate 5-kinase, conserved site / Glutamate 5-kinase signature. / Glutamate/acetylglutamate kinase / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Papagrigoriou, E. / Shafqat, N. / Turnbull, A.P. / Berridge, G. / Hozjan, V. / Kavanagh, K. / Gileadi, O. / Smee, C. / Bray, J. / Gorrec, F. ...Papagrigoriou, E. / Shafqat, N. / Turnbull, A.P. / Berridge, G. / Hozjan, V. / Kavanagh, K. / Gileadi, O. / Smee, C. / Bray, J. / Gorrec, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of human pyrroline-5-carboxylate synthetase
著者: Papagrigoriou, E. / Shafqat, N. / Turnbull, A.P. / Berridge, G. / Hozjan, V. / Kavanagh, K. / Gileadi, O. / Smee, C. / Bray, J. / Gorrec, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / ...著者: Papagrigoriou, E. / Shafqat, N. / Turnbull, A.P. / Berridge, G. / Hozjan, V. / Kavanagh, K. / Gileadi, O. / Smee, C. / Bray, J. / Gorrec, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U.
履歴
登録2006年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Delta 1-pyrroline-5-carboxylate synthetase
B: Delta 1-pyrroline-5-carboxylate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0528
ポリマ－103,4752
非ポリマー5766
水4,990277
1
A: Delta 1-pyrroline-5-carboxylate synthetase
ヘテロ分子

A: Delta 1-pyrroline-5-carboxylate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0528
ポリマ－103,4752
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area7040 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area32790 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Delta 1-pyrroline-5-carboxylate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0264
ポリマ－51,7381
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Delta 1-pyrroline-5-carboxylate synthetase
ヘテロ分子

B: Delta 1-pyrroline-5-carboxylate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0528
ポリマ－103,4752
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)122.022, 137.402, 72.057
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRVALVAL3AA362 - 53330 - 201
211THRTHRVALVAL3BB362 - 53330 - 201
321MSEMSESERSER3AA551 - 652219 - 320
421MSEMSESERSER3BB551 - 652219 - 320
531LYSLYSPROPRO3AA662 - 790330 - 458
631LYSLYSPROPRO3BB662 - 790330 - 458
112GLNGLNGLUGLU4AA534 - 540202 - 208
212GLNGLNGLUGLU4BB534 - 540202 - 208

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細The biological unit can be generated if the following symmetry operator is applied to chain A. -x, -y, z 1 0 0

-
要素

#1: タンパク質 Delta 1-pyrroline-5-carboxylate synthetase / pyrroline-5-carboxylate synthetase isoform 1 / PYCS / P5CS / Aldehyde dehydrogenase 18 family member A1


分子量: 51737.605 Da / 分子数: 2 / 断片: Gamma-glutamyl phosphate reductase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH18A1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3/Rosetta
参照: UniProt: P54886, glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1% PEG 3350, 1.0M (NH4)2SO4, 0.1M BIS-TRIS, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月6日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→91.29 Å / Num. all: 58292 / Num. obs: 57217 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.89 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.033
反射 シェル解像度: 2.25→2.35 Å / 冗長度: 3.67 % / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 4.39 / Num. unique all: 11978 / Rsym value: 0.205 / % possible all: 88.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.25→46.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 10.152 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.221
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27211 2890 5.1 %RANDOM
Rwork0.23037 ---
all0.23248 57217 --
obs0.23248 54237 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.168 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.79 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---2.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→46.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6348 0 30 277 6655
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0216532
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4781.9718861
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.525836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.46624.194279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.463151123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3051545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024814
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.22866
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.24450
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2080.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.40934324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.54956720
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.30272446
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.077112141
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11612tight positional0.080.05
253medium positional0.280.5
11399loose positional0.255
11612tight thermal0.330.5
253medium thermal1.492
11399loose thermal3.0610
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 197 -
Rwork0.256 3346 -
obs--84.04 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る